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- EMDB-18245: Plunge-frozen (control) map of beta-galactosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18245
タイトルPlunge-frozen (control) map of beta-galactosidase
マップデータ
試料
  • 複合体: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex
    • Other: Beta-galactosidase
キーワードLactase / Beta-galactosidase / cryo-EM / native MS / HYDROLASE
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Esser TK / Boehning J / Bharat TAM / Rauschenbach S
資金援助 英国, フランス, 米国, European Union, 10件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)EP/V051474/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 1201/31 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0074/2021 フランス
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/V026623/1 英国
The Vallee Foundation Inc. 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
Leverhulme Trust 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
Wellcome Trust104633/Z/14/Z 英国
Royal SocietyNIF/R1/192285 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM of soft-landed β-galactosidase: Gas-phase and native structures are remarkably similar.
著者: Tim K Esser / Jan Böhning / Alpcan Önür / Dinesh K Chinthapalli / Lukas Eriksson / Marko Grabarics / Paul Fremdling / Albert Konijnenberg / Alexander Makarov / Aurelien Botman / Christine ...著者: Tim K Esser / Jan Böhning / Alpcan Önür / Dinesh K Chinthapalli / Lukas Eriksson / Marko Grabarics / Paul Fremdling / Albert Konijnenberg / Alexander Makarov / Aurelien Botman / Christine Peter / Justin L P Benesch / Carol V Robinson / Joseph Gault / Lindsay Baker / Tanmay A M Bharat / Stephan Rauschenbach /
要旨: Native mass spectrometry (MS) has become widely accepted in structural biology, providing information on stoichiometry, interactions, homogeneity, and shape of protein complexes. Yet, the fundamental ...Native mass spectrometry (MS) has become widely accepted in structural biology, providing information on stoichiometry, interactions, homogeneity, and shape of protein complexes. Yet, the fundamental assumption that proteins inside the mass spectrometer retain a structure faithful to native proteins in solution remains a matter of intense debate. Here, we reveal the gas-phase structure of β-galactosidase using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) down to 2.6-Å resolution, enabled by soft landing of mass-selected protein complexes onto cold transmission electron microscopy (TEM) grids followed by in situ ice coating. We find that large parts of the secondary and tertiary structure are retained from the solution. Dehydration-driven subunit reorientation leads to consistent compaction in the gas phase. By providing a direct link between high-resolution imaging and the capability to handle and select protein complexes that behave problematically in conventional sample preparation, the approach has the potential to expand the scope of both native mass spectrometry and cryo-EM.
履歴
登録2023年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 345.28 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 345.28 Å		0.83 Å/pix.
x 416 pix.
= 345.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.610418 - 2.5985234
平均 (標準偏差)0.00018434286 (±0.08306679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 345.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18245_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18245_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex

全体名称: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex
要素
  • 複合体: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex
    • Other: Beta-galactosidase

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超分子 #1: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex

超分子名称: Beta-galactosidase from E. coli; tetrameric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Sigma Aldrich Product Number G3153
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 465 KDa

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分子 #1: Beta-galactosidase

分子名称: Beta-galactosidase / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL ...文字列:
MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL PSEFDLSAFL RA GENRLAV MVLRWSDGSY LEDQDMWRMS GIFRDVSLLH KPTTQISDFH VATRFNDDFS RAV LEAEVQ MCGELRDYLR VTVSLWQGET QVASGTAPFG GEIIDERGGY ADRVTLRLNV ENPK LWSAE IPNLYRAVVE LHTADGTLIE AEACDVGFRV VRIENGLLLL NGKPLLIRGV NRHEH HPLH GQVMDEQTMV QDILLMKQNN FNAVRCSHYP NHPLWYTLCD RYGLYVVDEA NIETHG MVP MNRLTDDPRW LPAMSERVTR MVQRDRNHPS VIIWSLGNES GHGANHDALY RWIKSVD PS RPVQYEGGGA DTTATDIICP MYARVDEDQP FPAVPKWSIK KWLSLPGETR PLILCEYA H AMGNSLGGFA KYWQAFRQYP RLQGGFVWDW VDQSLIKYDE NGNPWSAYGG DFGDTPNDR QFCMNGLVFA DRTPHPALTE AKHQQQFFQF RLSGQTIEVT SEYLFRHSDN ELLHWMVALD GKPLASGEV PLDVAPQGKQ LIELPELPQP ESAGQLWLTV RVVQPNATAW SEAGHISAWQ Q WRLAENLS VTLPAASHAI PHLTTSEMDF CIELGNKRWQ FNRQSGFLSQ MWIGDKKQLL TP LRDQFTR APLDNDIGVS EATRIDPNAW VERWKAAGHY QAEAALLQCT ADTLADAVLI TTA HAWQHQ GKTLFISRKT YRIDGSGQMA ITVDVEVASD TPHPARIGLN CQLAQVAERV NWLG LGPQE NYPDRLTAAC FDRWDLPLSD MYTPYVFPSE NGLRCGTREL NYGPHQWRGD FQFNI SRYS QQQLMETSHR HLLHAEEGTW LNIDGFHMGI GGDDSWSPSV SAEFQLSAGR YHYQLV WCQ K
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.9 / 詳細: 25 mM Tris, 50 mM NaCl, 10 mM EDTA, 2 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunge-frozen.
詳細2.5 uM protein concentration

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4100 / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 273000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6cvm


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細The PDB model 6CVM is an excellent fit for this map. No refinement was performed.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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