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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | A cryo-ET study of ciliary rootlet organization - purified rootlet example 4 | |||||||||
![]() | purified rootlet, eman2 preprocessed cropped tomogram for segmentation. Object files are found on biostudies (S-BSST1164, https://www.ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BSST1164) | |||||||||
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![]() | ciliary rootlet / rootlet / rootletin / centriole / cilia / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | van Hoorn C / Carter AP | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A cryo-ET study of ciliary rootlet organization 著者: van Hoorn C / Carter AP | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 114.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | purified rootlet, eman2 preprocessed cropped tomogram for segmentation. Object files are found on biostudies (S-BSST1164, https://www.ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BSST1164) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 11.104 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes
全体 | 名称: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes |
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要素 |
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-超分子 #1: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes
超分子 | 名称: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: The sample was purified according to https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.10.038, maintaining cellular interactions with the rootlet. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: BBI / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | For tomogram segmentation, tomograms were reconstructed as even/odd frame half tomograms using the above mentioned WARP pipeline and denoised using Noise2Map(Tegunov & Cramer, 2018). The tomograms were then deconvolved and isotropically reconstructed with denoising using IsoNet(Liu et al, 2021) with a cube size of 128 pixels. The tomograms were then preprocessed in EMAN2.2 for training of the TomoSeg CNN(Chen et al, 2017). |
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最終 再構成 | 使用した粒子像数: 41 |