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万見
- EMDB-18160: Focused map of the 40S ribosomal subunit body of the Gallus gallu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18160
タイトルFocused map of the 40S ribosomal subunit body of the Gallus gallus (rotated)
マップデータFocused map of the 40S ribosomal subunit body of the Gallus gallus (rotated)
試料
  • 複合体: 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo
キーワードtranslation / complex / eEF2 / SERBP1 / RIBOSOME
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nurullina L / Jenner L / Myasnikov A / Yusupov M
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM) フランス
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the inactive ribosome complex accumulated in chick embryo cells in cold-stress conditions.
著者: Liliia Nurullina / Salvatore Terrosu / Alexander G Myasnikov / Lasse Bohl Jenner / Marat Yusupov /
要旨: Here, we present the high-resolution structure of the Gallus gallus 80S ribosome obtained from cold-treated chicken embryos. The translationally inactive ribosome complex contains elongation factor ...Here, we present the high-resolution structure of the Gallus gallus 80S ribosome obtained from cold-treated chicken embryos. The translationally inactive ribosome complex contains elongation factor eEF2 with GDP, SERPINE1 mRNA binding protein 1 (SERBP1) and deacylated tRNA in the P/E position, showing common features with complexes already described in mammals. Modeling of most expansion segments of G. gallus 28S ribosomal RNA allowed us to identify specific features in their structural organization and to describe areas where a marked difference between mammalian and avian ribosomes could shed light on the evolution of the expansion segments. This study provides the first structure of an avian ribosome, establishing a model for future structural and functional studies on the translational machinery in Aves.
履歴
登録2023年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused map of the 40S ribosomal subunit body of the Gallus gallus (rotated)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.8 Å/pix.
x 580 pix.
= 465.74 Å		0.8 Å/pix.
x 580 pix.
= 465.74 Å		0.8 Å/pix.
x 580 pix.
= 465.74 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.803 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.43942174 - 0.97440255
平均 (標準偏差)-0.0023263684 (±0.020585764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ580580580
Spacing580580580
セルA=B=C: 465.74 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_18160_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_18160_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo

全体名称: 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo
要素
  • 複合体: 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo

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超分子 #1: 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo

超分子名称: 80S Gallus gallus ribosome from chicken embryo / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: 28S rRNA, 5.8S rRNA, 5S rRNA, 18S rRNA,ribosomal proteins, tRNA, eEF2, SERBP1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: embryo
分子量理論値: 4.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32439 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 641721
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7o7z

最終 再構成使用したクラス数: 2 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 100204
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7o7z


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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