[日本語] English
万見
- EMDB-18324: Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nan... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18324
タイトルRespiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs
マップデータGlobally sharpened consensus map
試料
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 13種
キーワードRespiratory complex I / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Nanodiscs / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I ...protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / endomembrane system / aerobic respiration / electron transport chain / protein modification process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / methylation / response to oxidative stress / iron ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial ...Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Nuo51 FMN-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / ETC complex I subunit conserved region / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit M / NADH dehydrogenase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase ...NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / ETC complex I subunit conserved region / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit M / NADH dehydrogenase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit D / NADH-quinone oxidoreductase subunit C / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase / NADH-quinone oxidoreductase chain 10
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ivanov BS / Bridges HR / Hirst J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00028/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the turnover-ready state of an ancestral respiratory complex I.
著者: Bozhidar S Ivanov / Hannah R Bridges / Owen D Jarman / Judy Hirst /
要旨: Respiratory complex I is pivotal for cellular energy conversion, harnessing energy from NADH:ubiquinone oxidoreduction to drive protons across energy-transducing membranes for ATP synthesis. Despite ...Respiratory complex I is pivotal for cellular energy conversion, harnessing energy from NADH:ubiquinone oxidoreduction to drive protons across energy-transducing membranes for ATP synthesis. Despite detailed structural information on complex I, its mechanism of catalysis remains elusive due to lack of accompanying functional data for comprehensive structure-function analyses. Here, we present the 2.3-Å resolution structure of complex I from the α-proteobacterium Paracoccus denitrificans, a close relative of the mitochondrial progenitor, in phospholipid-bilayer nanodiscs. Three eukaryotic-type supernumerary subunits (NDUFS4, NDUFS6 and NDUFA12) plus a novel L-isoaspartyl-O-methyltransferase are bound to the core complex. Importantly, the enzyme is in a single, homogeneous resting state that matches the closed, turnover-ready (active) state of mammalian complex I. Our structure reveals the elements that stabilise the closed state and completes P. denitrificans complex I as a unified platform for combining structure, function and genetics in mechanistic studies.
履歴
登録2023年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18324.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Globally sharpened consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 476.8 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 476.8 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 476.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.745 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.043334004 - 0.11134344
平均 (標準偏差)-0.00014545044 (±0.002713615)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 476.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_18324_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_18324_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_18324_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Respiratory complex I

全体名称: Respiratory complex I
要素
  • 複合体: Respiratory complex I
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase chain 10
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: ETC complex I subunit conserved region
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit L
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase subunit M
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Respiratory complex I

超分子名称: Respiratory complex I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)

+
分子 #1: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 10.863054 KDa
配列文字列:
MIGLTHYLVV GAILFVTGIF GIFVNRKNVI VILMSIELML LAVNINFVAF STHLGDLAGQ VFTMFVLTVA AAEAAIGLAI LVVFFRNRG TIAVEDVNVM KG

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

+
分子 #2: NADH-quinone oxidoreductase

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 73.289398 KDa
配列文字列: MADLRKIKID DTIIEVDPNM TLIQACEMAG IEVPRFCYHE RLSIAGNCRM CLVEVVGGPP KPAASCAMQV KDLRPGPEGA PSEIRTNSP MVKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMAYG VDFSRYREPK RATEDLNLGP LVETHMTRCI S CTRCVRFT ...文字列:
MADLRKIKID DTIIEVDPNM TLIQACEMAG IEVPRFCYHE RLSIAGNCRM CLVEVVGGPP KPAASCAMQV KDLRPGPEGA PSEIRTNSP MVKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMAYG VDFSRYREPK RATEDLNLGP LVETHMTRCI S CTRCVRFT TEVAGITQMG QTGRGEDSEI TSYLNQTLES NMQGNIIDLC PVGALVSKPY AFTARPWELT KTESIDVMDA LG SSIRIDT KGREVMRILP RNHDGVNEEW ISDKTRFVWD GLRRQRLDRP YIRENGRLRP ASWPEALEAA ARAMKGKKIA GLI GDLVPA EAAFSLKQLV EGLGGKVECR VDGARLPAGN RSAYVGTARI EDIDDAEMIQ LIGTNPRDEA PVLNARIRKA WSKG AKVGL VGEPVDLTYD YAHVGTDRAA LESLSSREIS DETKARPSIV IVGQGAIREA DGEAVLAHAM KLAENSNSGL LILHT AAGR VGAMDVGAVT EGGLLAAIDG AEVVYNLGAD EVDIDQGPFV IYQGSHGDRG AHRADIILPG ACYTEESGLF VNTEGR PQL AMRANFAPGE GKENWAILRA LSAELGATQP WDSLAGLRRK LVEAVPHLAQ IDQVPQNEWQ PLGRFDLGQA SFRYAIR DF YLTNPIARSS PLMGELSAMA AARKAPAPLA AE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase

+
分子 #3: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

分子名称: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 23.528947 KDa
配列文字列: MTDFAQRRTM MVDTQVRPNE VTSYPVIEAM LNVPREQFVP ESRRDVAYVG NNIDLAPGRV LLEPRTLGKM MDILNLQNGD LVLDVGCGY GYSAAVMARI AEAVVAVEED AAMAAEAEGR LAAQDVFNVA VVQGALAEGC PGQAPYDAIL IEGAVEQVPE A LTEQLREG ...文字列:
MTDFAQRRTM MVDTQVRPNE VTSYPVIEAM LNVPREQFVP ESRRDVAYVG NNIDLAPGRV LLEPRTLGKM MDILNLQNGD LVLDVGCGY GYSAAVMARI AEAVVAVEED AAMAAEAEGR LAAQDVFNVA VVQGALAEGC PGQAPYDAIL IEGAVEQVPE A LTEQLREG GRIVALFREG NLGIVRLGHK LDGRVNWRFA FNAVAPLLPG FARPRGFVL

UniProtKB: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

+
分子 #4: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 18.925561 KDa
配列文字列:
MAFDFARATK YFLMWDFIKG FGLGMRYFVS PKPTLNYPHE KGPLSPRFRG EHALRRYPNG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IDAEPREDG SRRTTRYDID MTKCIYCGFC QEACPVDAIV EGPNFEYATE TREELFYDKQ KLLANGERWE AEIARNLQLD A PYR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

+
分子 #5: NADH dehydrogenase subunit E

分子名称: NADH dehydrogenase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 26.145865 KDa
配列文字列: MLRRLSPIQP DSFEFTPANL EWARAQMTKY PEGRQQSAII PVLWRAQEQE GWLSRPAIEY CADLLGMPYI RALEVATFYF MFQLQPVGS VAHIQICGTT TCMICGAEDL IRVCKEKIAP EPHALSADGR FSWEEVECLG ACTNAPMAQI GKDFYEDLTV E KLAALIDR ...文字列:
MLRRLSPIQP DSFEFTPANL EWARAQMTKY PEGRQQSAII PVLWRAQEQE GWLSRPAIEY CADLLGMPYI RALEVATFYF MFQLQPVGS VAHIQICGTT TCMICGAEDL IRVCKEKIAP EPHALSADGR FSWEEVECLG ACTNAPMAQI GKDFYEDLTV E KLAALIDR FAAGEVPVPG PQNGRFSAEA LGGPTALADL KGGEAHNASV ARALRLGDSI KRIDGTEVPI TTPWLATQNG V

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit E

+
分子 #6: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 52.56482 KDa
配列文字列: MTSLDFSTIL PEVVLAGYAL AALMAGAYLG KDRLARTLLW VTVAAFLVVA AMVGLGNHVD GAAFHGMFID DGFSRFAKVV TLVAAAGVL AMSADYMQRR NMLRFEFPII VALAVLGMMF MVSAGDLLTL YMGLELQSLA LYVVAAMRRD SVRSSEAGLK Y FVLGSLSS ...文字列:
MTSLDFSTIL PEVVLAGYAL AALMAGAYLG KDRLARTLLW VTVAAFLVVA AMVGLGNHVD GAAFHGMFID DGFSRFAKVV TLVAAAGVL AMSADYMQRR NMLRFEFPII VALAVLGMMF MVSAGDLLTL YMGLELQSLA LYVVAAMRRD SVRSSEAGLK Y FVLGSLSS GLLLYGASLV YGFAGTTGFE GIISTIEAGH LSLGVLFGLV FMLVGLSFKV SAVPFHMWTP DVYEGSPTPV TA FFATAPK VAAMALIARL VFDAFGHVIG DWSQIVAALA VMSMFLGSIA GIGQTNIKRL MAYSSIAHMG FALVGLAAGT AIG VQNMLL YMTIYAVMNI GTFAFILSME RDGVPVTDLA ALNRFAWTDP VKALAMLVLM FSLAGVPPTL GFFAKFGVLT AAVD AGMGW LAVLGVIASV IGAFYYLRIV YYMYFGGESE GMTSRMGAVQ YLALMVPALA MLVGAISMFG VDSAAGRAAE TLVGP VAAI EQPAEAAQAE PVQGE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

+
分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 38.861152 KDa
配列文字列: MAEFWASPYG FALSMLLQGL AVIAFVMGSL IFMVYGDRKI WAAVQMRRGP NVVGPWGLLQ TFADALKYIV KEIVIPAGAD KFVYFLAPF LSMMLALFAF VVIPFDEGWV MANINVGILF IFAASSLEVY GVIMGGWASN SKYPFLASLR SAAQMISYEV S LGLIIIGI ...文字列:
MAEFWASPYG FALSMLLQGL AVIAFVMGSL IFMVYGDRKI WAAVQMRRGP NVVGPWGLLQ TFADALKYIV KEIVIPAGAD KFVYFLAPF LSMMLALFAF VVIPFDEGWV MANINVGILF IFAASSLEVY GVIMGGWASN SKYPFLASLR SAAQMISYEV S LGLIIIGI IISTGSMNLT AIVEAQRGDY GLLNWYWLPH LPMVVLFFVS ALAECNRPPF DLVEAESELV AGFMTEYSST PY LLFMAGE YIAMYLMCAL LSLLFFGGWL SPVPFIADGW WWMVIKMWFW FYMFAMVKAI VPRYRYDQLM RIGWKVFLPL SLG WVVLVA ILARYEILGG FWARFAVGG

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

+
分子 #8: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 47.281141 KDa
配列文字列: MLNDQDRIFT NLYGMGDRSL AGAKKRGHWD GTAAIIQRGR DKIIDEMKAS GLRGRGGAGF PTGMKWSFMP KESDGRPSYL VINADESEP ATCKDREIMR HDPHTLIEGA LIASFAMGAH AAYIYIRGEF IREREALQAA IDECYDAGLL GRNAAGSGWD F DLYLHHGA ...文字列:
MLNDQDRIFT NLYGMGDRSL AGAKKRGHWD GTAAIIQRGR DKIIDEMKAS GLRGRGGAGF PTGMKWSFMP KESDGRPSYL VINADESEP ATCKDREIMR HDPHTLIEGA LIASFAMGAH AAYIYIRGEF IREREALQAA IDECYDAGLL GRNAAGSGWD F DLYLHHGA GAYICGEETA LLESLEGKKG MPRMKPPFPA GAGLYGCPTT VNNVESIAVV PTILRRGAEW FASFGRPNNA GV KLFGLTG HVNTPCVVEE AMSIPMRELI EKHGGGIRGG WKNLKAVIPG GASCPVLTAE QCENAIMDYD GMRELRSSFG TAC MIVMDQ STDVVKAIWR LSKFFKHESC GQCTPCREGT GWMMRVMERL VRGDAEVEEI DMLFDVTKQV EGHTICALGD AAAW PIQGL IRNFREEIED RIKAKRTGRM GAMAAE

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

+
分子 #9: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 46.811484 KDa
配列文字列: MDGDIRKNSY DDGSMDALTG EQSIRNFNIN FGPQHPAAHG VLRMVLELDG EIVERADPHI GLLH(2MR)GTEKL MESRTY LQN LPYLDRLDYV APMNQEHAWC LAIERLTGTV IPRRASLIRV LYSEIGRILN HLMGVTTGAM DVGALTPPLW GFEAREE LM ...文字列:
MDGDIRKNSY DDGSMDALTG EQSIRNFNIN FGPQHPAAHG VLRMVLELDG EIVERADPHI GLLH(2MR)GTEKL MESRTY LQN LPYLDRLDYV APMNQEHAWC LAIERLTGTV IPRRASLIRV LYSEIGRILN HLMGVTTGAM DVGALTPPLW GFEAREE LM IFYERACGAR LHAAYFRPGG VHQDLPPDLL DDIEEWCERF PKLVDDLDTL LTENRIFKQR LVDIGIVTEA DALDWGYT G VMVRGSGLAW DLRRSQPYEC YDEFDFQIPV GRNGDCYDRY LCRMAEMRES CKIMQQAVQK LRAEPAGDVL ARGKLTPPR RAEMKRDMES LIHHFKLYTE GFKVPAGEVY AAVEAPKGEF GVYLVADGTN KPWRAKLRAP GFAHLQSIDW MSRGHMLADV PAIIATLDI VFGEVDR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

+
分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 14.432875 KDa
配列文字列:
MSFLLRFLTW WNSQTLNTQV WTKLYGEKVG EDDQGNVYYQ SGGGKRRWVI YNGESEASRI SPEWHGWLHH TYKEPPTAAP LAHKPWEKP HEPNLTGSSG AYHPAGSLYR AQPVERRDYD AWQPE

UniProtKB: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit

+
分子 #11: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 13.686093 KDa
配列文字列:
(FME)EYLLQEYLP ILVFLGMASA LAIVLILAAA VIAVRNPDPE KVSAYECGFN AFDDARMKFD VRFYLVSILF IIFDLE VAF LFPWAVSFAS LSDVAFWGMM VFLAVLTVGF AYEWKKGALE WA

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

+
分子 #12: NADH-quinone oxidoreductase chain 10

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase chain 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 21.835205 KDa
配列文字列: MMTFAFYLFA ISACVAGFMV VIGRNPVHSV LWLILAFLSA AGLFVLQGAE FVAMLLVVVY VGAVAVLFLF VVMMLDVDFA ELKGELARY LPLALVIGVV LLAQLGIAFS GWTPSDQAES LRAAPVDAAV ENTLGLGLVL YDRYVLMFQL AGLVLLVAMI G AIVLTMRH ...文字列:
MMTFAFYLFA ISACVAGFMV VIGRNPVHSV LWLILAFLSA AGLFVLQGAE FVAMLLVVVY VGAVAVLFLF VVMMLDVDFA ELKGELARY LPLALVIGVV LLAQLGIAFS GWTPSDQAES LRAAPVDAAV ENTLGLGLVL YDRYVLMFQL AGLVLLVAMI G AIVLTMRH RKDVKRQNVL EQMWRDPAKT MELKDVKPGQ GL

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase chain 10

+
分子 #13: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein

分子名称: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 7.069931 KDa
配列文字列:
MTIPAPEIQT VTSWKVACDG DEARGLGHPR VWLAIPRDTG WVECGYCDKR FVIDREHAHD DH

UniProtKB: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein

+
分子 #14: ETC complex I subunit conserved region

分子名称: ETC complex I subunit conserved region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 12.048399 KDa
配列文字列:
MRVRIYKPAR NAMQSGTART RNWVLDFPPA DPRAIDPLMG WTSSDDTQSQ VRLRFETRKQ AEDYAREHGL DYEVIEPHTR AANIRPRGY GENFASDRRA PWTH

UniProtKB: ETC complex I subunit conserved region

+
分子 #15: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 23.920102 KDa
配列文字列: MSEALSDEAL LELAEHIALR RENDVISTQV AFGELTVNAT LSGVIGLIEF LRNDPNCRFS TLIDITAVDN PARPARFDVV YHLLSMYQN QRIRVKVQVR EDELVPSLIG VFPGANWYER EVFDLFGILF SGHSDLRRIL TDYGFRGHPL RKDFPTTGYV E VRWSDIEK ...文字列:
MSEALSDEAL LELAEHIALR RENDVISTQV AFGELTVNAT LSGVIGLIEF LRNDPNCRFS TLIDITAVDN PARPARFDVV YHLLSMYQN QRIRVKVQVR EDELVPSLIG VFPGANWYER EVFDLFGILF SGHSDLRRIL TDYGFRGHPL RKDFPTTGYV E VRWSDIEK RVVYEPVNLV QEYRQFDFLS PWEGAKYVLP GDEKAPEAKK

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

+
分子 #16: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 19.525543 KDa
配列文字列:
MMTGLNTAGA DRDLATAELN RELQDKGFLL TTTEDIINWA RNGSLHWMTF GLACCAVEMM QTSMPRYDLE RFGTAPRASP RQSDLMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVISMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG I LQLQRRIR RTGTLVR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

+
分子 #17: NADH dehydrogenase subunit L

分子名称: NADH dehydrogenase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 77.811352 KDa
配列文字列: MEKFVLFAPL IASLIAGLGW RAIGEKAAQY LTTGVLFLSC LISWYLFLSF DGVPRHIPVL DWVVTGDFHA EWAIRLDRLT AIMLIVVTT VSALVHMYSL GYMAHDDNWT HDEHYKARFF AYLSFFTFAM LMLVTADNLL QMFFGWEGVG VASYLLIGFY Y KKASANAA ...文字列:
MEKFVLFAPL IASLIAGLGW RAIGEKAAQY LTTGVLFLSC LISWYLFLSF DGVPRHIPVL DWVVTGDFHA EWAIRLDRLT AIMLIVVTT VSALVHMYSL GYMAHDDNWT HDEHYKARFF AYLSFFTFAM LMLVTADNLL QMFFGWEGVG VASYLLIGFY Y KKASANAA AMKAFIVNRV GDFGFLLGIF GIYWLTGSVQ FDEIFRQVPQ LAQTEMHFLW RDWNAANLLG FLLFVGAMGK SA QLLLHTW LPDAMEGPTP VSALIHAATM VTAGVFLVCR MSPLYEFAPD AKNFIVIIGA TTAFFAATVG LVQNDIKRVI AYS TCSQLG YMFVAAGVGV YSAAMFHLLT HAFFKAMLFL GAGSVIHAMH HEQDMRNYGG LRKKIPLTFW AMMIGTFAIT GVGI PLTHL GFAGFLSKDA IIESAYAGSG YAFWLLVIAA CFTSFYSWRL IFLTFYGKPR GDHHAHDHAH ESPPVMTIPL GVLAI GAVF AGMVWYGPFF GDHHKVTEYF HIAGAHHEAA EGEEAEHATA EAPVEHAVAD TATAEGEAAA EAEHAEIAAP VGGAIY MHP DNHIMDEAHH APAWVKVSPF VAMVLGLITA WTFYIANPSL PRRLAAQQPA LYRFLLNKWY FDEIYEFIFV RPAKWLG RV LWKGGDGAVI DGTINGVAMG LIPRLTRAAV RVQSGYLFHY AFAMVLGIVG LLIWVMMRGA H

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit L

+
分子 #18: NADH dehydrogenase subunit M

分子名称: NADH dehydrogenase subunit M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
分子量理論値: 56.519906 KDa
配列文字列: MTNLLSIITF LPIVAAIIMA LFLRGQDEAA ARNAKWLALL TTTATFVISL FVLFRFDPAN TGFQFVEDHA WIMGLRYKMG VDGISVLFV LLTTFMMPLT ILSTWQVQDK VKEYMIAFLV LEGLMIGVFT ALDLVLFYLF FEAGLIPMFL IIGIWGGKDR I YASFKFFL ...文字列:
MTNLLSIITF LPIVAAIIMA LFLRGQDEAA ARNAKWLALL TTTATFVISL FVLFRFDPAN TGFQFVEDHA WIMGLRYKMG VDGISVLFV LLTTFMMPLT ILSTWQVQDK VKEYMIAFLV LEGLMIGVFT ALDLVLFYLF FEAGLIPMFL IIGIWGGKDR I YASFKFFL YTFLGSVLML VAMIAMYRMA GTTDIPTLLT FDFPSENFRL LGMTVVGGMQ MLLFLAFFAS FAVKMPMWPV HT WLPDAHV QAPTAGSVLL AAVLLKMGGY GFLRFSLPMF PVASGVAQPY VFWLSAIAIV YTSLVALAQS DMKKVIAYSS VAH MGYVTM GVFAANQIGV DGAIFQMLSH GFISGALFLC VGVIYDRMHT REIDAYGGLV NRMPAYAAVF MFFTMANVGL PGTS GFVGE FLTLMGVFRV DTWVALVATS GVILSAAYAL WLYRRVTLGQ LIKESLKSIT DMTPRERWVF IPLIAMTLIL GVYPR LVTD VTGPAVAALV QDYNQSQPAA PVATAQASH

UniProtKB: NADH dehydrogenase subunit M

+
分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #20: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #21: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #22: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 17 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

+
分子 #23: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

+
分子 #24: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #25: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 10 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #26: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #27: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #28: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #29: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #30: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

+
分子 #31: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1080 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: The grids were glow discharged at 20 mA for 90 s to clean and increase the hydrophilicity of the grid surface and then incubated in 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol in ethanol for ...詳細: The grids were glow discharged at 20 mA for 90 s to clean and increase the hydrophilicity of the grid surface and then incubated in 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol in ethanol for two days under anaerobic conditions. The grids were then washed in 100% ethanol and dried three times prior to sample application.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 16814 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 146603
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Model Angelo
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8qby:
Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る