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- EMDB-18182: Closed conformation of the g-tubulin ring complex nucleating micr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18182
タイトルClosed conformation of the g-tubulin ring complex nucleating microtubules
マップデータRefined map of the closed gTuRC conformation
試料
  • 複合体: gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: GCP2
    • タンパク質・ペプチド: GCP3
    • タンパク質・ペプチド: GCP4
    • タンパク質・ペプチド: GCP5
    • タンパク質・ペプチド: GCP6
    • タンパク質・ペプチド: gamma-tubulin
キーワードMicrotubule / cytoskeleton / g-tubulin ring complex / tubulin / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.39 Å
データ登録者Llorca O / Serna M
資金援助 スペイン, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)AEI/10.13039/501100011 003 スペイン
European Regional Development FundPID2020-114429RB-I00European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Transition of human γ-tubulin ring complex into a closed conformation during microtubule nucleation.
著者: Cláudia Brito / Marina Serna / Pablo Guerra / Oscar Llorca / Thomas Surrey /
要旨: Microtubules are essential for intracellular organization and chromosome segregation. They are nucleated by the γ-tubulin ring complex (γTuRC). However, isolated vertebrate γTuRC adopts an open ...Microtubules are essential for intracellular organization and chromosome segregation. They are nucleated by the γ-tubulin ring complex (γTuRC). However, isolated vertebrate γTuRC adopts an open conformation that deviates from the microtubule structure, raising the question of the nucleation mechanism. In this study, we determined cryo-electron microscopy structures of human γTuRC bound to a nascent microtubule. Structural changes of the complex into a closed conformation ensure that γTuRC templates the 13-protofilament microtubules that exist in human cells. Closure is mediated by a latch that interacts with incorporating tubulin, making it part of the closing mechanism. Further rearrangements involve all γTuRC subunits and the removal of the actin-containing luminal bridge. Our proposed mechanism of microtubule nucleation by human γTuRC relies on large-scale structural changes that are likely the target of regulation in cells.
履歴
登録2023年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18182.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined map of the closed gTuRC conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 408 pix.
= 557.956 Å		1.37 Å/pix.
x 408 pix.
= 557.956 Å		1.37 Å/pix.
x 408 pix.
= 557.956 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36754 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.0067491014 - 0.028027507
平均 (標準偏差)0.00015980071 (±0.0016922144)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ408408408
Spacing408408408
セルA=B=C: 557.9563 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18182_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map of the closed gTuRC conformation

ファイルemd_18182_additional_1.map
注釈Sharpened map of the closed gTuRC conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half 2 map of the refined closed gTuRC conformation structure

ファイルemd_18182_half_map_1.map
注釈Half 2 map of the refined closed gTuRC conformation structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half 1 map of the refined closed gTuRC conformation structure

ファイルemd_18182_half_map_2.map
注釈Half 1 map of the refined closed gTuRC conformation structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : gamma-tubulin ring complex

全体名称: gamma-tubulin ring complex
要素
  • 複合体: gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: GCP2
    • タンパク質・ペプチド: GCP3
    • タンパク質・ペプチド: GCP4
    • タンパク質・ペプチド: GCP5
    • タンパク質・ペプチド: GCP6
    • タンパク質・ペプチド: gamma-tubulin

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超分子 #1: gamma-tubulin ring complex

超分子名称: gamma-tubulin ring complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: GCP2

分子名称: GCP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDE LKSKNTRNLD PLVYLLSKLT EDKETLQYLQ QNAKERAELA AAAVGSSTTS I NVPAAASK ISMQELEELR KQLGSVATGS TLQQSLELKR KMLRDKQNKK ...文字列:
MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDE LKSKNTRNLD PLVYLLSKLT EDKETLQYLQ QNAKERAELA AAAVGSSTTS I NVPAAASK ISMQELEELR KQLGSVATGS TLQQSLELKR KMLRDKQNKK NSGQHLPIFP AW VYERPAL IGDFLIGAGI STDTALPIGT LPLASQESAV VEDLLYVLVG VDGRYVSAQP LAG RQSRTF LVDPNLDLSI RELVHRILPV AASYSAVTRF IEEKSSFEYG QVNHALAAAM RTLV KEHLI LVSQLEQLHR QGLLSLQKLW FYIQPAMRTM DILASLATSV DKGECLGGST LSLLH DRSF SYTGDSQAQE LCLYLTKAAS APYFEVLEKW IYRGIIHDPY SEFMVEEHEL RKERIQ EDY NDKYWDQRYT IVQQQIPSFL QKMADKILST GKYLNVVREC GHDVTCPVAK EIIYTLK ER AYVEQIEKAF NYASKVLLDF LMEEKELVAH LRSIKRYFLM DQGDFFVHFM DLAEEELR K PVEDITPPRL EALLELALRM STANTDPFKD DLKIDLMPHD LITQLLRVLA IETKQEKAM AHADPTELAL SGLEAFSFDY IVKWPLSLII NRKALTRYQM LFRHMFYCKH VERQLCSVWI SNKTAKQHS LHSAQWFAGA FTLRQRMLNF VQNIQYYMMF EVMEPTWHIL EKNLKSASNI D DVLGHHTG FLDTCLKDCM LTNPELLKVF SKLMSVCVMF TNCMQKFTQS MKLDGELGGQ TL EHSTVLG LPAGAEERAR KELARKHLAE HADTVQLVSG FEATINKFDK NFSAHLLDLL ARL SIYSTS DCEHGMASVI SRLDFNGFYT ERLERLSAER SQKATPQVPV LRGPPAPAPR VAVT AQ

-
分子 #2: GCP3

分子名称: GCP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGRSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELIRQRREA DAALFSELHR KLHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRRQPS KVSSYATLFA Q ALPRDAHS TPYYYARPQT LPLSYQDRSA QSAQSSGSVG SSGISSIGLC ...文字列:
MATPDQKSPN VLLQNLCCRI LGRSEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVAEKIKK ELIRQRREA DAALFSELHR KLHSQGVLKN KWSILYLLLS LSEDPRRQPS KVSSYATLFA Q ALPRDAHS TPYYYARPQT LPLSYQDRSA QSAQSSGSVG SSGISSIGLC ALSGPAPAPQ SL LPGQSNQ APGVGDCLRQ QLGSRLAWTL TANQPSSQAT TSKGVPSAVS RNMTRSRREG DTG GTMEIT EAALVRDILY VFQGIDGKNI KMNNTENCYK VEGKANLSRS LRDTAVRLSE LGWL HNKIR RYTDQRSLDR SFGLVGQSFC AALHQELREY YRLLSVLHSQ LQLEDDQGVN LGLES SLTL RRLLVWTYDP KIRLKTLAAL VDHCQGRKGG ELASAVHAYT KTGDPYMRSL VQHILS LVS HPVLSFLYRW IYDGELEDTY HEFFVASDPT VKTDRLWHDK YTLRKSMIPS FMTMDQS RK VLLIGKSINF LHQVCHDQTP TTKMIAVTKS AESPQDAADL FTDLENAFQG KIDAAYFE T SKYLLDVLNK KYSLLDHMQA MRRYLLLGQG DFIRHLMDLL KPELVRPATT LYQHNLTGI LETAVRATNA QFDSPEILRR LDVRLLEVSP GDTGWDVFSL DYHVDGPIAT VFTRECMSHY LRVFNFLWR AKRMEYILTD IRKGHMCNAK LLRNMPEFSG VLHQCHILAS EMVHFIHQMQ Y YITFEVLE CSWDELWNKV QQAQDLDHII AAHEVFLDTI ISRCLLDSDS RALLNQLRAV FD QIIELQN AQDAIYRAAL EELQRRLQFE EKKKQREIEG QWGVTAAEEE EENKRIGEFK ESI PKMCSQ LRILTHFYQG IVQQFLVLLT TSSDESLRFL SFRLDFNEHY KAREPRLRVS LGTR GRRSS HT

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分子 #3: GCP4

分子名称: GCP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRSGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQ DHHPSQQGQG GLHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLGDPHLSI S HVNYFLDQ FQLLFPSVMV VVEQIKSQKI HGCQILETVY KHSCGGLPPV ...文字列:
MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRSGLQVSQD FPFLHPSETS VLNRLCRLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQ DHHPSQQGQG GLHGIYLRAF CTGLDSVLQP YRQALLDLEQ EFLGDPHLSI S HVNYFLDQ FQLLFPSVMV VVEQIKSQKI HGCQILETVY KHSCGGLPPV RSALEKILAV CH GVMYKQL SAWMLHGLLL DQHEEFFIKQ GPSSGNVSAQ PEEDEEDLGI GGLTGKQLRE LQD LRLIEE ENMLAPSLKQ FSLRVEILPS YIPVRVAEKI LFVGESVQMF ENQNVNLTRK GSIL KNQED TFAAELHRLK QQPLFSLVDF EQVVDRIRST VAEHLWKLMV EESDLLGQLK IIKDF YLLG RGELFQAFID TAQHMLKTPP TAVTEHDVNV AFQQSAHKVL LDDDNLLPLL HLTIEY HGK EHKADATQAR EGPSRETSPR EAPASGWAAL GLSYKVQWPL HILFTPAVLE KYNVVFK YL LSVRRVQAEL QHCWALQMQR KHLKSNQTDA IKWRLRNHMA FLVDNLQYYL QVDVLESQ F SQLLHQINST RDFESIRLAH DHFLSNLLAQ SFILLKPVFH CLNEILDLCH SFCSLVSQN LGPLDERGAA QLSILVKGFS RQSSLLFKIL SSVRNHQINS DLAQLLLRLD YNKYYTQAGG TLGSFGM

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分子 #4: GCP5

分子名称: GCP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MARHGPPWSR LDAQQERDVR ELVRGVAGLQ DEADPNFQLA LNFAWSNFRF HRFLDVNSHK IEKTIEGIY EKFVIHSDLS KAASWKRLTE EFLNAPLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD S PSNSSYVE TPRNKEVEKK DDFDWGKYLM EDEEMDIGPY MDTPNWSEES ...文字列:
MARHGPPWSR LDAQQERDVR ELVRGVAGLQ DEADPNFQLA LNFAWSNFRF HRFLDVNSHK IEKTIEGIY EKFVIHSDLS KAASWKRLTE EFLNAPLPSI KEIKTDAHYS ILSLLLCLSD S PSNSSYVE TPRNKEVEKK DDFDWGKYLM EDEEMDIGPY MDTPNWSEES EEENDQQPLS RE DSGIQVD RTPLEEQDQN RKLDPCISWK DEPDDRSWLE HHVVHQYWTA RPSQFPHSLH LHS NLAAVW DQHLYSSDPL YVPDDRVLVT ETQVIRETLW LLSGVKKLFI FQLIDGKVTV RNNI IVTHL THSCLRSVLE QIAAYGQVVF RLQEFIDEVM GHSSESMLPG SGSVPKKSTE APFRT YQAF MWALYKYFIS FKEELAEIEK CIINNDTTIT LAIVVDKLAP RLSQLKVLHK VFSTGV AEV PPDTRNVVRA SHLLNTLYKA ILEYDNVGEA SEQTVSLLFS LWVETVRPYL QTVDEWI VH GHLWDGAREF IIQRNKNVPV NHRDFWYATY TLYSVSEKTE NEEKMSDNAS ASSGSDQG P SSRQHTMVSF LKPVLKQIIM AGKSMQLLKN LQCAESTTCQ AGARDAERKS LYTLFLESV QSRLRHGEDS TPQVLTEQQA TKENLMKMQS IAESHLELDD VHDPLLAINF ARMYLEQSDF HEKFAGGDV CVDRSSESVT CQTFELTLRS CLYPHIDKQY LDCCGNLMQT LKKDYRLVEY L QAMRNFFL MEGGDTMYDF YTSIFDKIRE KETWQNVSFL NVQLQEAVGQ RYPEDSSRLS IS FENVDTA KKKLPVHILD GLTLSYKVPW PVDIVISLEC QKIYNQVFLL LLQIKWAKYS LDV LLFGEL VSTAEKPRLK EGLIHEQDTV AQFGPQKEPV RQQIHRMFLL RVKLMHFVNS LHNY IMTRI LHSTGLEFQH QVEEAKDLDQ LIKIHYRYLS TIHDRCLLRE KVSFVKEAIM KVLNL ALMF ADGWQAGLGT WRMESIEKME SDFKNCHMFL VTILNKAVCR GSFPHLESLA LSLMAG MEQ S

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分子 #5: GCP6

分子名称: GCP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASITQLFDD LCEALLPAAK THLGQRSVNR KRAKRSLKKV AYNALFTNLF QDETQQLQPD MSKLPARNK ILMLSFDLRV GGLGPKADRL EELVEELEAA PCCPLLEVGS VLDLLVQLAG S GPPQVLPR KRDYFLNNKH VGRNVPYSGY DCDDLSVFEM DVQSLISREE ...文字列:
MASITQLFDD LCEALLPAAK THLGQRSVNR KRAKRSLKKV AYNALFTNLF QDETQQLQPD MSKLPARNK ILMLSFDLRV GGLGPKADRL EELVEELEAA PCCPLLEVGS VLDLLVQLAG S GPPQVLPR KRDYFLNNKH VGRNVPYSGY DCDDLSVFEM DVQSLISREE CLCHSMIQET LQ VMEAAPG TGLPTVGLFS FGDPCGDRFE RDTRVSLFGA LVHSRTYDMD VRLGLPPVPD NAD LSGLAI KVPPSVDQWE DEGFQSASNL TPDSQSEPSV TPDVDLWEAA LTYEASKRRC WERV GCPPG HREEPYLTEA GRDAFDKFCR LHQGELQLLA GGVLQAPQPV LVKECELVKD VLNVL IGVV SATFSLCQPA QAFVVKRGVH VSGASPESIS SLLSEVAEYG TCYTRLSHFS LQPVLD SLY SKGLVFQAFT SGLRRYLQYY RACVLSTPPT LSLLTIGFLF KKLGRQLRYL AELCGVG AV LPGTCGGGPR AAFPTGVKLL SYLYQEALHN CSNEHYPVLL SLLKTSCEPY TRFIHDWV Y SGVFRDAYGE FMIQVNHEYL SFRDKLYWTH GYVLISKEVE DCVPVFLKHI AHDIYVCGK TINLLKLCCP RHYLCWSDVP VPRISVIFSL EELKEIEKDC AVYVGRMERV ARHSSVSKEE KELRMEIAK QELIAHAREA ASRVLSALSD RQMSERMALD ARKREQFQRL KEQFVKDQER R QAARQEEL DDDFSYAREL RDRERRLKSL EEELERKARQ ALVDHYSKLS AEAARREQKA LW RIQRHRL ESARLRFLLE DEKHIQEMLK AVSEAHQPQE PPDVLLSVHP QVTSPGPEHP EGG QGCDSG SAEQHSPAWD GWNRPGLLTP QPLKPLAVGA GGRGLQQAEG ARPFSDSLSI GDFL PVGPG AEPSVQTGMV PLLEVALQTI NLDLPPSAPG EAPAAASTQP SRPQEYDFST VLRPA VATS PAPGPLQAAE CSLGSSGLQL WEDSCGKMDA CGSASRETLL PSHPPRRAAL EEGSSQ PTE RLFGQVSGGG LPTGDYASEI APTRPRWNTH GHVSDASIRV GENVSDVAPT QPRWNTH GH VSNASISLGE SVSDVAPTRP RWNIHGHVSN ASIRVGENVS DVAPTRPRWN THGHVSNA S IRVGENVSDV APTRPRWNTH GHVSDASISL GESVSDMAPA RPRWNTHGHV SDASISLGE SVSDMAPTRP RWNTHGHVSD TSIRVGENVS DVAPIRSRCN THGHVSDASI SLGEPVSDVV STRPRWNTH VPIPPPHMVL GALSPEAEPN TPRPQQSPPG HTSQSALSLG AQSTVLDCGP R LPVEVGPS LSSPSSGCGE GSISVGENVS DVAPTQPWWP NTPGDSVSEE LGPGRSGDTE DL SPNWPLN SQEDTAAQSS PGRGEEAEAS AAEAQGGEQA YLAGLAGQYH LERYPDSYES MSE PPIAHL LRPVLPRAFA FPVDPQVQSA ADETAVQLSE LLTLPVLMKR SITAPLAAHI SLVN KAAVD YFFVELHLEA HYEALRHFLL MEDGEFAQSL SDLLFEKLGA GQTPGELLNP LVLNS VLSK ALQCSLHGDT PHASNLSLAL KYLPEVFAPN APDVLSCLEL RYKVDWPLNI VITEGC VSK YSGVFSFLLQ LKLMMWALKD VCFHLKRTAL LSHMAGSVQF RQLQLFKHEM QHFVKVI QG YIANQILHVT WCEFRARLAT VGDLEEIQRA HAEYLHKAVF RGLLTEKAAP VMNVIHSI F SLVLKFRSQL ISQAWGPPGG PRGAEHPNFA LMQQSYNTFK YYSHFLFKVV TKLVNRGYQ PHLEDFLLRI NFNNYYQDA

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分子 #6: gamma-tubulin

分子名称: gamma-tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDL EPRVIHSILN SPYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF D IIDREADG SDSLEGFVLC HSIAGGTGSG LGSYLLERLN DRYPKKLVQT ...文字列:
MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDL EPRVIHSILN SPYAKLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF D IIDREADG SDSLEGFVLC HSIAGGTGSG LGSYLLERLN DRYPKKLVQT YSVFPNQDEM SD VVVQPYN SLLTLKRLTQ NADCVVVLDN TALNRIATDR LHIQNPSFSQ INQLVSTIMS AST TTLRYP GYMNNDLIGL IASLIPTPRL HFLMTGYTPL TTDQSVASVR KTTVLDVMRR LLQP KNVMV STGRDRQTNH CYIAILNIIQ GEVDPTQVHK SLQRIRERKL ANFIPWGPAS IQVAL SRKS PYLPSAHRVS GLMMANHTSI SSLFERTCRQ YDKLRKREAF LEQFRKEDMF KDNFDE MDT SREIVQQLID EYHAATRPDY ISWGTQEQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 46276 / 平均露光時間: 1.3 sec. / 平均電子線量: 46.276 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1580023
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC Ab Initio Reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 77306
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 4.0), cryoSPARC (ver. 4.0+))
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 4.0), cryoSPARC (ver. 4.0+), cryoDRGN (ver. 2.0))
詳細: Several 3D classification and heterogeneity analysis methods
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7as4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6x0u

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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