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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17722 | |||||||||
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タイトル | Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system | |||||||||
マップデータ | Map autosharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 b_iso_to_d_cut and 3.17 A cutoff | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cas1-Cas2 integrase / CRISPR-Cas / prespacer / spacer acquisition / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||
データ登録者 | Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G | |||||||||
資金援助 | リトアニア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for spacer acquisition in a type II-A CRISPR-Cas system 著者: Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17722.map.gz | 112.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17722-v30.xml emd-17722.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17722_fsc.xml | 14.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17722.png | 147.4 KB | ||
マスクデータ | emd_17722_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17722.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_17722_additional_1.map.gz emd_17722_half_map_1.map.gz emd_17722_half_map_2.map.gz | 62.8 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17722 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17722_validation.pdf.gz | 885.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17722_full_validation.pdf.gz | 885.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17722_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17722_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17722 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pk1MC 8pj9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map autosharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 b_iso_to_d_cut and 3.17 A cutoff | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17722_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_17722_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17722_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17722_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cas1-Cas2 CRISPR integrase-prespacer DNA complex
全体 | 名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase-prespacer DNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cas1-Cas2 CRISPR integrase-prespacer DNA complex
超分子 | 名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase-prespacer DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) |
-分子 #1: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子 | 名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) |
分子量 | 理論値: 13.43156 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSYRYMRMIL MFDMPTDTAE ERKAYRKFRK FLLSEGFIMH QFSVYSKLLL NHTANTAMVG RLKANNPKKG NITILTVTEK QFARMIYLY GDKNTSIANS EERLVFLGDN YCDED UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 |
-分子 #2: CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) |
分子量 | 理論値: 35.363461 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAGWRTVVVN IHSKLSYKNN HLIFRNSYKT EMIHLSEIDI LLLETTDIVL TTMLVKRLVD ENILVIFCDD KRLPTAFLTP YYARHDSSL QIARQIAWKE NVKCEVWTAI IAQKILNQSY YLGECSFFEK SQSIMELYHG LERFDPSNRE GHSARIYFNT L FGNDFTRE ...文字列: MAGWRTVVVN IHSKLSYKNN HLIFRNSYKT EMIHLSEIDI LLLETTDIVL TTMLVKRLVD ENILVIFCDD KRLPTAFLTP YYARHDSSL QIARQIAWKE NVKCEVWTAI IAQKILNQSY YLGECSFFEK SQSIMELYHG LERFDPSNRE GHSARIYFNT L FGNDFTRE SDNDINAALD YGYTLLLSMF AREVVVCGCM TQIGLKHANQ FNQFNLASDI MEPFRPIIDR IVYQNRHNNF VK IKKELFS IFSETYLYNG KEMYLSNIVS DYTKKVIKAL NQLGEEIPEF RILESGWSHP QFEKA UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas1 |
-分子 #3: Chains: G,J
分子 | 名称: Chains: G,J / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.917082 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) |
-分子 #4: Chains: H,K
分子 | 名称: Chains: H,K / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.062258 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3373 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 30.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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得られたモデル | PDB-8pk1: |