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- PDB-8qsz: Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qsz
タイトルStructure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • 5'-3' exoribonuclease 2
  • DNA none template (34-MER)
  • DNA template (40-MER)
  • RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')
  • Transcription elongation factor spt5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase II / Rai1 / Rat1 / Spt5 / DSIF / Termination / exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


rapid tRNA decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II, holoenzyme / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter ...rapid tRNA decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II, holoenzyme / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / mRNA Splicing - Major Pathway / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of chromosome segregation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Las1 complex / tRNA surveillance / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / 5'-3' RNA exonuclease activity / DNA-templated transcription elongation / DSIF complex / nuclear mRNA surveillance / intracellular phosphate ion homeostasis / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation factor activity / termination of RNA polymerase II transcription / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / pericentric heterochromatin / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / mRNA processing / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain ...5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor spt5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor spt5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / 5'-3' exoribonuclease 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Carrique, L. / Kus, K. / Vasiljeva, L. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust222510/Z/21/Z 英国
Wellcome TrustWT106994/Z/15/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: DSIF factor Spt5 coordinates transcription, maturation and exoribonucleolysis of RNA polymerase II transcripts.
著者: Krzysztof Kuś / Loic Carrique / Tea Kecman / Marjorie Fournier / Sarah Sayed Hassanein / Ebru Aydin / Cornelia Kilchert / Jonathan M Grimes / Lidia Vasiljeva /
要旨: Precursor messenger RNA (pre-mRNA) is processed into its functional form during RNA polymerase II (Pol II) transcription. Although functional coupling between transcription and pre-mRNA processing is ...Precursor messenger RNA (pre-mRNA) is processed into its functional form during RNA polymerase II (Pol II) transcription. Although functional coupling between transcription and pre-mRNA processing is established, the underlying mechanisms are not fully understood. We show that the key transcription termination factor, RNA exonuclease Xrn2 engages with Pol II forming a stable complex. Xrn2 activity is stimulated by Spt5 to ensure efficient degradation of nascent RNA leading to Pol II dislodgement from DNA. Our results support a model where Xrn2 first forms a stable complex with the elongating Pol II to achieve its full activity in degrading nascent RNA revising the current 'torpedo' model of termination, which posits that RNA degradation precedes Xrn2 engagement with Pol II. Spt5 is also a key factor that attenuates the expression of non-coding transcripts, coordinates pre-mRNA splicing and 3'-end processing. Our findings indicate that engagement with the transcribing Pol II is an essential regulatory step modulating the activity of RNA enzymes such as Xrn2, thus advancing our understanding of how RNA maturation is controlled during transcription.
履歴
登録2023年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
Y: Transcription elongation factor spt5
N: DNA none template (34-MER)
P: RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')
T: DNA template (40-MER)
X: 5'-3' exoribonuclease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)748,77117
ポリマ－748,70616
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ABCGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1


分子量: 194372.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P36594
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2


分子量: 138027.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q02061
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 33748.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P37382
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7


分子量: 19121.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14459
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9


分子量: 16253.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74635
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11


分子量: 14143.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87123

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 23954.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09191
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2


分子量: 15742.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P36595
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 14317.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q92399
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 8286.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13877
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4


分子量: 7216.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P48011

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タンパク質 , 2種, 2分子 YX

#12: タンパク質 Transcription elongation factor spt5


分子量: 123489.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: spt5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13936
#16: タンパク質 5'-3' exoribonuclease 2


分子量: 102208.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dhp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40848

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#13: DNA鎖 DNA none template (34-MER)


分子量: 14917.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#15: DNA鎖 DNA template (40-MER)


分子量: 14659.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 P

#14: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')


分子量: 8245.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES1
2100 mMNaCl1
30.05 %Tween 201
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持Film material: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 24000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.8粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4cryoSPARC3.8CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC3.8初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.8最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12cryoSPARCV3.8３次元再構成
13Coot0.9.8.7モデル精密化
14PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2200000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 42.75 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00432574
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.545344385
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04954967
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00485472
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.13174995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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