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- EMDB-17316: In situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17316
タイトルIn situ subtomogram average of Prototype Foamy Virus Env trimer
マップデータ
試料
  • ウイルス: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein
キーワードmembrane fusion / envelope glycoprotein / foamy virus / MPER / transmembrane / MEMBRANE PROTEIN / VIRAL PROTEIN
生物種Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Calcraft T / Nans A / Rosenthal PB
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Integrated cryoEM structure of a spumaretrovirus reveals cross-kingdom evolutionary relationships and the molecular basis for assembly and virus entry.
著者: Thomas Calcraft / Nicole Stanke-Scheffler / Andrea Nans / Dirk Lindemann / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /
要旨: Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates ...Foamy viruses (FVs) are an ancient lineage of retroviruses, with an evolutionary history spanning over 450 million years. Vector systems based on Prototype Foamy Virus (PFV) are promising candidates for gene and oncolytic therapies. Structural studies of PFV contribute to the understanding of the mechanisms of FV replication, cell entry and infection, and retroviral evolution. Here we combine cryoEM and cryoET to determine high-resolution in situ structures of the PFV icosahedral capsid (CA) and envelope glycoprotein (Env), including its type III transmembrane anchor and membrane-proximal external region (MPER), and show how they are organized in an integrated structure of assembled PFV particles. The atomic models reveal an ancient retroviral capsid architecture and an unexpected relationship between Env and other class 1 fusion proteins of the Mononegavirales. Our results represent the de novo structure determination of an assembled retrovirus particle.
履歴
登録2023年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å		1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å		1.38 Å/pix.
x 200 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0956
最小 - 最大-0.20037037 - 0.4774703
平均 (標準偏差)0.00000000000053 (±0.03608827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17316_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eastern chimpanzee simian foamy virus

全体名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein

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超分子 #1: Eastern chimpanzee simian foamy virus

超分子名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2170195 / 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Envelope glycoprotein

分子名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPPMTLQQW IIWNKMNKAH EALQNTTTVT EQQKEQIILD IQNEEVQPTR RDKFRYLLYT CCATSSRVLA WIFLVCILLI IVLVSCFVTI SRIQWNKDIQ VLGPVIDWNV TQRAVYQPLQ TRRIARSLRM QHPVPKYVEV NMTSIPQGVY YEPHPEPIVV KERVLGLSQI ...文字列:
MAPPMTLQQW IIWNKMNKAH EALQNTTTVT EQQKEQIILD IQNEEVQPTR RDKFRYLLYT CCATSSRVLA WIFLVCILLI IVLVSCFVTI SRIQWNKDIQ VLGPVIDWNV TQRAVYQPLQ TRRIARSLRM QHPVPKYVEV NMTSIPQGVY YEPHPEPIVV KERVLGLSQI LMINSENIAN NANLTQEVKK LLTEMVNEEM QSLSDVMIDF EIPLGDPRDQ EQYIHRKCYQ EFANCYLVKY KEPKPWPKEG LIADQCPLPG YHAGLTYNRQ SIWDYYIKVE SIRPANWTTK SKYGQARLGS FYIPSSLRQI NVSHVLFCSD QLYSKWYNIE NTIEQNERFL LNKLNNLTSG TSVLKKRALP KDWSSQGKNA LFREINVLDI CSKPESVILL NTSYYSFSLW EGDCNFTKDM ISQLVPECDG FYNNSKWMHM HPYACRFWRS KNEKEETKCR DGETKRCLYY PLWDSPESTY DFGYLAYQKN FPSPICIEQQ KIRDQDYEVY SLYQECKIAS KAYGIDTVLF SLKNFLNYTG TPVNEMPNAR AFVGLIDPKF PPSYPNVTRE HYTSCNNRKR RSVDNNYAKL RSMGYALTGA VQTLSQISDI NDENLQQGIY LLRDHVITLM EATLHDISVM EGMFAVQHLH THLNHLKTML LERRIDWTYM SSTWLQQQLQ KSDDEMKVIK RIARSLVYYV KQTHSSPTAT AWEIGLYYEL VIPKHIYLNN WNVVNIGHLV KSAGQLTHVT IAHPYEIINK ECVETIYLHL EDCTRQDYVI CDVVKIVQPC GNSSDTSDCP VWAEAVKEPF VQVNPLKNGS YLVLASSTDC QIPPYVPSIV TVNETTSCFG LDFKRPLVAE ERLSFEPRLP NLQLRLPHLV GIIAKIKGIK IEVTSSGESI KEQIERAKAE LLRLDIHEGD TPAWIQQLAA ATKDVWPAAA SALQGIGNFL SGTAQGIFGT AFSLLGYLKP ILIGVGVILL VILIFKIVSW IPTKKKNQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 2.62 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 14397
抽出トモグラム数: 250 / 使用した粒子像数: 156183 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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