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万見
- EMDB-18124: A cryo-ET study of ciliary rootlet organization - purified rootle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18124
タイトルA cryo-ET study of ciliary rootlet organization - purified rootlet example 3
マップデータpurified rootlet, eman2 preprocessed cropped tomogram for segmentation. Object files are found on biostudies (S-BSST1164, https://www.ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BSST1164)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes
キーワードciliary rootlet / rootlet / rootletin / centriole / cilia / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者van Hoorn C / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: A cryo-electron tomography study of ciliary rootlet organization.
著者: Chris van Hoorn / Andrew P Carter /
要旨: Ciliary rootlets are striated bundles of filaments that connect the base of cilia to internal cellular structures. Rootlets are critical for the sensory and motile functions of cilia. However, the ...Ciliary rootlets are striated bundles of filaments that connect the base of cilia to internal cellular structures. Rootlets are critical for the sensory and motile functions of cilia. However, the mechanisms underlying these functions remain unknown, in part due to a lack of structural information of rootlet organization. In this study, we obtain 3D reconstructions of membrane-associated and purified rootlets from mouse retina using cryo-electron tomography. We show that flexible protrusions on the rootlet surface, which emanate from the cross-striations, connect to intracellular membranes. In purified rootlets, the striations were classified into amorphous (A)-bands, associated with accumulations on the rootlet surface, and discrete (D)-bands corresponding to punctate lines of density that run through the rootlet. These striations connect a flexible network of longitudinal filaments. Subtomogram averaging suggests the filaments consist of two intertwined coiled coils. The rootlet's filamentous architecture, with frequent membrane-connecting cross-striations, lends itself well for anchoring large membranes in the cell.
履歴
登録2023年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18124.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18124.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈purified rootlet, eman2 preprocessed cropped tomogram for segmentation. Object files are found on biostudies (S-BSST1164, https://www.ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BSST1164)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
11.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 1065.984 Å		11.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 5329.92 Å		11.1 Å/pix.
x 416 pix.
= 4619.264 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.104 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3.0 - 3.0
平均 (標準偏差)0.01585852 (±0.92345303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin170153140
サイズ48041696
Spacing41648096
セルA: 4619.264 Å / B: 5329.92 Å / C: 1065.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes

全体名称: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes

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超分子 #1: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes

超分子名称: Ciliary rootlet surrounded by cellular membranes / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The sample was purified according to https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.10.038, maintaining cellular interactions with the rootlet.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: eye / 組織: retina / Organelle: rootlet / 細胞中の位置: centriole associated, cytoplasm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細For tomogram segmentation, tomograms were reconstructed as even/odd frame half tomograms using the above mentioned WARP pipeline and denoised using Noise2Map(Tegunov & Cramer, 2018). The tomograms were then deconvolved and isotropically reconstructed with denoising using IsoNet(Liu et al, 2021) with a cube size of 128 pixels. The tomograms were then preprocessed in EMAN2.2 for training of the TomoSeg CNN(Chen et al, 2017).
最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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