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- EMDB-17412: Vaccinia Virus flower-shaped pore-like structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17412
タイトルVaccinia Virus flower-shaped pore-like structure
マップデータcryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine, locally filtered and sharpened within cryoSPARC using an FSC cutoff of 0.143.
試料
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
キーワードPoxvirus / Vaccinia Virus / core / cryo-electron tomography / AlphaFold / VIRAL PROTEIN
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Hansen J / Datler J / Thader A / Schloegl A / Hodirnau VV / Schur FKM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores.
著者: Julia Datler / Jesse M Hansen / Andreas Thader / Alois Schlögl / Lukas W Bauer / Victor-Valentin Hodirnau / Florian K M Schur /
要旨: Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural ...Poxviruses are among the largest double-stranded DNA viruses, with members such as variola virus, monkeypox virus and the vaccination strain vaccinia virus (VACV). Knowledge about the structural proteins that form the viral core has remained sparse. While major core proteins have been annotated via indirect experimental evidence, their structures have remained elusive and they could not be assigned to individual core features. Hence, which proteins constitute which layers of the core, such as the palisade layer and the inner core wall, has remained enigmatic. Here we show, using a multi-modal cryo-electron microscopy (cryo-EM) approach in combination with AlphaFold molecular modeling, that trimers formed by the cleavage product of VACV protein A10 are the key component of the palisade layer. This allows us to place previously obtained descriptions of protein interactions within the core wall into perspective and to provide a detailed model of poxvirus core architecture. Importantly, we show that interactions within A10 trimers are likely generalizable over members of orthopox- and parapoxviruses.
履歴
登録2023年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine, locally filtered and sharpened within cryoSPARC using an FSC cutoff of 0.143.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 636. Å		2.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 636. Å		2.12 Å/pix.
x 300 pix.
= 636. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-8.364470000000001 - 14.391223
平均 (標準偏差)0.01969232 (±0.26139304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 635.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: cryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine half map A

ファイルemd_17412_half_map_1.map
注釈cryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine half map B

ファイルemd_17412_half_map_2.map
注釈cryoSPARC 4.0 non-uniform 3D refine half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vaccinia virus Western Reserve

全体名称: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)

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超分子 #1: Vaccinia virus Western Reserve

超分子名称: Vaccinia virus Western Reserve / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Purified from HeLa cells infected with Vaccinia Virus Western Reserve.
NCBI-ID: 696871 / 生物種: Vaccinia virus Western Reserve / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 9
構成要素:
濃度式名称
210.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMTris-HClTris Hydrochloride

詳細: diluted 1:1 with 0.25% Trypsin (final concentration 0.125%) and 1:1 4% paraformaldehyde (final concentration 2%) in 1 mM Tris-HCl.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2.
詳細Intact viral cores with some detached soluble monodispersed particles.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 9264 / 平均電子線量: 53.04 e/Å2 / 詳細: 34 frames total.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細dose weighted and motion corrected
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio without symmetry
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 14330
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 詳細: non-uniform refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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