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- EMDB-18310: Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to me... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18310
タイトルHelical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/+sterol (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
マップデータSharpened helical map A&C, non-uniform refinement (D1, rise=5.408, twist=133.595)
試料
  • 複合体: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+sterol lipid mixture (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
    • タンパク質・ペプチド: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
  • リガンド: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
キーワードBAR domain / lipid reconstitution / membrane microdomain / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / endocytosis / intracellular protein localization / mitochondrial outer membrane / lipid binding ...protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / endocytosis / intracellular protein localization / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eisosome component PIL1/LSP1 / Eisosome component PIL1 / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Kefauver JM / Zou L / Desfosses A / Loewith RJ
資金援助European Union, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101026765European Union
European Research Council (ERC)AdG TENDOEuropean Union
Swiss National Science FoundationCRSII5_189996 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207754 スイス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年8月28日-
現状2024年8月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18310.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened helical map A&C, non-uniform refinement (D1, rise=5.408, twist=133.595)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 531.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.18747392 - 0.35873693
平均 (標準偏差)0.0004193603 (±0.014356814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 531.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_18310_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map B (D3, rise=14.548, twist=276.716)

ファイルemd_18310_additional_1.map
注釈Unsharpened helical map B (D3, rise=14.548, twist=276.716)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map K (D1, rise=5.740, twist=152.300)

ファイルemd_18310_additional_2.map
注釈Unsharpened helical map K (D1, rise=5.740, twist=152.300)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map E (D1, rise=4.980, twist=-161.053)

ファイルemd_18310_additional_3.map
注釈Unsharpened helical map E (D1, rise=4.980, twist=-161.053)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map D (D2, rise=11.142, twist=-137.653)

ファイルemd_18310_additional_4.map
注釈Unsharpened helical map D (D2, rise=11.142, twist=-137.653)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map J (D1, rise=5.077, twist=-136.507)

ファイルemd_18310_additional_5.map
注釈Unsharpened helical map J (D1, rise=5.077, twist=-136.507)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map F&G&H (D4, rise=20.968, twist=-140.956)

ファイルemd_18310_additional_6.map
注釈Unsharpened helical map F&G&H (D4, rise=20.968, twist=-140.956)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Unsharpened helical map A&C, non-uniform refinement (D1, rise=5.408,...

ファイルemd_18310_additional_7.map
注釈Unsharpened helical map A&C, non-uniform refinement (D1, rise=5.408, twist=133.595)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Helical map A&C, non-uniform refinement - half map B

ファイルemd_18310_half_map_1.map
注釈Helical map A&C, non-uniform refinement - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Helical map A&C, non-uniform refinement - half map A

ファイルemd_18310_half_map_2.map
注釈Helical map A&C, non-uniform refinement - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+st...

全体名称: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+sterol lipid mixture (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
要素
  • 複合体: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+sterol lipid mixture (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
    • タンパク質・ペプチド: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
  • リガンド: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+st...

超分子名称: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+sterol lipid mixture (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50

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分子 #1: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1

分子名称: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.393043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MHRTYSLRNS RAPTASQLQN PPPPPSTTKG RFFGKGGLAY SFRRSAAGAF GPELSRKLSQ LVKIEKNVLR SMELTANERR DAAKQLSIW GLENDDDVSD ITDKLGVLIY EVSELDDQFI DRYDQYRLTL KSIRDIEGSV QPSRDRKDKI TDKIAYLKYK D PQSPKIEV ...文字列:
MHRTYSLRNS RAPTASQLQN PPPPPSTTKG RFFGKGGLAY SFRRSAAGAF GPELSRKLSQ LVKIEKNVLR SMELTANERR DAAKQLSIW GLENDDDVSD ITDKLGVLIY EVSELDDQFI DRYDQYRLTL KSIRDIEGSV QPSRDRKDKI TDKIAYLKYK D PQSPKIEV LEQELVRAEA ESLVAEAQLS NITRSKLRAA FNYQFDSIIE HSEKIALIAG YGKALLELLD DSPVTPGETR PA YDGYEAS KQIIIDAESA LNEWTLDSAQ VKPTLSFKQD YEDFEPEEGE EEEEEDGQGR WSEDEQEDGQ IEEPEQEEEG AVE EHEQVG HQQSESLPQQ TTA

UniProtKB: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1

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分子 #2: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE

分子名称: D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: I3P
分子量理論値: 420.096 Da
Chemical component information

ChemComp-I3P:
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸

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分子 #3: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES, pH 7.4, 150mM KoAc, 2mM MgAc
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.408 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 133.595 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77414
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3252


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8qbd:
Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/+sterol (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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