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万見
- PDB-8oz5: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oz5
タイトルCryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with substrate analog/inhibitor, 2-CN-benzoyl-CoA
要素Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
キーワードFLAVOPROTEIN / prFMN / plastic degradation / Phthalates / anaerobic / light sensitive / Co-enzyme A / decarboxylase / cyano-benzoyl CoA / inhibitor bound / substrate analog
機能・相同性hydroxylated prenyl-FMN / : / : / :
機能・相同性情報
生物種Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Kayastha, K. / Ermler, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with substrate analog/inhibitor, 2-CN-benzoyl-CoA
著者: Kayastha, K. / Ermler, U.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
B: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
C: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
D: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
E: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
F: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,87542
ポリマ－346,0956
非ポリマー9,78036
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area40310 Å2
ΔGint-449 kcal/mol
Surface area88070 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd)


分子量: 57682.492 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thauera chlorobenzoica (バクテリア)

-
非ポリマー , 6種, 148分子

#2: 化合物
ChemComp-BYN / hydroxylated prenyl-FMN


分子量: 542.476 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H31N4O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-WC8 / 2-CN-benzoyl coenzyme A / S-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 2-cyanobenzenecarbothioate


分子量: 896.650 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H39N8O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phthaloyl-CoA decarboxylase (Pcd) bound with 2-CN-benzoyl-CoA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.36 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Thauera chlorobenzoica (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.65 sec. / 電子線照射量: 50.08 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6250
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU2.9.1画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2071338
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 675429 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: pdb from the first holo-complex was used / Source name: Other / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00625667
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62935049
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.65514957
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433678
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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