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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18497 | |||||||||
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タイトル | Human Sirtuin 6 in complex with nucleosome - structure showing H2A tail path | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Histone deacetylase / Sirtuin / nucleosome / TRANSCRIPTION | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Smirnova E / Bignon E / Schultz P / Papai G / Ben-Shem A | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Binding to nucleosome poises human SIRT6 for histone H3 deacetylation. 著者: Ekaterina Smirnova / Emmanuelle Bignon / Patrick Schultz / Gabor Papai / Adam Ben Shem / 要旨: Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent histone H3 deacetylase that is prominently found associated with chromatin, attenuates transcriptionally active promoters and regulates DNA repair, metabolic ...Sirtuin 6 (SIRT6) is an NAD-dependent histone H3 deacetylase that is prominently found associated with chromatin, attenuates transcriptionally active promoters and regulates DNA repair, metabolic homeostasis and lifespan. Unlike other sirtuins, it has low affinity to free histone tails but demonstrates strong binding to nucleosomes. It is poorly understood how SIRT6 docking on nucleosomes stimulates its histone deacetylation activity. Here, we present the structure of human SIRT6 bound to a nucleosome determined by cryogenic electron microscopy. The zinc finger domain of SIRT6 associates tightly with the acidic patch of the nucleosome through multiple arginine anchors. The Rossmann fold domain binds to the terminus of the looser DNA half of the nucleosome, detaching two turns of the DNA from the histone octamer and placing the NAD binding pocket close to the DNA exit site. This domain shows flexibility with respect to the fixed zinc finger and moves with, but also relative to, the unwrapped DNA terminus. We apply molecular dynamics simulations of the histone tails in the nucleosome to show that in this mode of interaction, the active site of SIRT6 is perfectly poised to catalyze deacetylation of the H3 histone tail and that the partial unwrapping of the DNA allows even lysines close to the H3 core to reach the enzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18497.map.gz | 31.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18497-v30.xml emd-18497.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18497.png | 64.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18497.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_18497_half_map_1.map.gz emd_18497_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18497 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18497_validation.pdf.gz | 907.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18497_full_validation.pdf.gz | 907 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18497_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18497_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.862 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18497_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18497_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human Sirtuin 6 in complex with nucleosome
全体 | 名称: Human Sirtuin 6 in complex with nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Sirtuin 6 in complex with nucleosome
超分子 | 名称: Human Sirtuin 6 in complex with nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Sirtuin 6
分子 | 名称: Sirtuin 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSVNYAAGLS PYADKGKCGL PEIFDPPEEL ERKVWELARL VWQSSSVVFH TGAGISTASG IPDFRGPHG VWTMEERGLA PKFDTTFESA RPTQTHMALV QLERVGLLRF LVSQNVDGLH V RSGFPRDK LAELHGNMFV EECAKCKTQY VRDTVVGTMG LKATGRLCTV ...文字列: MSVNYAAGLS PYADKGKCGL PEIFDPPEEL ERKVWELARL VWQSSSVVFH TGAGISTASG IPDFRGPHG VWTMEERGLA PKFDTTFESA RPTQTHMALV QLERVGLLRF LVSQNVDGLH V RSGFPRDK LAELHGNMFV EECAKCKTQY VRDTVVGTMG LKATGRLCTV AKARGLRACR GE LRDTILD WEDSLPDRDL ALADEASRNA DLSITLGTSL QIRPSGNLPL ATKRRGGRLV IVN LQPTKH DRHADLRIHG YVDEVMTRLM KHLGLEIPAW DGPRVLERAL PPLPRPPTPK LEPK EESPT RINGSIPAGP KQEPCAQHNG SEPASPKRER PTSPAPHRPP KRVKAKAVPS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Hepes pH 7.5, 2% glycerol v/v, 0.5 mM TCEP and 150 mM NaCl |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 90 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio in cryoSPARC |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 97164 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |