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- EMDB-18247: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18247
タイトルOuter kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex
マップデータLocal resolution filtered map
試料
  • 複合体: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードKinetochore / microtubule / error correction / chromosome segregation / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle polar microtubule / centromere clustering / DASH complex / Ndc80 complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body ...mitotic spindle polar microtubule / centromere clustering / DASH complex / Ndc80 complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of spindle microtubules to kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / outer kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / protein localization to kinetochore / spindle pole body / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / spindle pole / mitotic spindle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 ...DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / : / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NUF2 / DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit SPC34 / DASH complex subunit DAD2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DUO1 / DASH complex subunit DAM1 / DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD4 / DASH complex subunit HSK3 ...Kinetochore protein NUF2 / DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit SPC34 / DASH complex subunit DAD2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DUO1 / DASH complex subunit DAM1 / DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD4 / DASH complex subunit HSK3 / DASH complex subunit SPC19 / DASH complex subunit DAD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Muir KW / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of outer kinetochore Dam1-Ndc80 complex assembly on microtubules.
著者: Kyle W Muir / Christopher Batters / Tom Dendooven / Jing Yang / Ziguo Zhang / Alister Burt / David Barford /
要旨: Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until ...Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until biorientation is achieved. The structural basis for how kinetochore-mediated chromosome segregation is accomplished and regulated remains an outstanding question. In this work, we describe the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast outer kinetochore Ndc80 and Dam1 ring complexes assembled onto microtubules. Complex assembly occurs through multiple interfaces, and a staple within Dam1 aids ring assembly. Perturbation of key interfaces suppresses yeast viability. Force-rupture assays indicated that this is a consequence of impaired kinetochore-microtubule attachment. The presence of error correction phosphorylation sites at Ndc80-Dam1 ring complex interfaces and the Dam1 staple explains how kinetochore-microtubule attachments are destabilized and reset.
履歴
登録2023年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_18247.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 300 pix.
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密度

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表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.0470734 - 0.07658132
平均 (標準偏差)0.00012976732 (±0.0017874141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Homogeneous refinement map

ファイルemd_18247_additional_1.map
注釈Homogeneous refinement map
投影像・断面図
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ファイルemd_18247_additional_2.map
注釈3D Flex EM map
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_18247_additional_3.map
注釈3D Flex EM half map B
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追加マップ: 3D Flex EM half map A

ファイルemd_18247_additional_4.map
注釈3D Flex EM half map A
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: Homogeneous refinement half map B

ファイルemd_18247_half_map_1.map
注釈Homogeneous refinement half map B
投影像・断面図
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ハーフマップ: Homogeneous refinement half map A

ファイルemd_18247_half_map_2.map
注釈Homogeneous refinement half map A
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf...

全体名称: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
要素
  • 複合体: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NDC80
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NUF2
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAM1
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DUO1
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAD2
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAD1
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAD4
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAD3
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit SPC34
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit ASK1
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit HSK3
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit SPC19

+
超分子 #1: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf...

超分子名称: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 673772.36 MDa

+
分子 #1: Kinetochore protein NDC80

分子名称: Kinetochore protein NDC80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 80.609375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQSSTSTDQH VLHHMDPHRF TSQIPTATSS QLRRRNSTNQ GLTDMINKSI ARNTISGTGI PTGGINKNKR TRSTVAGGTN GTALALNDK SNSRNSVSRL SINQLGSLQQ HLSNRDPRPL RDKNFQSAIQ EEIYDYLKKN KFDIETNHPI SIKFLKQPTQ K GFIIIFKW ...文字列:
MQSSTSTDQH VLHHMDPHRF TSQIPTATSS QLRRRNSTNQ GLTDMINKSI ARNTISGTGI PTGGINKNKR TRSTVAGGTN GTALALNDK SNSRNSVSRL SINQLGSLQQ HLSNRDPRPL RDKNFQSAIQ EEIYDYLKKN KFDIETNHPI SIKFLKQPTQ K GFIIIFKW LYLRLDPGYG FTKSIENEIY QILKNLRYPF LESINKSQIS AVGGSNWHKF LGMLHWMVRT NIKLDMCLNK VD RSLINQN TQEITILSQP LKTLDEQDQR QERYELMVEK LLIDYFTESY KSFLKLEDNY EPSMQELKLG FEKFVHIINT DIA NLQTQN DNLYEKYQEV MKISQKIKTT REKWKALKSD SNKYENYVNA MKQKSQEWPG KLEKMKSECE LKEEEIKALQ SNIS ELHKI LRKKGISTEQ FELQNQEREK LTRELDKINI QSDKLTSSIK SRKLEAEGIF KSLLDTLRQY DSSIQNLTRS RSQLG HNVN DSSLKINISE NLLDRDFHEG ISYEQLFPKG SGINESIKKS ILKLNDEIQE RIKTIEKDNI TLEKDIKNLK HDINEK TQI NEKLELELSE ANSKFELSKQ ENERLLVAQR IEIEKMEKKI NDSNLLMKTK ISDAEELVTS TELKLEELKV DLNRKRY KL HQQVIHVIDI TSKFKINIQS SLENSENELG NVIEELRNLE FETEHNVTN

UniProtKB: Kinetochore protein NDC80

+
分子 #2: Kinetochore protein NUF2

分子名称: Kinetochore protein NUF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 53.025949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRNQDVFPI LDLQELVICL QSCDFALATQ ENISRPTSDY MVTLYKQIIE NFMGISVESL LNSSNQETGD GHLQEENENI YLDTLNVLV LNKICFKFFE NIGVQDFNMT DLYKPEAQRT QRLLSAVVNY ARFREERMFD CNSFILQMES LLGQLRSKFD D YNLIQQQL ...文字列:
MSRNQDVFPI LDLQELVICL QSCDFALATQ ENISRPTSDY MVTLYKQIIE NFMGISVESL LNSSNQETGD GHLQEENENI YLDTLNVLV LNKICFKFFE NIGVQDFNMT DLYKPEAQRT QRLLSAVVNY ARFREERMFD CNSFILQMES LLGQLRSKFD D YNLIQQQL KQYEDVDGDN IPDEQELQKL EEQNKELEIQ LKKLTKIQET LSIDYNDYKI SKQSIFKDLE ALSFQIVELE SN RDKLIKI SNTDMEELSE GIKELNDLLI QRKKTLDDLT AQQKNLQDTV TTFETIISEL YDVLRIISSE VQESNRTETE LVG LKQNLI NNKLKLMNVL ETGIMYKLEI LQEQLDLQLK NLEKLSQDTK EESRLNDTKL MDLQIKYENE IKPKIDKTDI FIQE ELISG KINKLNDEIK QLQKDFEVEV KEIEIEYSLL SGHINKYMNE MLEYMQ

UniProtKB: Kinetochore protein NUF2

+
分子 #3: DASH complex subunit DAM1

分子名称: DASH complex subunit DAM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.477871 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHE SLADLNESLG SLLYGIMSNS WCVEFSQAPH DIQDDLIAIK QLKSLEDEKN NLVMELSNME RGIKRKKDEQ G ENDLAKAS ...文字列:
MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHE SLADLNESLG SLLYGIMSNS WCVEFSQAPH DIQDDLIAIK QLKSLEDEKN NLVMELSNME RGIKRKKDEQ G ENDLAKAS QNKQFNQPLF PSSQVRKYRS YDNRDKRKPS KIGNNLQVEN EEDYEDDTSS EASFVLNPTN IGMSKSSQGH VT KTTRLNN NTNSKLRRKS ILHTIRNSIA SGADLPIEND NVVNLGDLHP NNRISLGSGA ARVVNGPVTK NRNSMFSGRA ERK PTESRH SVAKKTEKKI NTRPPFR

UniProtKB: DASH complex subunit DAM1

+
分子 #4: DASH complex subunit DUO1

分子名称: DASH complex subunit DUO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.515008 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEQSQLDDS TIDKLIPQIF NEMRSNLNNT TNKFPKSTGG GASDNISANS NSIRSFNSIT TQSLLKESES LDKITAMIKN VTAALKNNL PVYVNQVHEV CKSTNSILDS WINIHSQAGY IHKLMSDQTY LKLINDRLHN ENVNTNDEDG STLHNVIALK K KEILDLRQ ...文字列:
MSEQSQLDDS TIDKLIPQIF NEMRSNLNNT TNKFPKSTGG GASDNISANS NSIRSFNSIT TQSLLKESES LDKITAMIKN VTAALKNNL PVYVNQVHEV CKSTNSILDS WINIHSQAGY IHKLMSDQTY LKLINDRLHN ENVNTNDEDG STLHNVIALK K KEILDLRQ KLENRKGEKD AAPAKPPNQG LNPRYGVQSG RRPVPSAGIS NNGRVRKTHV PASKRPSGIP RVTNRWTKPT AS SSRKMFR

UniProtKB: DASH complex subunit DUO1

+
分子 #5: DASH complex subunit DAD2

分子名称: DASH complex subunit DAD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.084501 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDSIDEQIAI KRKELQSLQK ITSLTDGLKI QLTELNEQIK EMGMNADSVA QLMNNWDSII NNISQASLGL LQYAEGDYEI GPWKDSKKK ESEQSNETGL EAQENDKNDE DNDEDEDLVP LPETMVRIRV DGNE

UniProtKB: DASH complex subunit DAD2

+
分子 #6: DASH complex subunit DAD1

分子名称: DASH complex subunit DAD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.522616 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MMASTSNDEE KLISTTDKYF IEQRNIVLQE INETMNSILN GLNGLNISLE SSIAVGREFQ SVSDLWKTLY DGLESLSDEA PIDEQPTLS QSKTK

UniProtKB: DASH complex subunit DAD1

+
分子 #7: DASH complex subunit DAD4

分子名称: DASH complex subunit DAD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.164255 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MENPHEQVQA NILSRIIGNV KRLNESVAIL NQELVTINNR NKNLEIMGAI CDNYHSSVQF NLEATNNKKP PL

UniProtKB: DASH complex subunit DAD4

+
分子 #8: DASH complex subunit DAD3

分子名称: DASH complex subunit DAD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.862234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MEHNLSPLQQ EVLDKYKQLS LDLKALDETI KELNYSQHRQ QHSQQETVSP DEILQEMRDI EVKIGLVGTL LKGSVYSLIL QRKQEQESL GSNSK

UniProtKB: DASH complex subunit DAD3

+
分子 #9: DASH complex subunit SPC34

分子名称: DASH complex subunit SPC34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.131812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGESLDRCID DINRAVDSMS TLYFKPPGIF HNAILQGASN KASIRKDITR LIKDCNHDEA YLLFKVNPEK QSVSRRDGKE GVFDYVIKR DTDMKRNRRL GRPGEKPIIH VPKEVYLNKD RLDLNNKRRR TATTSGGGLN GFIFDTDLIG SSVISNSSSG T FKALSAVF ...文字列:
MGESLDRCID DINRAVDSMS TLYFKPPGIF HNAILQGASN KASIRKDITR LIKDCNHDEA YLLFKVNPEK QSVSRRDGKE GVFDYVIKR DTDMKRNRRL GRPGEKPIIH VPKEVYLNKD RLDLNNKRRR TATTSGGGLN GFIFDTDLIG SSVISNSSSG T FKALSAVF KDDPQIQRLL YALENGSVLM EEESNNQRRK TIFVEDFPTD LILKVMAEVT DLWPLTEFKQ DYDQLYHNYE QL SSKLRFI KKEVLLQDDR LKTMSQYHPS SSHDVAKIIR KEKDEIRRLE MEIANLQE

UniProtKB: DASH complex subunit SPC34

+
分子 #10: DASH complex subunit ASK1

分子名称: DASH complex subunit ASK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 32.106631 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSASKEETL EKLDQEITVN LQKIDSNLSF CFHKITQDII PHVATYSEIC ERIMDSTEWL GTMFQETGLV NLQANAAAPV GNAPVKSLV SNNVGIFPTS AEEASRQSQT DNGPNEADSA VHVNRDVHSM FNNDSIDDFH TANITSTGQI LKLPDSSDED T GSEAVPSR ...文字列:
MDSASKEETL EKLDQEITVN LQKIDSNLSF CFHKITQDII PHVATYSEIC ERIMDSTEWL GTMFQETGLV NLQANAAAPV GNAPVKSLV SNNVGIFPTS AEEASRQSQT DNGPNEADSA VHVNRDVHSM FNNDSIDDFH TANITSTGQI LKLPDSSDED T GSEAVPSR EQTDLTGEGH GGADDEQDES TIQRQSRKRK ISLLLQQQYG SSSSMVPSPI VPNKMRKQLA HEEHINNDGD ND DENSNNI ESSPLKQGHH HPKGQADDNN EGPDEEESTK EVPKPGTIIH FSTNR

UniProtKB: DASH complex subunit ASK1

+
分子 #11: DASH complex subunit HSK3

分子名称: DASH complex subunit HSK3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.097205 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MNANKQRQYN QLAHELRELQ TNLQETTKQL DIMSKQCNEN LVGQLGKVHG SWLIGSYIYY MEQMLGKTQ

UniProtKB: DASH complex subunit HSK3

+
分子 #12: DASH complex subunit SPC19

分子名称: DASH complex subunit SPC19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 18.935559 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MTDALEQSVL ALEGTVSVLK DSVESLKCAN EPSTNLASTM LQTKRVFRLV PEYDVERSKL DLIEEVEPLV RTLGDKLRKS MGRMQRELD TLQQTYELND LRLKKNISMD DDDALNSPDM GQEYEGRDAD DVVMMASSTN EELEELKKLK EKKKQLENKL E ILKQK

UniProtKB: DASH complex subunit SPC19

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5254

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77272
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2), RELION (ver. 4.0-dev))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial rigid body fitting was performed in chimera, with manual correction in coot and real-space refinement in PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 540.98
得られたモデル

PDB-8q85:
Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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