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万見
- EMDB-1834: Planar configuration of the Drosophila melanogaster Mcm2-7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1834
タイトルPlanar configuration of the Drosophila melanogaster Mcm2-7 complex
マップデータPlanar configuration of the Mcm2-7
試料
  • 試料: Mcm2-7
  • タンパク質・ペプチド: Mcm2
  • タンパク質・ペプチド: Mcm3
  • タンパク質・ペプチド: Mcm4
  • タンパク質・ペプチド: Mcm5
  • タンパク質・ペプチド: Mcm6
  • タンパク質・ペプチド: Mcm7
キーワードDNA replication / helicase / AAA+ ATPase
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Costa A / Ilves I / Tamberg N / Petojevic T / Nogales E / Botchan M / Berger JM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: The structural basis for MCM2-7 helicase activation by GINS and Cdc45.
著者: Alessandro Costa / Ivar Ilves / Nele Tamberg / Tatjana Petojevic / Eva Nogales / Michael R Botchan / James M Berger /
要旨: Two central steps for initiating eukaryotic DNA replication involve loading of the Mcm2-7 helicase onto double-stranded DNA and its activation by GINS-Cdc45. To better understand these events, we ...Two central steps for initiating eukaryotic DNA replication involve loading of the Mcm2-7 helicase onto double-stranded DNA and its activation by GINS-Cdc45. To better understand these events, we determined the structures of Mcm2-7 and the CMG complex by using single-particle electron microscopy. Mcm2-7 adopts two conformations--a lock-washer-shaped spiral state and a planar, gapped-ring form--in which Mcm2 and Mcm5 flank a breach in the helicase perimeter. GINS and Cdc45 bridge this gap, forming a topologically closed assembly with a large interior channel; nucleotide binding further seals off the discontinuity between Mcm2 and Mcm5, partitioning the channel into two smaller pores. Together, our data help explain how GINS and Cdc45 activate Mcm2-7, indicate that Mcm2-7 loading may be assisted by a natural predisposition of the hexamer to form open rings, and suggest a mechanism by which the CMG complex assists DNA strand separation.
履歴
登録2010年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月9日-
マップ公開2011年4月8日-
更新2011年4月15日-
現状2011年4月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1834.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1834.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Planar configuration of the Mcm2-7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.7 Å/pix.
x 64 pix.
= 364.8 Å		5.7 Å/pix.
x 64 pix.
= 364.8 Å		5.7 Å/pix.
x 64 pix.
= 364.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.48 / ムービー #1: 3.48
最小 - 最大-1.36268 - 23.135400000000001
平均 (標準偏差)-0.0000000024735 (±0.999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 364.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.75.75.7
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z364.800364.800364.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-24-70
NX/NY/NZ6149141
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-1.36323.135-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mcm2-7

全体名称: Mcm2-7
要素
  • 試料: Mcm2-7
  • タンパク質・ペプチド: Mcm2
  • タンパク質・ペプチド: Mcm3
  • タンパク質・ペプチド: Mcm4
  • タンパク質・ペプチド: Mcm5
  • タンパク質・ペプチド: Mcm6
  • タンパク質・ペプチド: Mcm7

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超分子 #1000: Mcm2-7

超分子名称: Mcm2-7 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: One Mcm2-7 heterohexamer / Number unique components: 6
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #1: Mcm2

分子名称: Mcm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Mcm2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 100 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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分子 #2: Mcm3

分子名称: Mcm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Mcm3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 91 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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分子 #3: Mcm4

分子名称: Mcm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Mcm4 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 97 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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分子 #4: Mcm5

分子名称: Mcm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Mcm5 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 82 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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分子 #5: Mcm6

分子名称: Mcm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Mcm6 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 92 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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分子 #6: Mcm7

分子名称: Mcm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Mcm7 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: Fruit Fly
分子量実験値: 81 KDa
組換発現生物種: Baculovirus infected insect cells

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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