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- EMDB-17729: Helical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17729
タイトルHelical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds
マップデータ
試料
  • 複合体: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain.
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードHelical scaffold / Replication complex / Alpha granules / Viral factories / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Reguera J / Hons M / Zimberger C / Ptchelkine D / Jones R / Desfosses A
資金援助 フランス, 2件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0023-01 フランス
ATIP-Avenir2015 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Alphavirus nsP3 organizes into tubular scaffolds essential for infection and the cytoplasmic granule architecture.
著者: Vasiliya Kril / Michael Hons / Celine Amadori / Claire Zimberger / Laurine Couture / Yara Bouery / Julien Burlaud-Gaillard / Andrei Karpov / Denis Ptchelkine / Alexandra L Thienel / Beate M ...著者: Vasiliya Kril / Michael Hons / Celine Amadori / Claire Zimberger / Laurine Couture / Yara Bouery / Julien Burlaud-Gaillard / Andrei Karpov / Denis Ptchelkine / Alexandra L Thienel / Beate M Kümmerer / Ambroise Desfosses / Rhian Jones / Philippe Roingeard / Laurent Meertens / Ali Amara / Juan Reguera /
要旨: Alphaviruses, such as chikungunya virus (CHIKV), are mosquito-borne viruses that represent a significant threat to human health due to the current context of global warming. Efficient alphavirus ...Alphaviruses, such as chikungunya virus (CHIKV), are mosquito-borne viruses that represent a significant threat to human health due to the current context of global warming. Efficient alphavirus infection relies on the activity of the non-structural protein 3 (nsP3), a puzzling multifunctional molecule whose role in infection remains largely unknown. NsP3 is a component of the plasma membrane-bound viral RNA replication complex (vRC) essential for RNA amplification and is also found in large cytoplasmic aggregates of unknown function Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CHIKV nsP3 at 2.35 Å resolution. We show that nsP3 assembles into tubular structures made by a helical arrangement of its alphavirus unique domain (AUD). The nsP3 helical scaffolds are consistent with crown structures found on tomographic reconstructions of the mature viral RCs. In addition, nsP3 helices assemble into cytoplasmic granules organized in a network of tubular structures that contain viral genomic RNA and capsid as well as host factors required for productive infection. Structure-guided mutagenesis identified residues that prevent or disturb nsP3 assemblies, resulting in impaired viral replication or transcription. Altogether, our results reveal an unexpected nsP3-dependent molecular organization essential for different phases of alphavirus infection.
履歴
登録2023年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 408 pix.
= 432.48 Å		1.06 Å/pix.
x 408 pix.
= 432.48 Å		1.06 Å/pix.
x 408 pix.
= 432.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.331
最小 - 最大-0.21537532 - 0.9733369
平均 (標準偏差)0.003688323 (±0.048842713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ408408408
Spacing408408408
セルA=B=C: 432.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17729_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17729_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...

全体名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain.
要素
  • 複合体: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain.
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique al...

超分子名称: Helical scaffold assembly of CHIKV nsP3 mediated by its Unique alphavirus domain.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
分子量理論値: 220.25 kDa/nm

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分子 #1: Non-structural protein 3

分子名称: Non-structural protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase
由来(天然)生物種: Chikungunya virus strain S27-African prototype (ウイルス)
分子量理論値: 57.418207 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAY REVAKEVTRL GVNSVAIPLL STGVYSGGKD RLTQSLNHLF TAMDSTDADV VIYCRDKEWE KKISEAIQMR T QVELLDEH ...文字列:
APSYRVKRMD IAKNDEECVV NAANPRGLPG DGVCKAVYKK WPESFKNSAT PVGTAKTVMC GTYPVIHAVG PNFSNYSESE GDRELAAAY REVAKEVTRL GVNSVAIPLL STGVYSGGKD RLTQSLNHLF TAMDSTDADV VIYCRDKEWE KKISEAIQMR T QVELLDEH ISIDCDVVRV HPDSSLAGRK GYSTTEGALY SYLEGTRFHQ TAVDMAEIYT MWPKQTEANE QVCLYALGES IE SIRQKCP VDDADASSPP KTVPCLCRYA MTPERVTRLR MNHVTSIIVC SSFPLPKYKI EGVQKVKCSK VMLFDHNVPS RVS PREYRP SQESVQEAST TTSLTHSQFD LSVDGKILPV PSDLDADAPA LEPALDDGAI HTLPSATGNL AAVSDWVMST VPVA PPRRR RGRNLTVTCD EREGNITPMA SVRFFRAELC PVVQETAETR DTAMSLQAPP STATELSHPP ISFGAPSETF PITFG DFNE GEIESLSSEL LTFGDFLPGE VDDLTDSDWS TCSDTDDEL

UniProtKB: Polyprotein P1234

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細his sample was heterogeneous in lenght

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 18.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.782 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -164.175 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: The assembly was calculated from the helical reconstruction of nsP3 from PDB 8PHZ subunit A. This was refined on a local refinement map at 2.35 A resolution
使用した粒子像数: 807973
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Alphafold2 (Colabfold) was used to have a model of the CHIKV AUD domain
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8phz


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 174-600 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8pk7:
Helical reconstruction of CHIKV nsP3 helical scaffolds

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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