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- EMDB-1776: The eye lens chaperone alphaB-crystallin forms defined globular, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1776
タイトルThe eye lens chaperone alphaB-crystallin forms defined globular, 24meric assemblies
マップデータThis is a map of human alphaB crystallin
試料
  • 試料: Human alphaB crystallin
  • タンパク質・ペプチド: alphaB crystallin
キーワードMolecular chaperone / Protein Aggregation / Small Heat Shock Protein / Stress Response
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / muscle contraction / stress-activated MAPK cascade / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / negative regulation of cell growth / cellular response to gamma radiation / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / protein refolding / response to heat / microtubule binding / perikaryon / dendritic spine / lysosome / response to hypoxia / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Peschek J / Braun N / Franzmann TM / Georgalis Y / Haslbeck M / Weinkauf S / Buchner J
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: The eye lens chaperone alpha-crystallin forms defined globular assemblies.
著者: Jirka Peschek / Nathalie Braun / Titus M Franzmann / Yannis Georgalis / Martin Haslbeck / Sevil Weinkauf / Johannes Buchner /
要旨: Alpha-crystallins are molecular chaperones that protect vertebrate eye lens proteins from detrimental protein aggregation. alphaB-Crystallin, 1 of the 2 alpha-crystallin isoforms, is also associated ...Alpha-crystallins are molecular chaperones that protect vertebrate eye lens proteins from detrimental protein aggregation. alphaB-Crystallin, 1 of the 2 alpha-crystallin isoforms, is also associated with myopathies and neuropathological diseases. Despite the importance of alpha-crystallins in protein homeostasis, only little is known about their quaternary structures because of their seemingly polydisperse nature. Here, we analyzed the structures of recombinant alpha-crystallins using biophysical methods. In contrast to previous reports, we show that alphaB-crystallin assembles into defined oligomers consisting of 24 subunits. The 3-dimensional (3D) reconstruction of alphaB-crystallin by electron microscopy reveals a sphere-like structure with large openings to the interior of the protein. alphaA-Crystallin forms, in addition to complexes of 24 subunits, also smaller oligomers and large clusters consisting of individual oligomers. This propensity might explain the previously reported polydisperse nature of alpha-crystallin.
履歴
登録2010年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年9月10日-
マップ公開2010年9月10日-
更新2012年9月19日-
現状2012年9月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.081
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.081
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j07
  • 表面レベル: 0.081
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1776.gif

EMD-1776.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of human alphaB crystallin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.081 / ムービー #1: 0.081
最小 - 最大-0.09503739 - 0.28221357
平均 (標準偏差)-0.00120769 (±0.03652364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 253.50002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z253.500253.500253.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0950.282-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaB crystallin

全体名称: Human alphaB crystallin
要素
  • 試料: Human alphaB crystallin
  • タンパク質・ペプチド: alphaB crystallin

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超分子 #1000: Human alphaB crystallin

超分子名称: Human alphaB crystallin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 24-mer / Number unique components: 1
分子量理論値: 485 KDa

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分子 #1: alphaB crystallin

分子名称: alphaB crystallin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Small heat shock protein / コピー数: 24 / 集合状態: 24mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 137mM NaCl, 2.7mM KCl, 12 mM PBS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were negatively stained for 30s using Ammonium Molybdate solution pH 5.5
グリッド詳細: 300 mesh carbon-coated copper grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 100CX
日付2008年2月6日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.69 µm / 実像数: 11 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.8 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry / 試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細After correction of contrast transfer function by phase flipping the reconstructions have been performed by iterative cycles of MRA, MSA, classification and angular reconstitution of the obtained class averages. See also publication Peschek et al., 2009. The eye lens chaperone alpha-crystallin forms defined globular assemblies. PNAS 106
CTF補正詳細: Phase flipping of each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 詳細: Final maps were calculated from 40 class averages / 使用した粒子像数: 2565
最終 2次元分類クラス数: 40

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1shs


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. The dimers were separately fitted by manual docking using program chimera. AS 14-103 were used
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j07:
Model of a 24mer alphaB-crystallin multimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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