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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with substrate analog/inhibitor, 2-CN-benzoyl-CoA | |||||||||
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![]() | prFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / cyano-benzoyl CoA / inhibitor bound / substrate analog / FLAVOPROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||
![]() | Kayastha K / Ermler U | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with substrate analog/inhibitor, 2-CN-benzoyl-CoA 著者: Kayastha K / Ermler U | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 163.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.1 MB 98.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 743 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 742.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17298_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17298_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with 2-CN-benzoyl-CoA
全体 | 名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with 2-CN-benzoyl-CoA |
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要素 |
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-超分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with 2-CN-benzoyl-CoA
超分子 | 名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with 2-CN-benzoyl-CoA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
分子 | 名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 57.682492 KDa |
配列 | 文字列: ERVGEKDLRA ALEWFRSKGY LVETNKEVNP DLEITGLQKI FDGSLPMLFN NVKDMPHARA ITNLFGDIRV VEELFGWENS LDRVKKVAR AIDHPLKPVI IGQDEAPVQE EVLTTDLDVN KWLTAIRHTP LETEMTIGSG ISCVVGPYFD GGSHIGYNRM N FRWGNVGT ...文字列: ERVGEKDLRA ALEWFRSKGY LVETNKEVNP DLEITGLQKI FDGSLPMLFN NVKDMPHARA ITNLFGDIRV VEELFGWENS LDRVKKVAR AIDHPLKPVI IGQDEAPVQE EVLTTDLDVN KWLTAIRHTP LETEMTIGSG ISCVVGPYFD GGSHIGYNRM N FRWGNVGT FQISPGSHMW QVMTEHYKDD EPIPLTMCFG VPPSCTYVAG AGFDYAILPK GCDEIGIAGA IQGSPVRLVK CR TIDAYTL ADAEYVLEGY LHPRDKRYET AESEAADIQG RFHFHPEWAG YMGKAYKAPT FHVTAITMRR RESKPIIFPL GVH TADDAN IDTSVRESAI FALCERLQPG IVQNVHIPYC MTDWGGCIIQ VKKRNQIEEG WQRNFLAAIL ACSQGMRLAI AVSE DVDIY SMDDIMWCLT TRVNPQTDIL NPLPGGRGQT FMPAERMTSG DKQWTASNTQ FEGGMGIDAT VPYGYESDFH RPVYG VDLV KPENFFDAKD IDKMKSRMAG WVLSLARTGR |
-分子 #2: hydroxylated prenyl-FMN
分子 | 名称: hydroxylated prenyl-FMN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: BYN |
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分子量 | 理論値: 542.476 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BYN: |
-分子 #3: 2-CN-benzoyl coenzyme A
分子 | 名称: 2-CN-benzoyl coenzyme A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: WC8 |
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分子量 | 理論値: 896.65 Da |
-分子 #4: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #5: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #6: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 112 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 135 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6250 / 平均露光時間: 2.65 sec. / 平均電子線量: 50.08 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: pdb from the first holo-complex was used |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8oz5: |