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- EMDB-17429: FAD_ox bound dark state structure of PdLCry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17429
タイトルFAD_ox bound dark state structure of PdLCry
マップデータstructure of FAD_ox bound dark state PdLCry
試料
  • 複合体: dimeric complex of PdLCry in the dark state
    • タンパク質・ペプチド: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードlight-sensitive / circalunar clock / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Behrmann E / Behrmann H
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1372 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1885 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A marine cryptochrome with an inverse photo-oligomerization mechanism.
著者: Hong Ha Vu / Heide Behrmann / Maja Hanić / Gayathri Jeyasankar / Shruthi Krishnan / Dennis Dannecker / Constantin Hammer / Monika Gunkel / Ilia A Solov'yov / Eva Wolf / Elmar Behrmann /
要旨: Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, ...Cryptochromes (CRYs) are a structurally conserved but functionally diverse family of proteins that can confer unique sensory properties to organisms. In the marine bristle worm Platynereis dumerilii, its light receptive cryptochrome L-CRY (PdLCry) allows the animal to discriminate between sunlight and moonlight, an important requirement for synchronizing its lunar cycle-dependent mass spawning. Using cryo-electron microscopy, we show that in the dark, PdLCry adopts a dimer arrangement observed neither in plant nor insect CRYs. Intense illumination disassembles the dimer into monomers. Structural and functional data suggest a mechanistic coupling between the light-sensing flavin adenine dinucleotide chromophore, the dimer interface, and the C-terminal tail helix, with a likely involvement of the phosphate binding loop. Taken together, our work establishes PdLCry as a CRY protein with inverse photo-oligomerization with respect to plant CRYs, and provides molecular insights into how this protein might help discriminating the different light intensities associated with sunlight and moonlight.
履歴
登録2023年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17429.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17429.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of FAD_ox bound dark state PdLCry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 275.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.75
最小 - 最大-6.2337594 - 10.444278000000001
平均 (標準偏差)-0.0008216328 (±0.18919145)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 275.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: structure of FAD ox bound dark state PdLCry with...

ファイルemd_17429_additional_1.map
注釈structure of FAD_ox bound dark state PdLCry with local resolution filter applied
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: structure of FAD ox bound dark state PdLCry - odd particles

ファイルemd_17429_half_map_1.map
注釈structure of FAD_ox bound dark state PdLCry - odd particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: structure of FAD ox bound dark state PdLCry - even particles

ファイルemd_17429_half_map_2.map
注釈structure of FAD_ox bound dark state PdLCry - even particles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dimeric complex of PdLCry in the dark state

全体名称: dimeric complex of PdLCry in the dark state
要素
  • 複合体: dimeric complex of PdLCry in the dark state
    • タンパク質・ペプチド: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: dimeric complex of PdLCry in the dark state

超分子名称: dimeric complex of PdLCry in the dark state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment)

分子名称: Putative light-receptive cryptochrome (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Platynereis dumerilii (無脊椎動物)
分子量理論値: 65.482855 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKEKMSAWEV GNGIMEEKTD DWDNKEDNGK EHVSLHWFRH GLRLHDNPAL LKSLEGAKEF YALFIWDGEV AGTKLVSYPR MKFLLECLK DLDDSLKKHG GRLYVVKGPS DVVIKQLIEE WGVTRVTCEI DPEPIWQPRD KAVKDLCATK GVKWFDYNSH L LWDPKAVC ...文字列:
MKEKMSAWEV GNGIMEEKTD DWDNKEDNGK EHVSLHWFRH GLRLHDNPAL LKSLEGAKEF YALFIWDGEV AGTKLVSYPR MKFLLECLK DLDDSLKKHG GRLYVVKGPS DVVIKQLIEE WGVTRVTCEI DPEPIWQPRD KAVKDLCATK GVKWFDYNSH L LWDPKAVC DANGGRPPHT YKLFCQVTDL LGKPETPHPD PDFSHVQMPV SDDFDDKFGL PTLKELGCEP ECEEQEKPFN KW QGGETGA LELLETRLMI ERTAYKAGYI MPNQYIPDLV GPPRSMSPHL RFGALSIRKF YWDLHNNYAE VCGGEWLGAL TAQ LVWREY FYCMSYGNPS FDKMEGNPIC LQIPWYKDEE ALEKWKQGQT GFPWIDACMR QLRYEGWMHH VGRHAVACFL TRGD LWISW VDGLEAFYKY MLDGDWSVCA GNWMWVSSSA FENCLQCPQC FSPVLYGMRM DPTGEFTRRY VPQLKNMPLK YLFQP WKAP KEVQEKAGCV IGEDYPSPMV DHKEASSKCR RMMEDVKSII KDPEVWHCTP SDTNEVRKFC WLPEHMTADQ PCLGDL PCI KY

UniProtKB: Cryptochrome-1

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 84 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMBis-tris propane
150.0 mMNaCl
1.0 mMTCEP
0.01 %fOM
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: grids were prepared under far-red light illumination.
詳細grids were prepared under far-red light illumination (Osram OSLON SSL 120, GF CSSPM1.24)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2 / 詳細: see material+methods
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: see supplementary table and materials+methods
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio (cryoSPARC)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 424744
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: integrative model / 詳細: starting model was based on 4jzy
ソフトウェア名称: Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8p4x:
FAD_ox bound dark state structure of PdLCry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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