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- EMDB-1830: SecM-stalled ribosomes adopt an altered geometry at the peptidylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1830
タイトルSecM-stalled ribosomes adopt an altered geometry at the peptidyltransferase center
マップデータsecM-Pro-RNC
試料
  • 試料: SecM-Pro-RNC
  • 複合体: 70S
キーワードSecM-stalled RNC
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Bhushan S / Hoffman T / Seidelt B / Frauenfeld J / Mielke T / Berninghausen O / Wilson D / Beckmann R
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2011
タイトル: SecM-stalled ribosomes adopt an altered geometry at the peptidyl transferase center.
著者: Shashi Bhushan / Thomas Hoffmann / Birgit Seidelt / Jens Frauenfeld / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: As nascent polypeptide chains are synthesized, they pass through a tunnel in the large ribosomal subunit. Interaction between specific nascent chains and the ribosomal tunnel is used to induce ...As nascent polypeptide chains are synthesized, they pass through a tunnel in the large ribosomal subunit. Interaction between specific nascent chains and the ribosomal tunnel is used to induce translational stalling for the regulation of gene expression. One well-characterized example is the Escherichia coli SecM (secretion monitor) gene product, which induces stalling to up-regulate translation initiation of the downstream secA gene, which is needed for protein export. Although many of the key components of SecM and the ribosomal tunnel have been identified, understanding of the mechanism by which the peptidyl transferase center of the ribosome is inactivated has been lacking. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of a SecM-stalled ribosome nascent chain complex at 5.6 Å. While no cascade of rRNA conformational changes is evident, this structure reveals the direct interaction between critical residues of SecM and the ribosomal tunnel. Moreover, a shift in the position of the tRNA-nascent peptide linkage of the SecM-tRNA provides a rationale for peptidyl transferase center silencing, conditional on the simultaneous presence of a Pro-tRNA(Pro) in the ribosomal A-site. These results suggest a distinct allosteric mechanism of regulating translational elongation by the SecM stalling peptide.
履歴
登録2010年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月26日-
マップ公開2011年12月2日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0405
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0405
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1830.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 94.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈secM-Pro-RNC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.678 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.678 Å		1.24 Å/pix.
x 294 pix.
= 363.678 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.237 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0405 / ムービー #1: 0.0405
最小 - 最大-0.280098 - 0.590939
平均 (標準偏差)0.00362763 (±0.0318022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-147-147-146
サイズ294294294
Spacing294294294
セルA=B=C: 363.678 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2371.2371.237
M x/y/z294294294
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.678363.678363.678
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-147-147-146
NC/NR/NS294294294
D min/max/mean-0.2800.5910.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SecM-Pro-RNC

全体名称: SecM-Pro-RNC
要素
  • 試料: SecM-Pro-RNC
  • 複合体: 70S

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超分子 #1000: SecM-Pro-RNC

超分子名称: SecM-Pro-RNC / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: no / Number unique components: 1
分子量実験値: 2.3 MDa / 理論値: 2.3 MDa

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超分子 #1: 70S

超分子名称: 70S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 2.3 MDa / 理論値: 2.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 20 mM Hepes Ph 7.0, 50 mM Pot Acetate, 6 mM Mag Acetate, 5 mM DTT, 500 ug/ml Chloroamphenicol, 0.05 % Nikkol, 0.5 % pill/ml, 0.1 U/ml RNAsin, 125 mM sucrose
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Native
グリッド詳細: 2 nM carbon coated 200 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 10 seconds for blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 実像数: 400 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Pixel size of 1.24 angestrom
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 38900
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Processed using Spider
CTF補正詳細: CTFFIND on Micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 350000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2wwq
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitted manually using Chimera and Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wwl
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Fitted manually using Chimera and Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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