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- EMDB-18643: Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18643
タイトルStructure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
マップデータ
試料
  • 複合体: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードRNA polymerase II / Rai1 / Rat1 / Spt5 / DSIF / Termination / exoribonuclease / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II, holoenzyme / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / positive regulation of chromosome segregation / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Las1 complex / tRNA surveillance / regulation of septum digestion after cytokinesis / 5'-3' RNA exonuclease activity / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DNA-templated transcription elongation / tRNA decay / DSIF complex / intracellular phosphate ion homeostasis / nuclear mRNA surveillance / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation factor activity / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / termination of RNA polymerase II transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase I / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription termination / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / mRNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 ...5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor spt5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / 5'-3' exoribonuclease 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 ...DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor spt5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / 5'-3' exoribonuclease 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Carrique L / Kus K / Vasiljeva L / Grimes JM
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust222510/Z/21/Z 英国
Wellcome TrustWT106994/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DSIF factor Spt5 coordinates transcription, maturation and exoribonucleolysis of RNA polymerase II transcripts.
著者: Carrique L / Kus K / Vasiljeva L / Grimes JM
履歴
登録2023年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.6 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.6 Å		1.05 Å/pix.
x 352 pix.
= 369.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.336
最小 - 最大-1.6122082 - 2.5733562
平均 (標準偏差)-0.00017748088 (±0.056189895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 369.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18643_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18643_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18643_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1

全体名称: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
要素
  • 複合体: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor spt5
    • DNA: DNA none template (34-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')
    • DNA: DNA template (40-MER)
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exoribonuclease 2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1

超分子名称: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 194.372625 KDa
配列文字列: MSGIQFSPSS VPLRRVEEVQ FGILSPEEIR SMSVAKIEFP ETMDESGQRP RVGGLLDPRL GTIDRQFKCQ TCGETMADCP GHFGHIELA KPVFHIGFLS KIKKILECVC WNCGKLKIDS SNPKFNDTQR YRDPKNRLNA VWNVCKTKMV CDTGLSAGSD N FDLSNPSA ...文字列:
MSGIQFSPSS VPLRRVEEVQ FGILSPEEIR SMSVAKIEFP ETMDESGQRP RVGGLLDPRL GTIDRQFKCQ TCGETMADCP GHFGHIELA KPVFHIGFLS KIKKILECVC WNCGKLKIDS SNPKFNDTQR YRDPKNRLNA VWNVCKTKMV CDTGLSAGSD N FDLSNPSA NMGHGGCGAA QPTIRKDGLR LWGSWKRGKD ESDLPEKRLL SPLEVHTIFT HISSEDLAHL GLNEQYARPD WM IITVLPV PPPSVRPSIS VDGTSRGEDD LTHKLSDIIK ANANVRRCEQ EGAPAHIVSE YEQLLQFHVA TYMDNEIAGQ PQA LQKSGR PLKSIRARLK GKEGRLRGNL MGKRVDFSAR TVITGDPNLS LDELGVPRSI AKTLTYPETV TPYNIYQLQE LVRN GPDEH PGAKYIIRDT GERIDLRYHK RAGDIPLRYG WRVERHIRDG DVVIFNRQPS LHKMSMMGHR IRVMPYSTFR LNLSV TSPY NADFDGDEMN MHVPQSEETR AEIQEITMVP KQIVSPQSNK PVMGIVQDTL AGVRKFSLRD NFLTRNAVMN IMLWVP DWD GILPPPVILK PKVLWTGKQI LSLIIPKGIN LIRDDDKQSL SNPTDSGMLI ENGEIIYGVV DKKTVGASQG GLVHTIW KE KGPEICKGFF NGIQRVVNYW LLHNGFSIGI GDTIADADTM KEVTRTVKEA RRQVAECIQD AQHNRLKPEP GMTLRESF E AKVSRILNQA RDNAGRSAEH SLKDSNNVKQ MVAAGSKGSF INISQMSACV GQQIVEGKRI PFGFKYRTLP HFPKDDDSP ESRGFIENSY LRGLTPQEFF FHAMAGREGL IDTAVKTAET GYIQRRLVKA MEDVMVRYDG TVRNAMGDII QFAYGEDGLD ATLVEYQVF DSLRLSTKQF EKKYRIDLME DRSLSLYMEN SIENDSSVQD LLDEEYTQLV ADRELLCKFI FPKGDARWPL P VNVQRIIQ NALQIFHLEA KKPTDLLPSD IINGLNELIA KLTIFRGSDR ITRDVQNNAT LLFQILLRSK FAVKRVIMEY RL NKVAFEW IMGEVEARFQ QAVVSPGEMV GTLAAQSIGE PATQMTLNTF HYAGVSSKNV TLGVPRLKEI LNVAKNIKTP SLT IYLMPW IAANMDLAKN VQTQIEHTTL STVTSATEIH YDPDPQDTVI EEDKDFVEAF FAIPDEEVEE NLYKQSPWLL RLEL DRAKM LDKKLSMSDV AGKIAESFER DLFTIWSEDN ADKLIIRCRI IRDDDRKAED DDNMIEEDVF LKTIEGHMLE SISLR GVPN ITRVYMMEHK IVRQIEDGTF ERADEWVLET DGINLTEAMT VEGVDATRTY SNSFVEILQI LGIEATRSAL LKELRN VIE FDGSYVNYRH LALLCDVMTS RGHLMAITRH GINRAETGAL MRCSFEETVE ILMDAAASGE KDDCKGISEN IMLGQLA PM GTGAFDIYLD QDMLMNYSLG TAVPTLAGSG MGTSQLPEGA GTPYERSPMV DSGFVGSPDA AAFSPLVQGG SEGREGFG D YGLLGAASPY KGVQSPGYTS PFSSAMSPGY GLTSPSYSPS SPGYSTSPAY MPSSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYS PTSPSYSATS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 138.027188 KDa
配列文字列: MSYEDYQYNE TLTQEDCWTV ISSFFEETSL ARQQLFSFDE FVQNTMQEIV DDDSTLTLDQ YAQHTGAQGD VTRRYEINFG QIYLSRPTM TEADGSTTTM FPQEARLRNL TYSSPLYVDM RKKVMVAADS NVPIGEEEWL VEEEDEEPSK VFIGKIPIML R STFCILNG ...文字列:
MSYEDYQYNE TLTQEDCWTV ISSFFEETSL ARQQLFSFDE FVQNTMQEIV DDDSTLTLDQ YAQHTGAQGD VTRRYEINFG QIYLSRPTM TEADGSTTTM FPQEARLRNL TYSSPLYVDM RKKVMVAADS NVPIGEEEWL VEEEDEEPSK VFIGKIPIML R STFCILNG VSDSELYDLN ECPYDQGGYF IINGSEKVII AQERSAANIV QVFKKAAPSP IAYVAEIRSA LERGSRLISS MQ IKLMARN TENSGQTIRA TLPYIRSDIP IVIVFRALGV VPDRDILEHI CYDPNDFQML EMMKPCIEEA FVIQDKDIAL DYI GKRGST TGVTREKRLR YAHDILQKEL LPHITTMEGF ETRKAFFLGY MIHRMLLCAL ERREPDDRDH FGKKRLDLAG PLLA SLFRM LFRKMTRDVY KYMQKCVETN REFNLTLAVK SNIITNGLRY SLATGNWGDQ KRSMVNRVGV SQVLNRYTFA STLSH LRRT NTPIGRDGKL AKPRQLHNTH WGMVCPAETP EGQACGLVKN LSLMSYVSVG SPSAPIIEFL EEWGLETLED YNPSAS PNA TKVFVNGVWL GVHRDPAHLT ETLRSLRRRL DISAEVSIVR DIREKELRLF TDAGRICRPL FIVDNNPNSE RRGELCI RK EHIQQLIEDK DRYDIDPEQR FGWTALVSSG LIEYLDAEEE ETVMIAMSPE DLEASRQMQA GYEVKEELDP AQRVKPAP N PHVHAWTHCE IHPAMILGIL ASIIPFPDHN QSPRNTYQSA MGKQAMGVYL TNYQVRMDTM ANILYYPQKP LATTRSMEY LKFRELPAGQ NAIVAILCYS GYNQEDSIIM NQASIDRGLF RSIFYRTYTD QEKKIGMTVM EEFERPVRST TLRMKHGTYD KLEDDGLIA PGTRVSGEDI IIGKTAPIPL DHEELGQRTQ LHAKRDVSTP LRSTESGIVD QVMVTTNQEG LKFVKVRMRS T RIPQIGDK FASRHGQKGT IGMTYRHEDM PFSAQGIVPD IIINPHAIPS RMTVAHLVEC QLSKVSALSG FEGDATPFTD VT VEAVSKL LRSHGFQSRG FEVMYHGHTG RKLVAQVFLG PTYYQRLKHL VDDKIHARAR GPVQILTRQP VEGRSRDGGL RFG EMERDC QISHGCSSVL RERLFDCSDA YRVIVCDICG LIAIASYKKD SYECRSCQNR TRFSQVYLPY AAKLLFQELM SMNI APRLF TKNHK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 33.748816 KDa
配列文字列: MDSETHITIR NISKNSVDFV LTNTSLAVAN SLRRVVLAEI PTVAIDLVEI NVNTSVMPDE FLAHRLGMIP LDSSNIDEPP PVGLEYTRN CDCDQYCPKC SVELFLNAKC TGEGTMEIYA RDLVVSSNSS LGHPILADPK SRGPLICKLR KEQEISLRCI A KKGIAKEH ...文字列:
MDSETHITIR NISKNSVDFV LTNTSLAVAN SLRRVVLAEI PTVAIDLVEI NVNTSVMPDE FLAHRLGMIP LDSSNIDEPP PVGLEYTRN CDCDQYCPKC SVELFLNAKC TGEGTMEIYA RDLVVSSNSS LGHPILADPK SRGPLICKLR KEQEISLRCI A KKGIAKEH AKWSPTSAVA FEYDPWNKLQ HTDYWFENDA DAEWPKSKNA DWEEPPREGE PFNFQEEPRR FYMDVESVGS IP PNEIMVQ GLRILQEKLA VLVRDLDEEQ PTQLSANELN MEENAEMNWS PYQNGEENTW

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 23.954504 KDa
配列文字列: MSAEEKNIVR VFRAWKTAHQ LVHDRGYGVS QAELDLTLDQ FKAMHCGMGR NLDRTTLSFY AKPSNDSNKG TIYIEFAKEP SVGIKEMRT FVHTLGDHNH KTGILIYANS MTPSAAKIIA TVTGQFTIET FQESDLIVNI THHELVPKHI LLSPDEKKEL L DRYKLRET ...文字列:
MSAEEKNIVR VFRAWKTAHQ LVHDRGYGVS QAELDLTLDQ FKAMHCGMGR NLDRTTLSFY AKPSNDSNKG TIYIEFAKEP SVGIKEMRT FVHTLGDHNH KTGILIYANS MTPSAAKIIA TVTGQFTIET FQESDLIVNI THHELVPKHI LLSPDEKKEL L DRYKLRET QLPRIQLADP VARYLGLKRG EVVKIVRRSE TSGRYNSYRI CA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 15.742497 KDa
配列文字列:
MSDYEEDEAF GMDGAVMEEE VDELEMIDEN GQSQQGVSHP GEPSTTVITE DVASSKTAQS GKAVAKEDRT TTPYMTKYER ARILGTRAL QISMNAPVLV DLEGETDPLQ IAMKELAQKK IPLLVRRYLP DGSYEDWSVA ELI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 19.121982 KDa
配列文字列:
MPFFLKELSL TISLHPSYFG PRMQDYLKAK LLADVEGTCS GQYGYIICVL DSNTIDIDKG RVVPGQGFAE FEVKYRAVLW RPFRGEVVD AIVTTVNKMG FFANIGPLNV FVSSHLVPPD MKFDPTANPP NYSGEDQVIE KGSNVRLKIV GTRTDATEIF A IATMKEDY LGVL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.317318 KDa
配列文字列:
MSESVLLDEI FTVTSVDKQK YQRVSRITAV SGQNDMNLTL DINSQIYPLE KDATFSLQIT SNLNSPDLKE AADYIMYGKV YRVEEAKDE KVSVYVSFGG LLMAIEGSHR KLYRLSLDHV YLLLRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 16.2538 KDa
配列文字列:
MSNFQYCIEC NNMLYPREDK VDRVLRLACR NCDYSEIAAT SKVYRHELQS SNVENTTVSH DASTDPTLPR SDKECPRCHQ HEAVFYQTH SRRGDTMMTL IYVCVHCGFA FEEQGGGGGG DYKDHDGDYK DHDIDYKDDD DK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 8.286801 KDa
配列文字列:
MIIPIRCFSC GKVIGDKWDT YLTLLQEDNT EGEALDKLGL QRYCCRRMIL THVDLIEKLL CYNPLSKQKN L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.143276 KDa
配列文字列:
MNQPERYELI ELMGLPKVTY ELDSKSPNAA VVTLEKEDHT LANMLANQLL SDERVLFAGY KVPHPLNHNF ILRVQTVEDC SPKQVIVDA AKSLITHLEE IKVNFMREWE LKMISVEGVE MEFS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

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分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 7.216495 KDa
配列文字列:
MNHPTSTGGT AFNPPRPATM IYLCADCGAR NTIQAKEVIR CRECGHRVMY KMRTKRMVQF EAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

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分子 #12: Transcription elongation factor spt5

分子名称: Transcription elongation factor spt5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 123.489242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHPM SDKIIHLTDD SFDTDVLKAD GAILVDFWAE WCGPCKMIAP ILDEIADEYQ GKLTVAKLNI DQNPGTAPKY GIRGIPTLL LFKNGEVAAT KVGALSKGQL KEFLDANLAG SGSGSENLYF QGAMDTNSPK SIDKDANSTE VDAAEQDAAS V KINSTRAS ...文字列:
MKHHHHHHPM SDKIIHLTDD SFDTDVLKAD GAILVDFWAE WCGPCKMIAP ILDEIADEYQ GKLTVAKLNI DQNPGTAPKY GIRGIPTLL LFKNGEVAAT KVGALSKGQL KEFLDANLAG SGSGSENLYF QGAMDTNSPK SIDKDANSTE VDAAEQDAAS V KINSTRAS PNGSDLLNDD SEAAKITTNE KQSSPVDSHN ESPNDTTINK GEDGNENEVD NVNNNDKKED EDNVEENEEE AD ANEEEEE DEEDDEEDEE DEDESGGGRR KRARHDRRNQ FLDIEAEVDE DEEELEDEED EIGREDGFIE EEVGADYVGD DRR HRELDR QRQELQSVDA ERLAEEYREK YGRSQTVVGD TSNVPQRLLL PSVNDPNIWA VRCKIGKEKD IVFTIMRKAM DLQY TSSPL EIISAFQRDS LVGYIYVEAR KQSHVLDALN GVLNVYTNNM ILVPIKEMPD LLKVQKQVVE LLPGAYVRIR RGKYA GDLA QVDNLSENGL TARVRIVPRI DYSDGLKRKN SATRPQARLF NESEAFKSNP SKFSKRGPRL FLFNNEEFED GFLVKD IRI SSLITEGVNP TLDEVSKFNP NNEDLDLSSL ALSVKGGHAE FQPGDHVEVY VGEQTGVSGV VENVRGSVIT MVSSDGL RL DVPSRGLRKR FRHGDYVKVI AGKYKDDTGM VVRISKDEVT FLSDTLMTEL TVFSRDLGEA SSAQAVNSAY ELHDLVQL D VNTVACIFSV DRDTYKVIDQ NGGVRTVLAS QITMRHSNRR GVATDRNGAE IRIGDKVKEV GGEGKQGTIL HIYRAFVFL HNRDIAENNG VFSARSRNVA TIAAKGARIS ADLTKMNPAL SNGPALPPVA NLKRTIGRDK AIGATVRIRR GPMKGLLGVI KDTTDANAR VELHTGNKMV TIPKENLLYT TKTGELISYT EFIERSRGIR PGSISTADGP NVPNWAQGAR TPAVANGSRT P AWNTGSRT PAWNSGSKTP AWNSGSRTPA WNSGNKTPAW NAGSRTPAWN SGNKTPAWNV GNKTPAWNSG AKTPAWNAGN KT PSWNNGT KTPAWNANQT PMVANGTNTS WGQTPAYGGF SETNWDTEDN SKPYTAPTPG AWAAPTPGGW DDEEGDSPKY VPP SP

UniProtKB: Transcription elongation factor spt5

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分子 #16: 5'-3' exoribonuclease 2

分子名称: 5'-3' exoribonuclease 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 102.208312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGVPALFRLL SRKFAKVITP VIEAPTEKLP DGTEIEPDLS LPNPNGVECD NLYLDMNGIV HPCSHPEDRP APETEDEMMV AVFEYTDRI LAMVRPRQLL FIAIDGVAPR AKMNQQRSRR FRSSREAALK EEELQAFIEE AKQQGIPIDE NATKKKSWDS N CITPGTPF ...文字列:
MGVPALFRLL SRKFAKVITP VIEAPTEKLP DGTEIEPDLS LPNPNGVECD NLYLDMNGIV HPCSHPEDRP APETEDEMMV AVFEYTDRI LAMVRPRQLL FIAIDGVAPR AKMNQQRSRR FRSSREAALK EEELQAFIEE AKQQGIPIDE NATKKKSWDS N CITPGTPF MDTLAKSLRY YIINKLNSDP CWRNVRFILS DASVPGEGEH KIMEFIRSQR VKPEYDPNTH HVVYGLDAAL IM LGLATHE PHFRVLREDV FFQQGSTKKT KEERLGIKRL DDVSETNKVP VKKPFIWLNV SILREYLEVE LYVPNLPFPF DLE RAIDDW VFFIFFVGND FLPHLPSLDI RDGAVERLTE IWRASLPHMG GYLTLDGSVN LARAEVILSA VGNQEDDIFK RLKQ QEDRR NENYRRRQQR ESNQESESYV DNVVIQRSVE TQSTEVVTSS KSTSVDTKPP KKTQKIDAPA PVDLVNLSEK TSNRS LGAT NRELINNRAA NRLGLSREAA AVSSVNKLAA SALKAQLVSN ETLQNVPLED SIASSSAYED TDSIESSTPV VHPIDT KVS NVGQKRKAPD STEENENTDT VRLYEPGYRE RYYEQKFHIS PDEPEKIREA VKHYVHGLCW VLLYYYQGCP SWTWYYP YH YAPFAADFKD LASIDVKFEL NQPFKPYEQL LGVLPAASKN NLPEKLQTLM TDENSEIIDF YPENFTIDLN GKKFEWQG V ALLPFIDENR LLNAVSKIYP QLTEEESKRN EDGSTLLFIS EHHPMFSELV KQLYSKKRQG KPLKLSGKMA HGLFGKVNT NDSVIPNVSV QCPIDVTSAD ALQKYGSIDD NQSISLVFEV PKSHFVHKSM LLRGVKMPNR VLTPEDINQV RAERSFSSRR NNGNSGSGH HHHHHHH

UniProtKB: 5'-3' exoribonuclease 2

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分子 #13: DNA none template (34-MER)

分子名称: DNA none template (34-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.917541 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)

+
分子 #15: DNA template (40-MER)

分子名称: DNA template (40-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 14.659406 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)

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分子 #14: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
分子量理論値: 8.245842 KDa
配列文字列:
UGAAUCUAUU UCUUUUAUCG AGAGGU

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分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
100.0 mMNaCl
0.05 %Tween 20
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 24.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2200000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V3.8) / 使用した粒子像数: 215000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.8)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 95000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8qsz:
Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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