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万見
- EMDB-17844: Escherichia coli SduA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17844
タイトルEscherichia coli SduA complex
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Tetrameric SduA complex
    • タンパク質・ペプチド: Shedu effector protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSduA / Shedu / Prokaryotic immune system / IMMUNE SYSTEM
生物種Escherichia coli KTE10 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Loeff L / Jinek M / Asanovic I / Boneberg F / Pfleiderer MM / Ferdigg A / Ackle F / Martinez J
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820150European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission845268European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: DNA end sensing and cleavage by the Shedu anti-phage defense system.
著者: Luuk Loeff / Alexander Walter / Gian Tizio Rosalen / Martin Jinek /
要旨: The detection of molecular patterns associated with invading pathogens is a hallmark of innate immune systems. Prokaryotes deploy sophisticated host defense mechanisms in innate anti-phage immunity. ...The detection of molecular patterns associated with invading pathogens is a hallmark of innate immune systems. Prokaryotes deploy sophisticated host defense mechanisms in innate anti-phage immunity. Shedu is a single-component defense system comprising a putative nuclease SduA. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of apo- and double-stranded DNA (dsDNA)-bound tetrameric SduA assemblies, revealing that the N-terminal domains of SduA form a clamp that recognizes free DNA ends. End binding positions the DNA over the PD-(D/E)XK nuclease domain, resulting in dsDNA nicking at a fixed distance from the 5' end. The end-directed DNA nicking activity of Shedu prevents propagation of linear DNA in vivo. Finally, we show that phages escape Shedu immunity by suppressing their recombination-dependent DNA replication pathway. Taken together, these results define the antiviral mechanism of Shedu systems, underlining the paradigm that recognition of pathogen-specific nucleic acid structures is a conserved feature of innate immunity across all domains of life.
履歴
登録2023年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17844.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 348 pix.
= 226.2 Å		0.65 Å/pix.
x 348 pix.
= 226.2 Å		0.65 Å/pix.
x 348 pix.
= 226.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0603
最小 - 最大-0.2878477 - 0.5061053
平均 (標準偏差)0.0014013177 (±0.015990872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 226.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17844_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_17844_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17844_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17844_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric SduA complex

全体名称: Tetrameric SduA complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Tetrameric SduA complex
    • タンパク質・ペプチド: Shedu effector protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Tetrameric SduA complex

超分子名称: Tetrameric SduA complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli KTE10 (大腸菌)
分子量理論値: 194 KDa

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分子 #1: Shedu effector protein

分子名称: Shedu effector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli KTE10 (大腸菌)
分子量理論値: 47.465273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAMLQFSFV SNDVVMTYDG DSGEQIIWVW ESLNKFQTVC ISRIFNFQLQ DLRNPPSTVQ DFNDYEYSFN FGTLNNEYIT VPGRILSIN RDVLIHKSIK LERKVFASER NVSIFGRLSK LLDHTNPIII GGDKPEAIPK SVFQELQSKF PNTGELDRYA N ARVHAILA ...文字列:
SNAMLQFSFV SNDVVMTYDG DSGEQIIWVW ESLNKFQTVC ISRIFNFQLQ DLRNPPSTVQ DFNDYEYSFN FGTLNNEYIT VPGRILSIN RDVLIHKSIK LERKVFASER NVSIFGRLSK LLDHTNPIII GGDKPEAIPK SVFQELQSKF PNTGELDRYA N ARVHAILA GYLDGMKDAR ERYEHYLNRK TVIRKTDKLD LEVLNKLEIE KYTLIRDIIQ DALNNKTNLS EDDWQSLMIP FI TLLFPKY IKVLEKVKIF DYYSNPSAKT NRFIDIALVD ANGNLDIIEV KKPFDDKILR KTPYRDNYIP TSELSGGIMQ AEK YIFHLS KWGVKGEKEL TNAYKNSLPA GMCIRISNPK AIIIVGRDQI ANGNMTDGQL LDFEIIKRKY ANMIDILTYD DLLR RLNNT IEALKG

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMMgClMagnesium chloride

詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Samples was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5289 / 平均電子線量: 66.529 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1096246
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 202998
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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