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- EMDB-17740: Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17740
タイトルCryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/G
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードNucleosome / nuclear receptor / NR5A2 / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / SUMOylation of chromatin organization proteins / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells ...Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / SUMOylation of chromatin organization proteins / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / G2/M DNA damage checkpoint / primary ovarian follicle growth / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / HDACs deacetylate histones / pancreas morphogenesis / PRC2 methylates histones and DNA / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PKMTs methylate histone lysines / inner cell mass cell differentiation / tissue development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / acinar cell differentiation / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of chromosome condensation / Sertoli cell development / positive regulation of stem cell differentiation / Barr body / : / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of T cell anergy / Estrogen-dependent gene expression / embryonic cleavage / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / muscle cell differentiation / exocrine pancreas development / cartilage development / negative regulation of chondrocyte differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / oogenesis / homeostatic process / nucleus organization / calcineurin-mediated signaling / chromosome, centromeric region / somatic stem cell population maintenance / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of viral genome replication / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / hormone-mediated signaling pathway / neurogenesis / positive regulation of T cell proliferation / embryo implantation / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / phospholipid binding / positive regulation of T cell activation / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / multicellular organism growth / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromosome / chromatin organization / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A ...Nuclear hormone receptor family 5 / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Nuclear hormone receptor / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Histone H3/CENP-A / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Histone H4 / Histone H3.3 / Histone H2B type 1-C/E/G
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Kobayashi W / Sappler A / Bollschweiler D / Kummecke M / Basquin J / Arslantas E / Ruangroengkulrith S / Hornberger R / Duderstadt K / Tachibana K
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)ERC-CoG-818556 TotipotentZygotChromEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Nucleosome-bound NR5A2 structure reveals pioneer factor mechanism by DNA minor groove anchor competition.
著者: Wataru Kobayashi / Anna H Sappler / Daniel Bollschweiler / Maximilian Kümmecke / Jérôme Basquin / Eda Nur Arslantas / Siwat Ruangroengkulrith / Renate Hornberger / Karl Duderstadt / Kikuë Tachibana /
要旨: Gene expression during natural and induced reprogramming is controlled by pioneer transcription factors that initiate transcription from closed chromatin. Nr5a2 is a key pioneer factor that regulates ...Gene expression during natural and induced reprogramming is controlled by pioneer transcription factors that initiate transcription from closed chromatin. Nr5a2 is a key pioneer factor that regulates zygotic genome activation in totipotent embryos, pluripotency in embryonic stem cells and metabolism in adult tissues, but the mechanism of its pioneer activity remains poorly understood. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of human NR5A2 bound to a nucleosome. The structure shows that the conserved carboxy-terminal extension (CTE) loop of the NR5A2 DNA-binding domain competes with a DNA minor groove anchor of the nucleosome and releases entry-exit site DNA. Mutational analysis showed that NR5A2 D159 of the CTE is dispensable for DNA binding but required for stable nucleosome association and persistent DNA 'unwrapping'. These findings suggest that NR5A2 belongs to an emerging class of pioneer factors that can use DNA minor groove anchor competition to destabilize nucleosomes and facilitate gene expression during reprogramming.
履歴
登録2023年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.384 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.384 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.26511073 - 0.72919405
平均 (標準偏差)0.0014476858 (±0.019433187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17740_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17740_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5

全体名称: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/G
    • DNA: DNA
    • DNA: DNA
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5

超分子名称: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Histone H3.3

分子名称: Histone H3.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.360983 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PSTGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSAA IGALQEASEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 14.165551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

UniProtKB: Histone H2A

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分子 #4: Histone H2B type 1-C/E/G

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.937213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/G

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分子 #7: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2

分子名称: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.989939 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LCPVCGDKVS GYHYGLLTCE SCKGFFKRTV QNNKRYTCIE NQNCQIDKTQ RKRCPYCRFQ KCLSVGMKLE AVRADRMRGG RNKFGPMYK RDRAL

UniProtKB: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2

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分子 #5: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.968922 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)

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分子 #6: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.489234 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 653440
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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