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- EMDB-18402: cryo-EM structure of apo-TcdB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18402
タイトルcryo-EM structure of apo-TcdB
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B
    • 細胞器官・細胞要素: masked region 2- DRBD & CROP domains
      • Other: apo-TcdB
キーワードmicrobiology / pore forming region / CROP dynamics / TOXIN
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Kinsolving J / Bous J
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 11件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2019-01190 スウェーデン
Cancerfonden20 1102 PjF スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0070008 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0078104 デンマーク
Other government2021-00430
Other government2018-01562
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
Cancerfonden20 1287 PjF スウェーデン
Cancerfonden202 0264 PjF スウェーデン
Swedish Research Council2022-01398 スウェーデン
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Structural and functional insight into the interaction of Clostridioides difficile toxin B and FZD.
著者: Julia Kinsolving / Julien Bous / Pawel Kozielewicz / Sara Košenina / Rawan Shekhani / Lukas Grätz / Geoffrey Masuyer / Yuankai Wang / Pål Stenmark / Min Dong / Gunnar Schulte /
要旨: The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible ...The G protein-coupled receptors of the Frizzled (FZD) family, in particular FZD, are receptors that are exploited by Clostridioides difficile toxin B (TcdB), the major virulence factor responsible for pathogenesis associated with Clostridioides difficile infection. We employ a live-cell assay examining the affinity between full-length FZDs and TcdB. Moreover, we present cryoelectron microscopy structures of TcdB alone and in complex with full-length FZD, which reveal that large structural rearrangements of the combined repetitive polypeptide domain are required for interaction with FZDs and other TcdB receptors, constituting a first step for receptor recognition. Furthermore, we show that bezlotoxumab, an FDA-approved monoclonal antibody to treat Clostridioides difficile infection, favors the apo-TcdB structure and thus disrupts binding with FZD. The dynamic transition between the two conformations of TcdB also governs the stability of the pore-forming region. Thus, our work provides structural and functional insight into how conformational dynamics of TcdB determine receptor binding.
履歴
登録2023年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 500 pix.
= 579.6 Å		1.16 Å/pix.
x 500 pix.
= 579.6 Å		1.16 Å/pix.
x 500 pix.
= 579.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1592 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.331
最小 - 最大-0.50141305 - 1.2396462
平均 (標準偏差)-0.0005091559 (±0.019828677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 579.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18402_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18402_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : apo-structure of Clostridioides difficile toxin B

全体名称: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B
要素
  • 細胞器官・細胞要素: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B
    • 細胞器官・細胞要素: masked region 2- DRBD & CROP domains
      • Other: apo-TcdB

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超分子 #1: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B

超分子名称: apo-structure of Clostridioides difficile toxin B / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

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超分子 #2: masked region 2- DRBD & CROP domains

超分子名称: masked region 2- DRBD & CROP domains / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)

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分子 #1: apo-TcdB

分子名称: apo-TcdB / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
配列文字列: mdklvhlnqr gkctmslvnr kqlekmanvr frtqedeyva ildaleeyhn msentvveky lklkdinslt diyidtykks grnkalkkfk eylvtevl e lknnnltpve knlhfvwigg qindtainyi nqwkdvnsdy nvnvfydsna flintlkktv vesaindtle ...文字列:
mdklvhlnqr gkctmslvnr kqlekmanvr frtqedeyva ildaleeyhn msentvveky lklkdinslt diyidtykks grnkalkkfk eylvtevl e lknnnltpve knlhfvwigg qindtainyi nqwkdvnsdy nvnvfydsna flintlkktv vesaindtle sfrenlndpr fdynkffrkr meiiydk qk nfinyykaqr eenpeliidd ivktylsney skeidelnty ieeslnkitq nsgndvrnfe efkngesfnl yeqelverwn laaasdilri salkeigg m yldvdmlpgi qpdlfesiek pssvtvdfwe mtkleaimky keyipeytse hfdmldeevq ssfesvlask sdkseifssl gdmeasplev kiaf nskgi inqglisvkd sycsnlivkq ienrykilnn slnpaisedn dfntttntfi dsimaeanad ngrfmmelgk ylrvgffpdv kttinlsgpe ayaaa yqdl lmfkegsmni hlieadlrnf eisktnisqs teqemaslws fddarakaqf eeykrnyfeg slgeddnldf sqnivvdkey llekisslar sserg yihy ivqlqgdkis yeaacnlfak tpydsvlfqk niedseiayy ynpgdgeiqe idkykipsii sdrpkikltf ighgkdefnt difagfdvds lsteieaa i dlakedispk sieinllgcn mfsysinvee typgklllkv kdkiselmps isqdsiivsa nqyevrinse grrelldhsg ewinkeesii kdisskeyis f npkenkit vksknlpels tllqeirnns nssdieleek vmlteceinv isnidtqive erieeaknlt sdsinyikde fkliesisda lcdlkqqnel edsh fisfe disetdegfs irfinketge sifvetekti fseyanhite eiskikgtif dtvngklvkk vnldtthevn tlnaaffiqs lieynsskes lsnlsvamkv qvyaqlfst glntitdaak vvelvstald etidllptls eglpiiatii dgvslgaaik elsetsdpll rqeieakigi mavnlttatt aiitsslgia sgfsillvpl a gisagips lvnnelvlrd katkvvdyfk hvslvetegv ftllddkimm pqddlvisei dfnnnsivlg kceiwrmegg sghtvtddid hffsapsity r ephlsiyd vlevqkeeld lskdlmvlpn apnrvfawet gwtpglrsle ndgtklldri rdnyegefyw ryfafiadal ittlkpryed tnirinldsn trs fivpii tteyirekls ysfygsggty alslsqynmg inielsesdv wiidvdnvvr dvtiesdkik kgdliegils tlsieenkii lnsheinfsg evngsngfv sltfsilegi naiievdlls ksykllisge lkilmlnsnh iqqkidyigf nselqknipy sfvdsegken gfingstkeg lfvselpdvv liskvymdds kpsf gyysn nlkdvkvitk dnvniltgyy lkddikisls ltlqdektik lnsvhldesg vaeilkfmnr kgntntsdsl msflesmnik sifvnflqsn ikfildan f iisgttsigq feficdendn iqpyfikfnt letnytlyvg nrqnmivepn ydlddsgdis stvinfsqky lygidscvnk vvispniytd einitpvyet n ntypeviv ldanyineki nvnindlsir yvwsndgndf ilmstseenk vsqvkirfvn vfkdktlank lsfnfsdkqd vpvseiilsf tpsyyedgli gy dlglvsl ynekfyinnf gmmvsgliyi ndslyyfkpp vnnlitgfvt vgddkyyfnp inggaasige tiiddknyyf nqsgvlqtgv fstedgfkyf apa ntlden legeaidftg kliideniyy fddnyrgave wkeldgemhy fspetgkafk glnqigdyky yfnsdgvmqk gfvsindnkh yfddsgvmk vgyteidgkh fyfaengemq igvfntedgf kyfahhnedl gneegeeisy sgilnfnnki yyfddsftav vgwkdledgs kyyfdedtae ayiglsli n dgqyyfnddg imqvgfvtin dkvfyfsdsg iiesgvqnid dnyfyiddng ivqigvfdts dgykyfapan tvndniygqa veysglvrvg edvyyf get ytietgwiyd menesdkyyf npetkkackg inliddikyy fdekgimrtg lisfennnyy fnengemqfg yiniedkmfy fgedgvmqig vf ntpdgfk yfahqntlde nfegesinyt gwldldekry yftdeyiaat gsviidgeey yfdpdtaqlv isegyrphag lrgshhhhhh
組換発現生物種: Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.630 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.1 MTRIS-HCltris hydrochloride
0.2 MNaClsodium chloride
0.002 %LMNGlauryl maltose neopentyl glycol
0.0002 %CHScholesteryl hemisuccinate tris salt
0.0002 %GDNglyco diosgenin

詳細: 100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17269 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.453 e/Å2
詳細: Images collected in super-resolution mode, faster acquisition mode, with 4 exposures per hole
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5240176
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 41523
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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