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万見
- EMDB-1861: Visualising an RNA genome poised for release from its receptor co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1861
タイトルVisualising an RNA genome poised for release from its receptor complex.
マップデータThis is a cryo-EM icosahedrally-averaged reconstruction of bacteriophage MS2 unattached to F-pili.
試料
  • 試料: Bacteriophage MS2 unattached to F-pili
  • ウイルス: Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
キーワードMS2 / F-pili
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Toropova K / Stockley PG / Ranson NA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Visualising a viral RNA genome poised for release from its receptor complex.
著者: Katerina Toropova / Peter G Stockley / Neil A Ranson /
要旨: We describe the cryo-electron microscopy structure of bacteriophage MS2 bound to its receptor, the bacterial F-pilus. The virus contacts the pilus at a capsid 5-fold vertex, thus locating the surface- ...We describe the cryo-electron microscopy structure of bacteriophage MS2 bound to its receptor, the bacterial F-pilus. The virus contacts the pilus at a capsid 5-fold vertex, thus locating the surface-accessible portion of the single copy of the pilin-binding maturation protein present in virions. This arrangement allows a 5-fold averaged map to be calculated, showing for the first time in any virus-receptor complex the nonuniform distribution of RNA within the capsid. Strikingly, at the vertex that contacts the pilus, a rod of density that may include contributions from both genome and maturation protein sits above a channel that goes through the capsid to the outside. This density is reminiscent of the DNA density observed in the exit channel of double-stranded DNA phages, suggesting that the RNA-maturation protein complex is poised to leave the capsid as the first step of the infection process.
履歴
登録2011年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年2月4日-
マップ公開2011年4月13日-
更新2011年4月13日-
現状2011年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1861_emdb.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1861.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cryo-EM icosahedrally-averaged reconstruction of bacteriophage MS2 unattached to F-pili.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.96 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-3.27756 - 5.02953
平均 (標準偏差)0.00000000434318 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 392 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.961.961.96
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.000392.000392.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-159
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.2785.0300.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage MS2 unattached to F-pili

全体名称: Bacteriophage MS2 unattached to F-pili
要素
  • 試料: Bacteriophage MS2 unattached to F-pili
  • ウイルス: Enterobacterio phage MS2 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage MS2 unattached to F-pili

超分子名称: Bacteriophage MS2 unattached to F-pili / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: single bacteriophage particle / Number unique components: 1

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超分子 #1: Enterobacterio phage MS2

超分子名称: Enterobacterio phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: MS2
詳細: MS2 unattached to F-pili (which are also present in the sample).
NCBI-ID: 12022 / 生物種: Enterobacterio phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: MS2
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 280 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.5 mM EDTA
グリッド詳細: Lacey carbon copper mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 22 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Double sided custom pneumatic blotter
手法: 1.6s blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 9.88 µm / 実像数: 252 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 862
最終 2次元分類クラス数: 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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