+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1738 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA and AMP-PNP | |||||||||
マップデータ | Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA and AMP-PNP | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Pyruvate carboxylase / Biotin-dependent / Acetyl-CoA / Multifunctional / Pyruvate / Oxaloacetate / AMP-PNP / EC 6.4.1.1 / Ligase | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Lasso G / Yu LPC / Gil D / Xiang S / Tong L / Valle M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Cryo-EM analysis reveals new insights into the mechanism of action of pyruvate carboxylase. 著者: Gorka Lasso / Linda P C Yu / David Gil / Song Xiang / Liang Tong / Mikel Valle / 要旨: Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM ...Pyruvate carboxylase (PC) is a conserved multifunctional enzyme linked to important metabolic diseases. PC homotetramer is arranged in two layers with two opposing monomers per layer. Cryo-EM explores the conformational variability of PC in the presence of different substrates. The results demonstrate that the biotin-carboxyl carrier protein (BCCP) domain localizes near the biotin carboxylase (BC) domain of its own monomer and travels to the carboxyltransferase (CT) domain of the opposite monomer. All density maps show noticeable conformational differences between layers, mainly for the BCCP and BC domains. This asymmetry may be indicative of a coordination mechanism where monomers from different layers catalyze the BC and CT reactions consecutively. A conformational change of the PC tetramerization (PT) domain suggests a new functional role in communication. A long-range communication pathway between subunits in different layers, via interacting PT-PT and BC-BC domains, may be responsible for the cooperativity of PC from Staphylococcus aureus. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1738.map.gz | 5.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1738-v30.xml emd-1738.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD1738.jpg | 22.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1738 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1738_validation.pdf.gz | 227.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1738_full_validation.pdf.gz | 226.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1738_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1738 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1738 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-CoA and AMP-PNP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa ...
全体 | 名称: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa and AMP-PNP |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa ...
超分子 | 名称: Pyruvate carboxylase from S. aureus after addition of acetyl-Coa and AMP-PNP タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homotetramer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 520 KDa |
-分子 #1: Pyruvate carboxylase
分子 | 名称: Pyruvate carboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PC / 集合状態: Homotetramer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 520 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 Star / 組換プラスミド: pET28a |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM Tris-HCl, 2mM NaCl, 2mM DTT, 2mM acetyl-CoA, 2mM AMP-PNP |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-EM |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/2, 100 holey carbon films, cu 200 mesh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot (FEI) / Timed resolved state: 45 sec / 手法: Blot for 1.5 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
温度 | 平均: 99 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.82 µm / 実像数: 49 / 平均電子線量: 11 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.349 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.254 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: By defocus groups (Wiener filter) |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 15268 |
最終 角度割当 | 詳細: Spider |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
---|---|
ソフトウェア | 名称: flex-em |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Initial rigid body followed by flexible fitting. The initial model was constructed based on 3BG5. Particular domains were modelled by homology modelling or manually fitted into the electron density. The model was finally refined using flex-em |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |