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万見
- EMDB-18629: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18629
タイトルSub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
マップデータSub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
試料
  • 複合体: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
キーワードLipid Shuttle Mycoplasma pneumoniae / LIPID BINDING PROTEIN
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Manger S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Essential protein P116 extracts cholesterol and other indispensable lipids for Mycoplasmas.
著者: Lasse Sprankel / David Vizarraga / Jesús Martín / Sina Manger / Jakob Meier-Credo / Marina Marcos / Josep Julve / Noemi Rotllan / Margot P Scheffer / Joan Carles Escolà-Gil / Julian D ...著者: Lasse Sprankel / David Vizarraga / Jesús Martín / Sina Manger / Jakob Meier-Credo / Marina Marcos / Josep Julve / Noemi Rotllan / Margot P Scheffer / Joan Carles Escolà-Gil / Julian D Langer / Jaume Piñol / Ignacio Fita / Achilleas S Frangakis /
要旨: Mycoplasma pneumoniae, responsible for approximately 30% of community-acquired human pneumonia, needs to extract lipids from the host environment for survival and proliferation. Here, we report a ...Mycoplasma pneumoniae, responsible for approximately 30% of community-acquired human pneumonia, needs to extract lipids from the host environment for survival and proliferation. Here, we report a comprehensive structural and functional analysis of the previously uncharacterized protein P116 (MPN_213). Single-particle cryo-electron microscopy of P116 reveals a homodimer presenting a previously unseen fold, forming a huge hydrophobic cavity, which is fully accessible to solvent. Lipidomics analysis shows that P116 specifically extracts lipids such as phosphatidylcholine, sphingomyelin and cholesterol. Structures of different conformational states reveal the mechanism by which lipids are extracted. This finding immediately suggests a way to control Mycoplasma infection by interfering with lipid uptake.
履歴
登録2023年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 568.32 Å		4.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 568.32 Å		4.44 Å/pix.
x 128 pix.
= 568.32 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-4.4226503 - 8.781199000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000013737 (±0.99999976)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 568.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered ...

全体名称: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
要素
  • 複合体: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).

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超分子 #1: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered ...

超分子名称: Sub-tomogram average of P116 from Mycoplasma pneumoniae tethered to the mycoplasma membrane (front views only).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: A 3.5 uL drop was applied to a (45 s) glow-discharged R1.2/1.3 C-flat grid (Electron Microscopy Science) with a 4 nm carbon-coat, and plunge-frozen in liquid ethane at 100 percent relative ...詳細: A 3.5 uL drop was applied to a (45 s) glow-discharged R1.2/1.3 C-flat grid (Electron Microscopy Science) with a 4 nm carbon-coat, and plunge-frozen in liquid ethane at 100 percent relative humidity, 4degC, and a nominal blot force of -1, with a wait and blotting time of 8-12 s..
詳細Tomography on intact M. pneumoniae cells.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Tilt-series were recorded using SerialEM v4.0.1423 at a nominal magnification of 81,000 (1.112 A per pixel) in nanoprobe EFTEM mode at 300 kV with a Titan Krios G2 (Thermo Fischer Scientific) electron microscope equipped with a BioQuantum-K3 imaging filter (Gatan), operated in zero-loss peak mode with 20 eV energy slit width, and a K3 Summit detector (Gatan). The total dose per tomogram was 120 e-/A2, and the tilt series covered an angular range from -60deg to 60deg with an angular increment of 3deg and a defocus set at -3 um.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: The total dose per tomogram was 120 e-/A2, and the tilt series covered an angular range from -60deg to 60deg with an angular increment of 3deg
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3,1)
詳細: Resolution approx. 30A. Only front views were used (and only the front view of the sub-tomogram average was analyzed.
使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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