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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18436 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Human Serine Hydroxymethyltransferase, isoform 2 (SHMT2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | one-carbon metabolism / folate cycle / tetrahydtofolate / mitochondria / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / Metabolism of folate and pterines ...BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / Metabolism of folate and pterines / regulation of oxidative phosphorylation / tetrahydrofolate metabolic process / response to type I interferon / protein K63-linked deubiquitination / tetrahydrofolate interconversion / regulation of aerobic respiration / amino acid binding / mitochondrial nucleoid / RHOG GTPase cycle / Mitochondrial protein degradation / protein tetramerization / microtubule cytoskeleton / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / protein homotetramerization / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Rutkiewicz M / Tran LH / Ruszkowski M | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. 著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / 要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18436.map.gz | 97.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18436-v30.xml emd-18436.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18436_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18436.png | 145 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18436.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_18436_half_map_1.map.gz emd_18436_half_map_2.map.gz | 95.3 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18436 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18436 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18436_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18436_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18436_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18436_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18436 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18436 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qi7MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18436.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18436_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18436_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SHMT2 in the form of PLP internal aldimine
全体 | 名称: SHMT2 in the form of PLP internal aldimine |
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要素 |
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-超分子 #1: SHMT2 in the form of PLP internal aldimine
超分子 | 名称: SHMT2 in the form of PLP internal aldimine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
分子 | 名称: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycine hydroxymethyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 52.944973 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAAQTQTGE ANRGWTGQES LSDSDPEMWE LLQREKDRQC RGLELIASEN FCSRAALEAL GSCLNNKYSE GYPGKRYYGG AEVVDEIEL LCQRRALEAF DLDPAQWGVN VQPYSGSPAN LAVYTALLQP HDRIMGLDLP DGGHLTHGYM SDVKRISATS I FFESMPYK ...文字列: SNAAQTQTGE ANRGWTGQES LSDSDPEMWE LLQREKDRQC RGLELIASEN FCSRAALEAL GSCLNNKYSE GYPGKRYYGG AEVVDEIEL LCQRRALEAF DLDPAQWGVN VQPYSGSPAN LAVYTALLQP HDRIMGLDLP DGGHLTHGYM SDVKRISATS I FFESMPYK LNPKTGLIDY NQLALTARLF RPRLIIAGTS AYARLIDYAR MREVCDEVKA HLLADMAHIS GLVAAKVIPS PF KHADIVT TTTH(LLP)TLRGA RSGLIFYRKG VKAVDPKTGR EIPYTFEDRI NFAVFPSLQG GPHNHAIAAV AVALKQACT PMFREYSLQV LKNARAMADA LLERGYSLVS GGTDNHLVLV DLRPKGLDGA RAERVLELVS ITANKNTCPG DRSAITPGGL RLGAPALTS RQFREDDFRR VVDFIDEGVN IGLEVKSKTA KLQDFKSFLL KDSETSQRLA NLRQRVEQFA RAFPMPGFDE H UniProtKB: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 117 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7948 / 平均電子線量: 40.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |