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万見
- EMDB-1763: 3D reconstruction of the type ii secretin GspD from Vibrio cholera -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1763
タイトル3D reconstruction of the type ii secretin GspD from Vibrio cholera
マップデータcryoEM 3D reconstruction of the type ii secretin GspD from vibrio cholera
試料
  • 試料: Type ii secretin GspD from Vibrio cholera
  • タンパク質・ペプチド: General Secretion Protein D
キーワードSecretin / GspD / EpsD / type 2 secretion system / T2SS / outermembrane channel
機能・相同性Type II secretion system protein GspD, conserved site / protein secretion
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Reichow SL / Korotkov KV / Hol WGJ / Gonen T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Structure of the cholera toxin secretion channel in its closed state.
著者: Steve L Reichow / Konstantin V Korotkov / Wim G J Hol / Tamir Gonen /
要旨: The type II secretion system (T2SS) is a macromolecular complex spanning the inner and outer membranes of Gram-negative bacteria. Remarkably, the T2SS secretes folded proteins, including multimeric ...The type II secretion system (T2SS) is a macromolecular complex spanning the inner and outer membranes of Gram-negative bacteria. Remarkably, the T2SS secretes folded proteins, including multimeric assemblies such as cholera toxin and heat-labile enterotoxin from Vibrio cholerae and enterotoxigenic Escherichia coli, respectively. The major outer membrane T2SS protein is the 'secretin' GspD. Cryo-EM reconstruction of the V. cholerae secretin at 19-Å resolution reveals a dodecameric structure reminiscent of a barrel, with a large channel at its center that contains a closed periplasmic gate. The GspD periplasmic domain forms a vestibule with a conserved constriction, and it binds to a pentameric exoprotein and to the trimeric tip of the T2SS pseudopilus. By combining our results with structures of the cholera toxin and T2SS pseudopilus tip, we provide a structural basis for a possible secretion mechanism of the T2SS.
履歴
登録2010年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年7月23日-
マップ公開2010年11月12日-
更新2010年11月12日-
現状2010年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1763.gif

EMD-1763.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM 3D reconstruction of the type ii secretin GspD from vibrio cholera
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 150 pix.
= 381. Å		2.54 Å/pix.
x 150 pix.
= 381. Å		2.54 Å/pix.
x 150 pix.
= 381. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.4 / ムービー #1: 3.4
最小 - 最大-2.97366 - 10.769500000000001
平均 (標準偏差)0.00142846 (±0.999409)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 381 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.000381.000381.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ454586
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-2.97410.7700.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type ii secretin GspD from Vibrio cholera

全体名称: Type ii secretin GspD from Vibrio cholera
要素
  • 試料: Type ii secretin GspD from Vibrio cholera
  • タンパク質・ペプチド: General Secretion Protein D

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超分子 #1000: Type ii secretin GspD from Vibrio cholera

超分子名称: Type ii secretin GspD from Vibrio cholera / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa / 手法: Size-exclusion chromatography

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分子 #1: General Secretion Protein D

分子名称: General Secretion Protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GspD / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 細胞中の位置: Membrane
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pMMB710
配列GO: protein secretion
InterPro: Type II secretion system protein GspD, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.8, 300mM NaCl, N-dodecyl-N,N-dimethylammonio-1-propanesulfonate (SB3-12)
グリッド詳細: Holey carbon grid with cont. carbon overlayed
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot with filter paper and plunge to liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.9 µm
詳細: Images were binned 2 times after scanning to yield a final pixel size of 2.54 angstrom
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51159 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected by hand
CTF補正詳細: CTFTILT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 10000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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