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- EMDB-18416: Cryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18416
タイトルCryo-EM structure of the monocin tail-tube, MttP.
マップデータMap at 2.3 Angstrom
試料
  • 複合体: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP)
    • タンパク質・ペプチド: Antigen A
  • リガンド: water水
キーワードListeria (リステリア) / monocytogenes / tailocins / TOXIN (毒素)
機能・相同性Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Antigen A
機能・相同性情報
生物種Listera / Listeria monocytogenes 10403S (リステリア・モノサイトゲネス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R ...Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R / Frank GA / Herskovits AA
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)817842European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tailocin cell factories
著者: Nadejda S / Lichtenstein R / Schlussel S / Azulay G / Borovok I / Holdengraber V / Elad N / Wolf SG / Zalk R / Zarivach R / Frank GA / Herskovits AA
履歴
登録2023年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map at 2.3 Angstrom
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330.4 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330.4 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.0359054 - 1.8021723
平均 (標準偏差)0.0008866526 (±0.055328216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18416_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18416_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG...

全体名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP)
要素
  • 複合体: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP)
    • タンパク質・ペプチド: Antigen A
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG...

超分子名称: Listeria monocytogenes 10403S monocin tail tube comprised of LMRG_02367 tail tube protein (MttP)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Listera
分子量理論値: 1 kDa/nm

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分子 #1: Antigen A

分子名称: Antigen A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes 10403S (リステリア・モノサイトゲネス)
分子量理論値: 18.01026 KDa
組換発現生物種: Listeria monocytogenes 10403S (リステリア・モノサイトゲネス)
配列文字列:
MAFEENLYCD YTPGAAKAVA GKDVILAVFN AAGDKLLAVA GQQGLTVNRS KDSIEITSKD TVGGWKSKIG GMKEWSIEND GLYVADAES HKELAKYFES DSPVCVKIIN QASKKGLFGG LAIVADYSFE APFDEAMTYS VKLDGMGALV DLTITEGGDQ M PGETPVAP AE

UniProtKB: Antigen A

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 337 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 20 K / 詳細: Homemade pneumatic apparatus.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 49.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 503874 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 39.297 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 25.078 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2) / ソフトウェア - 詳細: Helical Refinement / 使用した粒子像数: 490830
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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