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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to DNA and RNA | |||||||||
![]() | PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Postprocessed Map | |||||||||
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![]() | PhiKZ / nvRNAP / RNA / DNA / transcription / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | de Martin Garrido N / Yakunina M / Aylett CHS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the Bacteriophage PhiKZ Non-virion RNA Polymerase Transcribing from its Promoter p119L. 著者: Natàlia de Martín Garrido / Chao-Sheng Chen / Kailash Ramlaul / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina / ![]() ![]() 要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the founding member of a family of giant bacterial viruses. It has potential as a therapeutic as its host, Pseudomonas aeruginosa, kills tens of thousands of people worldwide each year. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus; the virus forms a "nucleus", producing a proteinaceous barrier around the ΦKZ genome that excludes the host immune systems. It expresses its own non-canonical multi-subunit non-virion RNA polymerase (nvRNAP), which is imported into its "nucleus" to transcribe viral genes. The ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides representing homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth that is likely to have evolved from an ancestral homologue to σ-factor. We have resolved the structure of the ΦKZ nvRNAP initiating transcription from its cognate promoter, p119L, including previously disordered regions. Our results shed light on the similarities and differences between ΦKZ nvRNAP mechanisms of transcription and those of canonical eubacterial RNAPs and the related non-canonical nvRNAP of bacteriophage AR9. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 33.7 KB 33.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 199.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 445.8 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8queMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Postprocessed Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Locally Filtered Map
ファイル | emd_18661_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Locally Filtered Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 1
ファイル | emd_18661_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 2
ファイル | emd_18661_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | PhiKZ nvRNAP DNA/RNA complex Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
+超分子 #1: PhiKZ non-virion RNA polymerase transcribing promoter P119L
+分子 #1: PHIKZ055
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase
+分子 #3: PHIKZ074
+分子 #4: PHIKZ123
+分子 #8: PHIKZ068
+分子 #5: DNA
+分子 #6: DNA
+分子 #9: DNA
+分子 #7: RNA
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Settings: -6 blot force, 4 s waiting time and 0.5-1 s blotting time.. | ||||||||
詳細 | PhiKZ nvRNAP complexes were mixed at 0.1 mg/mL final concentration with the P119L DNA/RNA template at a 1:1 ratio in the presence of 1 mM ATP, CTP and GTP. Reactions were incubated for 30 min at 37 C before use. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3092 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 15000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: CC | |||||||||||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8que: |