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万見
- EMDB-18195: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18195
タイトルSingle CMG purified from replicating Xenopus egg extracts
マップデータ
試料
  • 複合体: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
キーワードDNA replication initiation / Xenopus egg extract / primordial dwarfism / replicative helicase / genome stability / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle DNA replication / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication ...cell cycle DNA replication / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF3 N-terminal domain / CDC45 family / CDC45 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex, subunit Psf3 superfamily ...DNA replication licensing factor MCM2-like, winged-helix domain / : / PSF3 N-terminal domain / CDC45 family / CDC45 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication licensing factor mcm4-B / Maternal DNA replication licensing factor mcm3 / DNA replication licensing factor mcm2 / DNA replication licensing factor mcm5-A / Maternal DNA replication licensing factor mcm6 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor mcm7-B / Cell division control protein 45 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Cvetkovic MA / Costa A
資金援助 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteFC001065 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN845939European Union
Wellcome Trust215510/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001860/1 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: The structural mechanism of dimeric DONSON in replicative helicase activation.
著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / ...著者: Milos A Cvetkovic / Paolo Passaretti / Agata Butryn / Alicja Reynolds-Winczura / Georgia Kingsley / Aggeliki Skagia / Cyntia Fernandez-Cuesta / Divyasree Poovathumkadavil / Roger George / Anoop S Chauhan / Satpal S Jhujh / Grant S Stewart / Agnieszka Gambus / Alessandro Costa /
要旨: The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition ...The MCM motor of the replicative helicase is loaded onto origin DNA as an inactive double hexamer before replication initiation. Recruitment of activators GINS and Cdc45 upon S-phase transition promotes the assembly of two active CMG helicases. Although work with yeast established the mechanism for origin activation, how CMG is formed in higher eukaryotes is poorly understood. Metazoan Downstream neighbor of Son (DONSON) has recently been shown to deliver GINS to MCM during CMG assembly. What impact this has on the MCM double hexamer is unknown. Here, we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) on proteins isolated from replicating Xenopus egg extracts to identify a double CMG complex bridged by a DONSON dimer. We find that tethering elements mediating complex formation are essential for replication. DONSON reconfigures the MCM motors in the double CMG, and primordial dwarfism patients' mutations disrupting DONSON dimerization affect GINS and MCM engagement in human cells and DNA synthesis in Xenopus egg extracts.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18195.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 456. Å		0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 456. Å		0.95 Å/pix.
x 480 pix.
= 456. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.8589205 - 3.0845175
平均 (標準偏差)0.00003052095 (±0.06454463)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 456.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18195_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18195_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts

全体名称: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts
要素
  • 複合体: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm2 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm3 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm4 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm5 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm6 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor Mcm7 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein Psf1 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein Psf2 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein Psf3 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein Sld5 - Xenopus laevis
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45 - Xenopus laevis

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超分子 #1: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts

超分子名称: Single CMG purified from replicating Xenopus egg extracts
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 700 KDa

+
分子 #1: DNA replication licensing factor Mcm2 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm2 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MADSSESFNI ATSPRAGSRR DALTSSPGRD LPPFEDESEG MFGDGVVPEE EEDGEELIGD AMERDYRPI SELDRYEVEG LDDEEDVEDL TASQREAAEQ SMRMRDREMG RELGRMRRGL L YDSDEEEE DRPARKRRMA ERAAEGAPEE DEEMIESIEN LEDMKGHTVR ...文字列:
MADSSESFNI ATSPRAGSRR DALTSSPGRD LPPFEDESEG MFGDGVVPEE EEDGEELIGD AMERDYRPI SELDRYEVEG LDDEEDVEDL TASQREAAEQ SMRMRDREMG RELGRMRRGL L YDSDEEEE DRPARKRRMA ERAAEGAPEE DEEMIESIEN LEDMKGHTVR EWVSMAATRL EI YHRFKNF LRTHVDEHGH NVFKEKISDM CKENKESLPV NYEDLAAREH VLAYFLPEAP AEM LKIFDE AAKEVVLVMY PKYDRIAREI HVRISHLPLV EELRSLRQLH LNQLIRTSGV VTCC TGVLP QLSMVKYNCN KCNFILGPFF QSQNQEVRPG SCPECQSFGP FEINMEETVY QNYQR ITIQ ESPGKVAAGR LPRSKDAILL ADLVDSCKPG DEIELTGIYH NNYDGSLNTA NGFPVF ATV ILANHITKKD DKVAVGELTD EDVKAIVALS KDERIGERIF ASIAPSIYGH EDIKRGL AL ALFGGEAKNP GGKHKVRGDI NVLLCGDPGT AKSQFLKYVE KVASRAVFTT GQGASAVG L TAYVQRHPVT KEWTLEAGAL VLADRGVCLI DEFDKMNDQD RTSIHEAMEQ QSISISKAG IVTSLQARCT VIAASNPIGG RYDPSLTFSE NVDLTEPIVS RFDILCVVRD TVDPVQDEML ARFVVSSHI KHHPSSKDIA NGDAAEFALP NTFGVEALPQ EVLKKYIMYA KEKIRPKLNQ M DQDKVAKM YSDLRKESMA TGSIPITVRH IESMIRMAEA HARMHLRDYV VEDDVNMAIR VM LESFIDT QKFSVMRSMR KTFARYLAFR RDNNELLLFV LKQLIAEQVT YQRNRYGAQQ DTI EVPEKD LVDKARQINI HNLSAFYDSD LFKMNKFTHD VKKKLIIQQF

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm2

+
分子 #2: DNA replication licensing factor Mcm3 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm3 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MDYGGGFEDH ELREAQREYL DFLDDDQDQG LYHGKVRDMI GSNEHRLIVN LNDVRRKNDK RANLMLNDA FAETIAFQRA LKDLVASIDA TYAKQFEEFS VGFEGSFGSK HVSPRTLTAS L LGSLVCVE GIVTKCSLVR PKVMRSVHYC PATKKTLERK YSDLTSLEAF ...文字列:
MDYGGGFEDH ELREAQREYL DFLDDDQDQG LYHGKVRDMI GSNEHRLIVN LNDVRRKNDK RANLMLNDA FAETIAFQRA LKDLVASIDA TYAKQFEEFS VGFEGSFGSK HVSPRTLTAS L LGSLVCVE GIVTKCSLVR PKVMRSVHYC PATKKTLERK YSDLTSLEAF PSSSIYPTKD EE NNPLETE YGLSTYKDHQ TLSIQEMPEK APAGQLPRSV DIIADDDLVD KCKPGDRVQI VGI YRCLPS KQGGFTSGTF RTILLANNIK LMSKEIAPTF SADDVAKIKK FCKAHSKDIF EHLS KSLAP SIHGHEYIKK AILCMLLGGN EKVLENGTRI RGDINVLLIG DPSVAKSQLL RYVLH TAPR AIPTTGRGSS GVGLTAAVTT DQETGERRLE AGAMVLADRG VVCIDEFDKM SDMDRT AIH EVMEQGRVTI AKAGIQARLN ARCSVLAAAN PVYGRYDQYR TPMENIGLQD SLLSRFD LL FIVLDKMDAD NDQEIADHVL RMHRYRTPGE QDGYALPLGC SVEIFATDDP NASDVTDQ E LQIYEKHDNL LHGPRKNKSK IVSMQFIRKY IHVAKLIKPV LTSEAADYIS QEYAKIRNH DQINNDSART MPVTARALET MIRLSTAHAK VRMSKTIERQ DAETALELVQ FAYFKKVLAK EKKKTDKDL HDENLSQDTL SQESVRKSSR RAGKIADSQD DSMDPYSFSE QDSSLNENLS Q SLRPQRKK AESQDGKRSL SQNRTKEFKA ALLKAFKSSR SQSVAVSQLL ELINKGNPEP FE RSEVKEA LDNMQNDNQV MVSEDVVFLI

UniProtKB: Maternal DNA replication licensing factor mcm3

+
分子 #3: DNA replication licensing factor Mcm4 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm4 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MSSPTSTPSR RRNKRGRGSN PPTPHGEEVQ SPPSQRRRTE DSTSIGELLP MPTSPSGDVQ SPSGQELLF SSPAPSRHSA HQSELDLSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGIRG TPARQRPDLG S ARKVKQVD LHSDQPAAEE LVTSEQSLGQ KLVIWGTDVN VATCKEKFQR ...文字列:
MSSPTSTPSR RRNKRGRGSN PPTPHGEEVQ SPPSQRRRTE DSTSIGELLP MPTSPSGDVQ SPSGQELLF SSPAPSRHSA HQSELDLSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGIRG TPARQRPDLG S ARKVKQVD LHSDQPAAEE LVTSEQSLGQ KLVIWGTDVN VATCKEKFQR FVQRFIDPSA KE EDNVGLD LNEPIYMQRL EEINVVGDPF LNIDCDHLRN FDQDLYRQLV CYPQEVIPTF DMA ANEIFF ERYPDSILEH QIQVRPYNAL KTRNMRSLNP EDIDQLITIS GMVIRTSQII PEMQ EAFFK CQVCAFTTRV EIDRGRIAEP SVCKHCNTTH SMALIHNRSM FSDKQMIKLQ ESPED MPAG QTPHTTILYG HNDLVDKVQP GDRVNVTGIY RAVPIRVNPR VRNVKSVYKT HIDVIH YRK TDSKRLHGID EDTEQKLFTE ERVAMLKELA AKPDIYERLA AALAPSIYEH EDIKKGI LL QLFGGTRKDF SHTGRGKFRA EVNILLCGDP GTSKSQLLQY VFNLVPRGQY TSGKGSSA V GLTAYVMKDP ETRQLVLQTG ALVLSDNGIC CIDEFDKMNE STRSVLHEVM EQQTLSIAK AGIICQLNAR TSVLAAANPV ESQWNPKKTT IENIQLPHTL LSRFDLIFLM LDPQDEAYDR RLAHHLVAL YYQSEEQMKE EHLDMAVLKD YIAYARTYVN PRLSEEASQA LIEAYVSMRK I GSGRGMVS AYPRQLESLI RLSEAHAKVR FSNKVETIDV EEAKRLHREA LKQSATDPRT GI VDISILT TGMSATARKR KEELAQVLKK LIQSKGKTPA LKYQQLFEDL RGQSDAAITK DMF DEALHA LADDDYLTVT GKTVRLL

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm4-B

+
分子 #4: DNA replication licensing factor Mcm5 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm5 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MSGFDDLGVY YSDSFGGEQQ VGDDGQAKKS QLKKRFREFL RQYRIGTDRT GFTFKYRDEL KRHYNLGEY WIEVEMEDLA SFDEDLADYL YKQPTEHLQL LEEAAQEVAD EVTRPRPAGE E TIQEIQVM LRSDANPANI RSLKSEQMSH LVKIPGIIIA ATAVRAKATK ...文字列:
MSGFDDLGVY YSDSFGGEQQ VGDDGQAKKS QLKKRFREFL RQYRIGTDRT GFTFKYRDEL KRHYNLGEY WIEVEMEDLA SFDEDLADYL YKQPTEHLQL LEEAAQEVAD EVTRPRPAGE E TIQEIQVM LRSDANPANI RSLKSEQMSH LVKIPGIIIA ATAVRAKATK ISIQCRSCRN TI GNIAVRP GLEGYAMPRK CNTEQAGRPN CPLDPYFIIP DKCKCVDFQT LKLQESPDAV PHG ELPRHM QLYCDRYLCD KVVPGNRVTI MGIYSIRKSG KTSTKGRDRV GVGIRSSYIR VVGI QVDTE GTGRSAAGAI TPQEEEEFRR LAAKPDIYET VAKSIAPSIY GSSDIKKAIA CLLFG GSRK RLPDGLTRRG DVNLLMLGDP GTAKSQLLKF VERCSPIGVY TSGKGSSAAG LTASVM RDP VSRNFIMEGG AMVLADGGVV CIDEFDKMRE DDRVAIHEAM EQQTISIAKA GITTTLN SR CSVLAAANSV YGRWDDTKGE ENIDFMPTIL SRFDMIFIVK DEHNEQRDMT LAKHVMNV H LSARTQSSSV EGEVDLNTLK KYIAYCRAKC GPRLSAEAAE KLKNRYILMR SGAREHERE TEKRSSIPIT VRQLEAIVRI SESLGKMKLQ PFATETDVEE ALRLFQVSTL DAAMSGSLSG VEGFTTQED QEMLSRIEKQ MKKRFAIGSQ VSEHSIIQDF LKQKYPEHAI HKVLSLMMRR G EIQHRLQR KVLYRIK

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm5-A

+
分子 #5: DNA replication licensing factor Mcm6 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm6 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MELGGPAAAG DTDIAGQQLF KDELSDKCQK LFLEFLEECK GKDGSNLYVS AAEELIRPER NTLAVNFTD IEYYNQQLAT TIQEEYYRVY PHLCRAVRSF ARQMGNIPAN KEFYIAFSDF P ARQKIREL SSAKIGTLLR ISGQVVRTHP VHPELVSGTF LCMDCQSIVK ...文字列:
MELGGPAAAG DTDIAGQQLF KDELSDKCQK LFLEFLEECK GKDGSNLYVS AAEELIRPER NTLAVNFTD IEYYNQQLAT TIQEEYYRVY PHLCRAVRSF ARQMGNIPAN KEFYIAFSDF P ARQKIREL SSAKIGTLLR ISGQVVRTHP VHPELVSGTF LCMDCQSIVK DVEQQFRYTQ PT ICKNPVC ANRRRFTLDT NKSRFVDFQK VRIQETQAEL PRGAIPRSVE IILRAEAVES AMA GDRCDF TGTLIVVPDV SALAAGDARM ETGAKVTGGE GFNSEGVQGL KALGVRDLSY RLAF LACYV GATNPRFGGK DLREEDQTAE SIKNQMTVQE WEKVFEMSQD KNLYHNLCTS LFPTI HGND EIKRGVLLML FGGVPKTTME GTSLRGDINV CIVGDPSTSK SQFLKHVEEF SPRAVY TSG KASSAAGLTA AVVKDEESHE FVIEAGALML ADNGVCCIDE FDKMDLKDQV AIHEAME QQ TISITKAGVK ATLNARTSIL AAANPVGGRY ERSKSLKHNV NLSAPIMSRF DLFFILVD E CNEVTDYAIA RRIVDLHARN EESIERVYSI EDIQRYLLFA RQFQPKITKE AEEFIVEQY RRLRQRDGSG VAKSSWRITV RQLESLIRLS ESMARMHCSD EVQPKHVKEA FRLLSKSIIR VDTPDVSFD QGEDEKNIEG ENNGNLNNGE EAMETNQDEP INEKPSSNAG LKMSFAEYKQ I SNLLVLYM QKMEETEEEC HLTTTDLVNW YLKEMEAEIE TETELILKKR LIEKVIHRLI YY DHILIEL NKSELKTMDD TKETGEDAAE DRILVVNPNY MLED

UniProtKB: Maternal DNA replication licensing factor mcm6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor Mcm7 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication licensing factor Mcm7 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MPRDYQAEKE KCKTFLQEFY KDDEFGKKNF KYGVQLANIA HREQVALCID LDDLAEEDPE LVDAICENT RRYTNLFADA VQELLPQYKE REVVHKDALD VYIEHRLMME QRGRDPNEMR D PHNQYPPE LMRRFELYFK APSSSKARVV RDVKADSIGK LVTVRGIVTR ...文字列:
MPRDYQAEKE KCKTFLQEFY KDDEFGKKNF KYGVQLANIA HREQVALCID LDDLAEEDPE LVDAICENT RRYTNLFADA VQELLPQYKE REVVHKDALD VYIEHRLMME QRGRDPNEMR D PHNQYPPE LMRRFELYFK APSSSKARVV RDVKADSIGK LVTVRGIVTR VTEVKPMMVV AT YTCDQCG AETYQPIQSP TFMPLIMCPS RECQTNRSGG RLYLQTRGSK FIKFQELKIQ EHS DQVPVG NIPRCMSVYV RGENTRLAQP GDHVGITGVF LPMLRTGFRQ VVQGLLSETY LESH RLVKM NKTEDDELGT EELSEEELRQ ITEEDFYEKL AASIAPEIYG HEDVKKALLL LLVGG VDHS PRGMKIRGNI NVCLMGDPGV AKSQLLSYID RLAPRSQYTT GRGSSGVGLT AAVMKD PVT GEMTLEGGAL VLADQGVCCI DEFDKMMDSD RTAIHEVMEQ QTISIAKAGI MTTLNAR CS ILAAANPAYG RYNPKKTVEQ NIQLPAALLS RFDLLWLIQD KPDRDNDLRL AQHITYVH Q HSKQPPSQFQ PMDMKLMRRY ITMCKSKQPA IPESLADYLT AAYVEMRKEA RTNKDMTFT SARTLLSILR LSTALARLRL EDVVEKEDVN EAMRLTEMSK DSLQGDKGHA SRTQRPADVI FSTIREMVP EKGARSVKYS EAEQRCVSKG FTPAQFEAAL EEYEELNVWL VNQARTKITF V

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm7-B

+
分子 #7: DNA replication complex GINS protein Psf1 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication complex GINS protein Psf1 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MFCEKAIELI RELQRASDGQ LPAFNEDGIR QILEEMKALY EQNQADVNEA KTEGRSDLIP TIKFRHCCL LRNRRCIVAY LYDRLLRIRA LRWEYGSVLP SALRFHMSTE EMDWFNQYKR S LATYMRSL GGEEGLDITQ DMKPPKSLYI EVRCLRDYGE FEIDDGTTIL ...文字列:
MFCEKAIELI RELQRASDGQ LPAFNEDGIR QILEEMKALY EQNQADVNEA KTEGRSDLIP TIKFRHCCL LRNRRCIVAY LYDRLLRIRA LRWEYGSVLP SALRFHMSTE EMDWFNQYKR S LATYMRSL GGEEGLDITQ DMKPPKSLYI EVRCLRDYGE FEIDDGTTIL LKKNSQHFLP RW KCEQLIR QGVLEHVLS

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #8: DNA replication complex GINS protein Psf2 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication complex GINS protein Psf2 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
MDASEVEFLA EKEQVTVIPN FSLDKVYLIG GDLGPFNPSL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRI VPPEWMDVE KLEAIRDQER REETFTPMPS PYYMELTKLL LNHAADNIPK ADEIRTLVKD T WDTRIAKL RLSADSFVKG QEAHAKLDNL TLMEINTIGT FFTESLNHMY KLRTSLQNPE EG QSQDY

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein Psf3 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication complex GINS protein Psf3 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MWEPYMPVEP GLGREENFLS LEDLLMSQEK LPCCIESGFP RLGFLDKGGD SDSIPEGSKM ELPLWLAKG LYDNKRRVLS VELPKIYREG WRTVFSADAN VVDLHKMGPH YYGFGSQLLN F DSPENPEI AKTILQTFVG RFRRIMDSSQ NAYNEDTSGL VARLDELERS ...文字列:
MWEPYMPVEP GLGREENFLS LEDLLMSQEK LPCCIESGFP RLGFLDKGGD SDSIPEGSKM ELPLWLAKG LYDNKRRVLS VELPKIYREG WRTVFSADAN VVDLHKMGPH YYGFGSQLLN F DSPENPEI AKTILQTFVG RFRRIMDSSQ NAYNEDTSGL VARLDELERS LFRAGQRGLN AF QSWERGK AAQITASNLV QNYKKRKFNE ADA

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein Sld5 - Xenopus laevis

分子名称: DNA replication complex GINS protein Sld5 - Xenopus laevis
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MEDELALSDQ GSDEDEEVLT PAELINKLEE AWLNEKFAPE LLESKSEVVE CVMEQLNHME QNLHRAKPG DLKISFHHME IERIRYMLSS YLRSRMLKIE KFFPHILEKE KSRGEGEPPH L SPEEFAFA KEYMTNTETL LKSVALRHMP PNLQTVDLLK SVPKPNLDSF ...文字列:
MEDELALSDQ GSDEDEEVLT PAELINKLEE AWLNEKFAPE LLESKSEVVE CVMEQLNHME QNLHRAKPG DLKISFHHME IERIRYMLSS YLRSRMLKIE KFFPHILEKE KSRGEGEPPH L SPEEFAFA KEYMTNTETL LKSVALRHMP PNLQTVDLLK SVPKPNLDSF VFLRVKEEQN NI LVEPETD EQSEYAIDME VGSQHLIRYR TIAPLVASGA VKLI

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #11: Cell division control protein 45 - Xenopus laevis

分子名称: Cell division control protein 45 - Xenopus laevis / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MFVSDLRKEF FDVIVTERVL LLVAPDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET LFLEHKEQF RYFVLINCGA NIDLLETLQP QEEAIFYICD THRPIDVVNI YNDSQVKLLI R QDDDLEIP AYDDIFNDDE EDGEDSGNES DGAEPSGKRR RFDEAAVERR ...文字列:
MFVSDLRKEF FDVIVTERVL LLVAPDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET LFLEHKEQF RYFVLINCGA NIDLLETLQP QEEAIFYICD THRPIDVVNI YNDSQVKLLI R QDDDLEIP AYDDIFNDDE EDGEDSGNES DGAEPSGKRR RFDEAAVERR IERRRQRREW EA RRREIIF DYEQYEYHGT SSAMMMFELA WIMSKDSNDM LWWAIVGLTD QWVQDRITQM KYV TDVGTL QRHVSRHNHR NEDEENSLSI DCMRIAFEYD LRLSLYQHWS LYESICNSCY TSAT LKLWS LQGQKKLQEF LADMGMPLKQ VKQKFNSMDI SLKENLREML EESANKFGMK DVRVQ TFSV QFGFKNKFLA SDIVFAVLSL LENTERDEKG TDNFIKALDS LSRSNLDKLH TGLEMG KKL LCAIQQTVAS CICTNLILSQ GPFLYCYLME GTPDVKMFSN PISLCLLCKY LLKSFVC ST KNKRCKLLPL VLAAPLDAEK GTVIMVGIPP EAESSDKKNF FGRAFEKAAE STSSRTLH N HFDMSIIELR TEDRSKFLDA LISLLS

UniProtKB: Cell division control protein 45 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137591
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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