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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18325 | |||||||||
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タイトル | Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs (ND4 & ND5 focus refinement) | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Respiratory complex I / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Nanodiscs / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ivanov BS / Bridges HR / Hirst J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans 著者: Ivanov BS / Bridges HR / Hirst J / Jarman OD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18325.map.gz | 917.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18325-v30.xml emd-18325.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18325_fsc.xml | 22.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18325.png | 147.1 KB | ||
マスクデータ | emd_18325_msk_1.map | 1000 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18325.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_18325_half_map_1.map.gz emd_18325_half_map_2.map.gz | 811.3 MB 811.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18325 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18325 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18325_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18325_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18325_validation.xml.gz | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18325_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18325 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18325 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qc1MC 8qbyC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18325.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.745 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18325_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 1
ファイル | emd_18325_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_18325_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Respiratory complex I
全体 | 名称: Respiratory complex I |
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要素 |
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-超分子 #1: Respiratory complex I
超分子 | 名称: Respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア) |
-分子 #1: NADH dehydrogenase subunit M
分子 | 名称: NADH dehydrogenase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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由来(天然) | 生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 56.519906 KDa |
配列 | 文字列: MTNLLSIITF LPIVAAIIMA LFLRGQDEAA ARNAKWLALL TTTATFVISL FVLFRFDPAN TGFQFVEDHA WIMGLRYKMG VDGISVLFV LLTTFMMPLT ILSTWQVQDK VKEYMIAFLV LEGLMIGVFT ALDLVLFYLF FEAGLIPMFL IIGIWGGKDR I YASFKFFL ...文字列: MTNLLSIITF LPIVAAIIMA LFLRGQDEAA ARNAKWLALL TTTATFVISL FVLFRFDPAN TGFQFVEDHA WIMGLRYKMG VDGISVLFV LLTTFMMPLT ILSTWQVQDK VKEYMIAFLV LEGLMIGVFT ALDLVLFYLF FEAGLIPMFL IIGIWGGKDR I YASFKFFL YTFLGSVLML VAMIAMYRMA GTTDIPTLLT FDFPSENFRL LGMTVVGGMQ MLLFLAFFAS FAVKMPMWPV HT WLPDAHV QAPTAGSVLL AAVLLKMGGY GFLRFSLPMF PVASGVAQPY VFWLSAIAIV YTSLVALAQS DMKKVIAYSS VAH MGYVTM GVFAANQIGV DGAIFQMLSH GFISGALFLC VGVIYDRMHT REIDAYGGLV NRMPAYAAVF MFFTMANVGL PGTS GFVGE FLTLMGVFRV DTWVALVATS GVILSAAYAL WLYRRVTLGQ LIKESLKSIT DMTPRERWVF IPLIAMTLIL GVYPR LVTD VTGPAVAALV QDYNQSQPAA PVATAQASH UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit M |
-分子 #2: NADH dehydrogenase subunit L
分子 | 名称: NADH dehydrogenase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
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由来(天然) | 生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 77.811352 KDa |
配列 | 文字列: MEKFVLFAPL IASLIAGLGW RAIGEKAAQY LTTGVLFLSC LISWYLFLSF DGVPRHIPVL DWVVTGDFHA EWAIRLDRLT AIMLIVVTT VSALVHMYSL GYMAHDDNWT HDEHYKARFF AYLSFFTFAM LMLVTADNLL QMFFGWEGVG VASYLLIGFY Y KKASANAA ...文字列: MEKFVLFAPL IASLIAGLGW RAIGEKAAQY LTTGVLFLSC LISWYLFLSF DGVPRHIPVL DWVVTGDFHA EWAIRLDRLT AIMLIVVTT VSALVHMYSL GYMAHDDNWT HDEHYKARFF AYLSFFTFAM LMLVTADNLL QMFFGWEGVG VASYLLIGFY Y KKASANAA AMKAFIVNRV GDFGFLLGIF GIYWLTGSVQ FDEIFRQVPQ LAQTEMHFLW RDWNAANLLG FLLFVGAMGK SA QLLLHTW LPDAMEGPTP VSALIHAATM VTAGVFLVCR MSPLYEFAPD AKNFIVIIGA TTAFFAATVG LVQNDIKRVI AYS TCSQLG YMFVAAGVGV YSAAMFHLLT HAFFKAMLFL GAGSVIHAMH HEQDMRNYGG LRKKIPLTFW AMMIGTFAIT GVGI PLTHL GFAGFLSKDA IIESAYAGSG YAFWLLVIAA CFTSFYSWRL IFLTFYGKPR GDHHAHDHAH ESPPVMTIPL GVLAI GAVF AGMVWYGPFF GDHHKVTEYF HIAGAHHEAA EGEEAEHATA EAPVEHAVAD TATAEGEAAA EAEHAEIAAP VGGAIY MHP DNHIMDEAHH APAWVKVSPF VAMVLGLITA WTFYIANPSL PRRLAAQQPA LYRFLLNKWY FDEIYEFIFV RPAKWLG RV LWKGGDGAVI DGTINGVAMG LIPRLTRAAV RVQSGYLFHY AFAMVLGIVG LLIWVMMRGA H UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit L |
-分子 #3: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子 | 名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 3PE |
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分子量 | 理論値: 748.065 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PE: |
-分子 #5: CARDIOLIPIN
分子 | 名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CDL |
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分子量 | 理論値: 1.464043 KDa |
Chemical component information | ChemComp-CDL: |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #7: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-P5S: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 115 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 16814 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Model Angelo |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-8qc1: |