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万見
- EMDB-18455: Human Adenovirus type 11 fiber knob in complex with its cell rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18455
タイトルHuman Adenovirus type 11 fiber knob in complex with its cell receptors, Desmoglein-2 and CD46
マップデータThis is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46
試料
  • 複合体: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2)
    • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane cofactor protein
    • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2
キーワードadenovirus / cell entry / receptor binding / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / negative regulation of complement activation, classical pathway / Keratinization / T cell mediated immunity / regulation of Notch signaling pathway ...sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / negative regulation of complement activation, classical pathway / Keratinization / T cell mediated immunity / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / positive regulation of interleukin-10 production / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / single fertilization / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / complement activation, classical pathway / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / Regulation of Complement cascade / response to progesterone / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell junction / viral capsid / signaling receptor activity / virus receptor activity / adaptive immune response / cell adhesion / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / focal adhesion / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / host cell nucleus / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane cofactor protein CD46 / Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / : / Catenin binding domain superfamily ...Membrane cofactor protein CD46 / Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / : / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane cofactor protein / Fiber protein / Desmoglein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Human adenovirus 11 (ヒトアデノウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Effantin G
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Toward the understanding of DSG2 and CD46 interaction with HAdV-11 fiber, a super-complex analysis.
著者: Gregory Effantin / Marc-André Hograindleur / Daphna Fenel / Pascal Fender / Emilie Vassal-Stermann /
要旨: The main limitation of oncolytic vectors is neutralization by blood components, which prevents intratumoral administration to patients. Enadenotucirev, a chimeric HAdV-11p/HAdV-3 adenovirus ...The main limitation of oncolytic vectors is neutralization by blood components, which prevents intratumoral administration to patients. Enadenotucirev, a chimeric HAdV-11p/HAdV-3 adenovirus identified by bio-selection, is a low seroprevalence vector active against a broad range of human carcinoma cell lines. At this stage, there's still some uncertainty about tropism and primary receptor utilization by HAdV-11. However, this information is very important, as it has a direct influence on the effectiveness of HAdV-11-based vectors. The aim of this work is to determine which of the two receptors, DSG2 and CD46, is involved in the attachment of the virus to the host, and what role they play in the early stages of infection.
履歴
登録2023年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18455.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18455.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 250 pix.
= 210. Å		0.84 Å/pix.
x 250 pix.
= 210. Å		0.84 Å/pix.
x 250 pix.
= 210. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.018136717 - 0.0424414
平均 (標準偏差)0.00006339459 (±0.0015430214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 210.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18455_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is the 3D reconstruction of hAd11k in...

ファイルemd_18455_half_map_1.map
注釈This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: This is the 3D reconstruction of hAd11k in...

ファイルemd_18455_half_map_2.map
注釈This is the 3D reconstruction of hAd11k in complex with rDSG2 and CD46 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human des...

全体名称: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2)
要素
  • 複合体: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2)
    • タンパク質・ペプチド: Fiber protein
    • タンパク質・ペプチド: Membrane cofactor protein
    • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2

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超分子 #1: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human des...

超分子名称: Complex between the human adenovirus 11 fiber knob, the human desmoglein 2 (domains ec2/ec3) and the human CD46 (domains SCR1 and SCR2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Fiber protein

分子名称: Fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 11 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 35.564773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTKRVRLSDS FNPVYPYEDE STSQHPFINP GFISPNGFTQ SPNGVLTLKC LTPLTTTGGS LQLKVGGGLT VDDTNGFLKE NISATTPLV KTGHSIGLPL GAGLGTNENK LCIKLGQGLT FNSNNICIDD NINTLWTGVN PTEANCQIMN SSESNDCKLI L TLVKTGAL ...文字列:
MTKRVRLSDS FNPVYPYEDE STSQHPFINP GFISPNGFTQ SPNGVLTLKC LTPLTTTGGS LQLKVGGGLT VDDTNGFLKE NISATTPLV KTGHSIGLPL GAGLGTNENK LCIKLGQGLT FNSNNICIDD NINTLWTGVN PTEANCQIMN SSESNDCKLI L TLVKTGAL VTAFVYVIGV SNNFNMLTTH RNINFTAELF FDSTGNLLTR LSSLKTPLNH KSGQNMATGA ITNAKGFMPS TT AYPFNDN SREKENYIYG TCYYTASDRT AFPIDISVML NRRAINDETS YCIRITWSWN TGDAPEVQTS ATTLVTSPFT FYY IREDD

UniProtKB: Fiber protein

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分子 #2: Membrane cofactor protein

分子名称: Membrane cofactor protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.795164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEPPGRRECP FPSWRFPGLL LAAMVLLLYS FSDACEEPPT FEAMELIGKP KPYYEIGERV DYKCKKGYFY IPPLATHTIC DRNHTWLPV SDDACYRETC PYIRDPLNGQ AVPANGTYEF GYQMHFICNE GYYLIGEEIL YCELKGSVAI WSGKPPICEK V LCTPPPKI ...文字列:
MEPPGRRECP FPSWRFPGLL LAAMVLLLYS FSDACEEPPT FEAMELIGKP KPYYEIGERV DYKCKKGYFY IPPLATHTIC DRNHTWLPV SDDACYRETC PYIRDPLNGQ AVPANGTYEF GYQMHFICNE GYYLIGEEIL YCELKGSVAI WSGKPPICEK V LCTPPPKI KNGKHTFSEV EVFEYLDAVT YSCDPAPGPD PFSLIGESTI YCGDNSVWSR AAPECKVVKC RFPVVENGKQ IS GFGKKFY YKATVMFECD KGFYLDGSDT IVCDSNSTWD PPVPKCLKVL PPSSTKPPAL SHSVSTSSTT KSPASSASGP RPT YKPPVS NYPGYPKPEE GILDSLDVWV IAVIVIAIVV GVAVICVVPY RYLQRRKKKG TYLTDETHRE VKFTSL

UniProtKB: Membrane cofactor protein

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分子 #3: Desmoglein-2

分子名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 122.421633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARSPGRAYA LLLLLICFNV GSGLHLQVLS TRNENKLLPK HPHLVRQKRA WITAPVALRE GEDLSKKNPI AKIHSDLAEE RGLKITYKY TGKGITEPPF GIFVFNKDTG ELNVTSILDR EETPFFLLTG YALDARGNNV EKPLELRIKV LDINDNEPVF T QDVFVGSV ...文字列:
MARSPGRAYA LLLLLICFNV GSGLHLQVLS TRNENKLLPK HPHLVRQKRA WITAPVALRE GEDLSKKNPI AKIHSDLAEE RGLKITYKY TGKGITEPPF GIFVFNKDTG ELNVTSILDR EETPFFLLTG YALDARGNNV EKPLELRIKV LDINDNEPVF T QDVFVGSV EELSAAHTLV MKINATDADE PNTLNSKISY RIVSLEPAYP PVFYLNKDTG EIYTTSVTLD REEHSSYTLT VE ARDGNGE VTDKPVKQAQ VQIRILDVND NIPVVENKVL EGMVEENQVN VEVTRIKVFD ADEIGSDNWL ANFTFASGNE GGY FHIETD AQTNEGIVTL IKEVDYEEMK NLDFSVIVAN KAAFHKSIRS KYKPTPIPIK VKVKNVKEGI HFKSSVISIY VSES MDRSS KGQIIGNFQA FDEDTGLPAH ARYVKLEDRD NWISVDSVTS EIKLAKLPDF ESRYVQNGTY TVKIVAISED YPRKT ITGT VLINVEDIND NCPTLIEPVQ TICHDAEYVN VTAEDLDGHP NSGPFSFSVI DKPPGMAEKW KIARQESTSV LLQQSE KKL GRSEIQFLIS DNQGFSCPEK QVLTLTVCEC LHGSGCREAQ HDSYVGLGPA AIALMILAFL LLLLVPLLLL MCHCGKG AK GFTPIPGTIE MLHPWNNEGA PPEDKVVPSF LPVDQGGSLV GRNGVGGMAK EATMKGSSSA SIVKGQHEMS EMDGRWEE H RSLLSGRATQ FTGATGAIMT TETTKTARAT GASRDMAGAQ AAAVALNEEF LRNYFTDKAA SYTEEDENHT AKDCLLVYS QEETESLNAS IGCCSFIEGE LDDRFLDDLG LKFKTLAEVC LGQKIDINKE IEQRQKPATE TSMNTASHSL CEQTMVNSEN TYSSGSSFP VPKSLQEANA EKVTQEIVTE RSVSSRQAQK VATPLPDPMA SRNVIATETS YVTGSTMPPT TVILGPSQPQ S LIVTERVY APASTLVDQP YANEGTVVVT ERVIQPHGGG SNPLEGTQHL QDVPYVMVRE RESFLAPSSG VQPTLAMPNI AV GQNVTVT ERVLAPASTL QSSYQIPTEN SMTARNTTVS GAGVPGPLPD FGLEESGHSN STITTSSTRV TKHSTVQHSY S

UniProtKB: Desmoglein-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180510
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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