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- EMDB-18301: In-tissue cryo electron tomograms of App^NL-G-F amyloid plaques -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18301
タイトルIn-tissue cryo electron tomograms of App^NL-G-F amyloid plaques
マップデータReconstructed tomogram DS3-TS1
試料
  • 組織: High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic amyloid-beta plaques
キーワードAmyloid / amyloid beta / alzheimers / neurodegeneration / plaque / tomography / in situ / brain / cryoCLEM / pathology / PROTEIN FIBRIL
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Leistner C / Wilkinson M / Burgess A / Lovatt M / Goodbody S / Xu Y / Deuchars S / Radford SE / Ranson NA / Frank RAW
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Royal SocietyRSRP/R1/211057 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T011149/1 英国
Wellcome Trust221524/Z/20/Z 英国
Wellcome Trust208395/Z/17/Z 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MR/V022644/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The in-tissue molecular architecture of β-amyloid pathology in the mammalian brain.
著者: Conny Leistner / Martin Wilkinson / Ailidh Burgess / Megan Lovatt / Stanley Goodbody / Yong Xu / Susan Deuchars / Sheena E Radford / Neil A Ranson / René A W Frank /
要旨: Amyloid plaques composed of Aβ fibrils are a hallmark of Alzheimer's disease (AD). However, the molecular architecture of amyloid plaques in the context of fresh mammalian brain tissue is unknown. ...Amyloid plaques composed of Aβ fibrils are a hallmark of Alzheimer's disease (AD). However, the molecular architecture of amyloid plaques in the context of fresh mammalian brain tissue is unknown. Here, using cryogenic correlated light and electron tomography we report the in situ molecular architecture of Aβ fibrils in the App familial AD mouse model containing the Arctic mutation and an atomic model of ex vivo purified Arctic Aβ fibrils. We show that in-tissue Aβ fibrils are arranged in a lattice or parallel bundles, and are interdigitated by subcellular compartments, extracellular vesicles, extracellular droplets and extracellular multilamellar bodies. The Arctic Aβ fibril differs significantly from an earlier App fibril structure, indicating a striking effect of the Arctic mutation. These structural data also revealed an ensemble of additional fibrillar species, including thin protofilament-like rods and branched fibrils. Together, these results provide a structural model for the dense network architecture that characterises β-amyloid plaque pathology.
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18301.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 252.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Reconstructed tomogram DS3-TS1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.7 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-20.138327 (±9.753087000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1616149
サイズ928960297
Spacing960928297
セルA: 13152.0 Å / B: 12713.6 Å / C: 4068.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Reconstructed tomogram DS3-TS4

ファイルemd_18301_additional_1.map
注釈Reconstructed tomogram DS3-TS4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic am...

全体名称: High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic amyloid-beta plaques
要素
  • 組織: High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic amyloid-beta plaques

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超分子 #1: High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic am...

超分子名称: High-pressure frozen App^NL-G-F brain tissue containing Arctic amyloid-beta plaques
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: App^NL-G-F / 器官: Brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: 2000 bar. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', ...詳細: 2000 bar. The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA EM PACT2', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'BAL-TEC HPM 010'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% Dextran 40000
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: cryo-ultramicrotome (Leica EM FC7)
ウルトラミクロトーム - 温度: 123 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 100

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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