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- EMDB-17584: RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17584
タイトルRAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus
マップデータCryoEM map of a RAD51 filament on ssDNA bound with the BRCA2 c-terminus
試料
  • 複合体: RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide corresponding to the BRCA2 c-terminus
    • 複合体: DNA repair protein RAD51 homolog 1
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 1
    • 複合体: Breast cancer type 2 susceptibility protein
      • タンパク質・ペプチド: Breast cancer type 2 susceptibility protein
    • 複合体: DNA (30-MER)
      • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードRAD51 / BRCA2 / Filament / Complex / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / cellular response to camptothecin / telomere maintenance via telomere lengthening ...BRCA2-MAGE-D1 complex / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside / mitotic recombination-dependent replication fork processing / establishment of protein localization to telomere / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / DNA recombinase assembly / cellular response to camptothecin / telomere maintenance via telomere lengthening / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / cellular response to cisplatin / DNA strand invasion / cellular response to hydroxyurea / mitotic recombination / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / DNA strand exchange activity / histone H4 acetyltransferase activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / histone H3 acetyltransferase activity / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / telomere maintenance via recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / gamma-tubulin binding / reciprocal meiotic recombination / single-stranded DNA helicase activity / DNA repair complex / oocyte maturation / response to UV-C / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / ATP-dependent DNA damage sensor activity / nuclear chromosome / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / female gonad development / hematopoietic stem cell proliferation / Transcriptional Regulation by E2F6 / male meiosis I / replication fork processing / centrosome duplication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / interstrand cross-link repair / condensed chromosome / DNA polymerase binding / positive regulation of mitotic cell cycle / secretory granule / male germ cell nucleus / regulation of cytokinesis / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / cellular response to ionizing radiation / response to gamma radiation / nucleotide-excision repair / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to gamma radiation / brain development / PML body / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / response to toxic substance / cellular senescence / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / protease binding / spermatogenesis / DNA recombination / chromosome, telomeric region / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 ...BRCA2, OB3 / Tower domain / Breast cancer type 2 susceptibility protein, helical domain / BRCA2 helical domain superfamily / : / : / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 3 / Tower / BRCA2, helical / BRCA2, OB2 / BRCA2 TR2 domain / Tower / BRCA2 repeat / BRCA2, OB1 / Breast cancer type 2 susceptibility protein / BRCA2 repeat / BRCA2, oligonucleotide/oligosaccharide-binding, domain 1 / BRCA2 repeat profile. / DNA recombination/repair protein Rad51 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 2 susceptibility protein / DNA repair protein RAD51 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Appleby R / Pellegrini L
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust221892/Z/20/ 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2271086 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for stabilisation of the RAD51 nucleoprotein filament by BRCA2.
著者: Robert Appleby / Luay Joudeh / Katie Cobbett / Luca Pellegrini /
要旨: The BRCA2 tumour suppressor protein preserves genomic integrity via interactions with the DNA-strand exchange RAD51 protein in homology-directed repair. The RAD51-binding TR2 motif at the BRCA2 C- ...The BRCA2 tumour suppressor protein preserves genomic integrity via interactions with the DNA-strand exchange RAD51 protein in homology-directed repair. The RAD51-binding TR2 motif at the BRCA2 C-terminus is essential for protection and restart of stalled replication forks. Biochemical evidence shows that TR2 recognises filamentous RAD51, but existing models of TR2 binding to RAD51 lack a structural basis. Here we used cryo-electron microscopy and structure-guided mutagenesis to elucidate the mechanism of TR2 binding to nucleoprotein filaments of human RAD51. We find that TR2 binds across the protomer interface in the filament, acting as a brace for adjacent RAD51 molecules. TR2 targets an acidic-patch motif on human RAD51 that serves as a recruitment hub in fission yeast Rad51 for recombination mediators Rad52 and Rad55-Rad57. Our findings provide a structural rationale for RAD51 filament stabilisation by BRCA2 and reveal a common recruitment mechanism of recombination mediators to the RAD51 filament.
履歴
登録2023年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of a RAD51 filament on ssDNA bound with the BRCA2 c-terminus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.3 Å/pix.
x 83 pix.
= 108.232 Å		1.3 Å/pix.
x 84 pix.
= 109.536 Å		1.3 Å/pix.
x 200 pix.
= 260.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.304 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.166
最小 - 最大-2.1750417 - 4.0552206
平均 (標準偏差)-0.000000000004897 (±0.21122044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin59059
サイズ8420083
Spacing8384200
セルA: 108.232 Å / B: 109.536 Å / C: 260.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_17584_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_17584_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide correspon...

全体名称: RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide corresponding to the BRCA2 c-terminus
要素
  • 複合体: RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide corresponding to the BRCA2 c-terminus
    • 複合体: DNA repair protein RAD51 homolog 1
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 1
    • 複合体: Breast cancer type 2 susceptibility protein
      • タンパク質・ペプチド: Breast cancer type 2 susceptibility protein
    • 複合体: DNA (30-MER)
      • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide correspon...

超分子名称: RAD51 filament formed on ssDNA and bound with a peptide corresponding to the BRCA2 c-terminus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 1

超分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: RAD51 was recombinantly purified BRCA2 c-terminus peptide was synthesised 30-mer ssDNA was synthesised
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Breast cancer type 2 susceptibility protein

超分子名称: Breast cancer type 2 susceptibility protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: DNA (30-MER)

超分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA repair protein RAD51 homolog 1

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.009125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ...文字列:
MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ERLLAVAERY GLSGSDVLDN VAYARAFNTD HQTQLLYQAS AMMVESRYAL LIVDSATALY RTDYSGRGEL SA RQMHLAR FLRMLLRLAD EFGVAVVITN QVVAQVDGAA MFAADPKKPI GGNIIAHAST TRLYLRKGRG ETRICKIYDS PCL PEAEAM FAINADGVGD AKD

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 1

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分子 #2: Breast cancer type 2 susceptibility protein

分子名称: Breast cancer type 2 susceptibility protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.483415 KDa
配列文字列:
DDQKNCKKRR ALDFLSRLPL PPPVSPICTF VSPAAQKAFQ PPRSCGTKY

UniProtKB: Breast cancer type 2 susceptibility protein

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分子 #3: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.671227 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 22 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 56.2 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8pbc:
RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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