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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18231 | |||||||||
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タイトル | CryoDRGN Reconstruction of 80S Ribosome in Rotated State from S.cerevisiae Prepared using Cryo-plasmaFIB Milling | |||||||||
マップデータ | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | |||||||||
試料 |
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キーワード | yeast 80S / RIBOSOME | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Rangan R / Khavnekar S / Lerer A / Johnston J / Kelley R / Obr M / Kotecha A / Zhong ED | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024 タイトル: CryoDRGN-ET: deep reconstructing generative networks for visualizing dynamic biomolecules inside cells. 著者: Ramya Rangan / Ryan Feathers / Sagar Khavnekar / Adam Lerer / Jake D Johnston / Ron Kelley / Martin Obr / Abhay Kotecha / Ellen D Zhong / 要旨: Advances in cryo-electron tomography (cryo-ET) have produced new opportunities to visualize the structures of dynamic macromolecules in native cellular environments. While cryo-ET can reveal ...Advances in cryo-electron tomography (cryo-ET) have produced new opportunities to visualize the structures of dynamic macromolecules in native cellular environments. While cryo-ET can reveal structures at molecular resolution, image processing algorithms remain a bottleneck in resolving the heterogeneity of biomolecular structures in situ. Here, we introduce cryoDRGN-ET for heterogeneous reconstruction of cryo-ET subtomograms. CryoDRGN-ET learns a deep generative model of three-dimensional density maps directly from subtomogram tilt-series images and can capture states diverse in both composition and conformation. We validate this approach by recovering the known translational states in Mycoplasma pneumoniae ribosomes in situ. We then perform cryo-ET on cryogenic focused ion beam-milled Saccharomyces cerevisiae cells. CryoDRGN-ET reveals the structural landscape of S. cerevisiae ribosomes during translation and captures continuous motions of fatty acid synthase complexes inside cells. This method is openly available in the cryoDRGN software. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18231.map.gz | 59.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18231-v30.xml emd-18231.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18231_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18231.png | 81.3 KB | ||
マスクデータ | emd_18231_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18231.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_18231_half_map_1.map.gz emd_18231_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18231 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18231_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18231_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18231_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18231_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18231 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.96 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18231_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast
ファイル | emd_18231_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast
ファイル | emd_18231_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | TOMOMAN-STOPGAP-Warp-Relion-M CryoDRGN-ET rotated 80S yeast | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 80S S. cerevisiae
全体 | 名称: 80S S. cerevisiae |
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要素 |
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-超分子 #1: 80S S. cerevisiae
超分子 | 名称: 80S S. cerevisiae / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |