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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | BtuB3G3 bound to cyanocobalamin with disordered EL8 | |||||||||
![]() | Sharpened final map | |||||||||
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![]() | Cyanocobalamin / transporter / lipoprotein / complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
![]() | Silale A / Abellon-Ruiz J / van den Berg B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides. 著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg / ![]() ![]() 要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition for this keystone micronutrient is severe. Contrasting with Enterobacteria, members of the dominant genus Bacteroides often encode several BtuB vitamin B outer membrane transporters together with a conserved array of surface-exposed B-binding lipoproteins. Here we show that the BtuB transporters from Bacteroides thetaiotaomicron form stable, pedal bin-like complexes with surface-exposed BtuG lipoprotein lids, which bind B with high affinities. Closing of the BtuG lid following B capture causes destabilisation of the bound B by a conserved BtuB extracellular loop, causing translocation of the vitamin to BtuB and subsequent transport. We propose that TonB-dependent, lipoprotein-assisted small molecule uptake is a general feature of Bacteroides spp. that is important for the success of this genus in colonising the human gut. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 484 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 474.6 MB 474.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p97MC ![]() 8blwC ![]() 8bmxC ![]() 8bmyC ![]() 8bmzC ![]() 8bn0C ![]() 8okvC ![]() 8p98C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened final map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_17574_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_17574_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprot...
全体 | 名称: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprot...
超分子 | 名称: Complex of TonB-dependent transporter BtuB3 with surface lipoprotein BtuG3 bound to cyanocobalamin (state 2) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 122 KDa |
-分子 #1: TonB-dependent receptor
分子 | 名称: TonB-dependent receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 78.890609 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSGQQHSSDN KNWAEKGIVI REVEILGKRP MKDIGVQQTR FDSLVLKENI ALSMADILTF NSSIFVKSYG RATLSTVSFR GTSASHTQV TWNGMRINNP MLGMTDFSMI PSYFIDDASL LHGTSSVNMA GGGLGGLVKL STVPAHQEGF GMQYVQGIGS F STFDEFLQ ...文字列: MSGQQHSSDN KNWAEKGIVI REVEILGKRP MKDIGVQQTR FDSLVLKENI ALSMADILTF NSSIFVKSYG RATLSTVSFR GTSASHTQV TWNGMRINNP MLGMTDFSMI PSYFIDDASL LHGTSSVNMA GGGLGGLVKL STVPAHQEGF GMQYVQGIGS F STFDEFLQ LKYGDKHWQI STRAVYQSSP NDYKYRNHDK KENIYDDKYN IIEQYYPIER NRSGAYKDLH ILQEVYYNTG KG DRFGLNA WYTDSNRELA LLTTDQGDLM DFENRQREHT LRSVLSWDHT RENWKVSARG GYVHTWLAYD YKRDLGNGIM ATM TRSRSK VNTFYGQLDG EYFFSDKLLL TAGVSAHQHL VNSLDKDLNK DDNKNDKYGQ GRKNDSIVYF DKGRIELSGN VSLK WQPVN RLGMSLVLRG EMFGTKWAPV IPAFFVDYVL SKRGNIMAKA SITRNYRFPT LNDLYFLPGG NPALNNESGF TYETG LSFS VDKDNVYTLS GSASWFDQHI NDWIIWLPTS KGFYSPVNLK KVHAYGVEVQ ADYAVAIDKA WKLGLNGTFA WTPSIN EGE PTSKADQSVG KQLPYIPEYS ATLSGRLTYR SWGLLYKWCY YSERYTMTSN AVSYTGHLPP YLMSNVTLEK GFSLRWA DL SLKGTVNNLF DEEYLSVLSR PMPGINFEFF IGITPKWGKK KKGGGHHHHH H UniProtKB: TonB-dependent receptor |
-分子 #2: Putative surface layer protein
分子 | 名称: Putative surface layer protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.165793 KDa |
配列 | 文字列: MKRILLSVLF IVFCLTAFVG CMKWDYGKME PFRATGDGLF IMNEGNFQYG NATLSYYDPE TKKVENEIFY RANAMKLGDV AQSMIVRDT IGWVVVNNSH VIFAISTNTF KEVGRITGLT SPRYIHFISD EKAYITQIWD YRIFIVNPKT YQITGYIECP D MTMETGST ...文字列: MKRILLSVLF IVFCLTAFVG CMKWDYGKME PFRATGDGLF IMNEGNFQYG NATLSYYDPE TKKVENEIFY RANAMKLGDV AQSMIVRDT IGWVVVNNSH VIFAISTNTF KEVGRITGLT SPRYIHFISD EKAYITQIWD YRIFIVNPKT YQITGYIECP D MTMETGST EQMVQYGKYV YVNCWSYQNR ILKIDTTTDK VVDQLTVGIQ PTSLVMDKNF KMWTITDGGY KGSPYGYEEP SL YRIDAET FKIEKQFKFQ LGDAPSEVQL NGAGDELYWI NKDIWRMSVD EERVPVRPFL KYRDTKYYGL TVSPKNGDVY VAD AIDYQQ QGMIYRYTED GELVDEFYVG IIPGAFCWK UniProtKB: Surface layer protein |
-分子 #3: CYANOCOBALAMIN
分子 | 名称: CYANOCOBALAMIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CNC |
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分子量 | 理論値: 1.356373 KDa |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CNC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | The protein complex was purified in lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG). Prior to making grids, the sample was subjected to size exclusion chromatography without LMNG in the mobile phase to separate protein-LMNG complexes from free LMNG. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9826 / 平均電子線量: 35.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |