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- EMDB-17272: Structure of RyR1 obtained from SR vesicles tilt series (EMPIAR-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17272
タイトルStructure of RyR1 obtained from SR vesicles tilt series (EMPIAR-10452), reprocessed with TomoBEAR
マップデータthe nominal apix is 1.8, the calibrated value was found to be 1.7 on that microscope with used mag
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoplasmic reticulum
キーワードSR / RyR1 / Ryanodine receptor type 1 / skeletal muscle / sarcoplasmic reticulum / cryo-ET / tomography / StA / subtomogram averaging / tilt series / subnanometer resolution / native membrane / MEMBRANE PROTEIN
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Balyschew N / Yushkevich A / Mikirtumov V / Sanchez RM / Sprink T / Kudryashev M
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)KU 3222/2-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)KU3222/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 335/588-1 FUGG ドイツ
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaja Award to MK ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Streamlined structure determination by cryo-electron tomography and subtomogram averaging using TomoBEAR.
著者: Nikita Balyschew / Artsemi Yushkevich / Vasilii Mikirtumov / Ricardo M Sanchez / Thiemo Sprink / Mikhail Kudryashev /
要旨: Structures of macromolecules in their native state provide unique unambiguous insights into their functions. Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging demonstrated the power to ...Structures of macromolecules in their native state provide unique unambiguous insights into their functions. Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging demonstrated the power to solve such structures in situ at resolutions in the range of 3 Angstrom for some macromolecules. In order to be applicable to the structural determination of the majority of macromolecules observable in cells in limited amounts, processing of tomographic data has to be performed in a high-throughput manner. Here we present TomoBEAR-a modular configurable workflow engine for streamlined processing of cryo-electron tomographic data for subtomogram averaging. TomoBEAR combines commonly used cryo-EM packages with reasonable presets to provide a transparent ("white box") approach for data management and processing. We demonstrate applications of TomoBEAR to two data sets of purified macromolecular targets, to an ion channel RyR1 in a membrane, and the tomograms of plasma FIB-milled lamellae and demonstrate the ability to produce high-resolution structures. TomoBEAR speeds up data processing, minimizes human interventions, and will help accelerate the adoption of in situ structural biology by cryo-ET. The source code and the documentation are freely available.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Streamlined Structure Determination by Cryo-Electron Tomography and Subtomogram Averaging using TomoBEAR
著者: Balyschew N / Yushkevich A / Mikirtumov V / Sanchez RM / Sprink T / Kudryashev M
履歴
登録2023年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17272.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the nominal apix is 1.8, the calibrated value was found to be 1.7 on that microscope with used mag
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.827
最小 - 最大-1.1972286 - 2.6745455
平均 (標準偏差)-0.000082491395 (±0.15448742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 544.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17272_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17272_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17272_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarcoplasmic reticulum

全体名称: Sarcoplasmic reticulum
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoplasmic reticulum

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超分子 #1: Sarcoplasmic reticulum

超分子名称: Sarcoplasmic reticulum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 3169
抽出トモグラム数: 52 / 使用した粒子像数: 5200 / 参照モデル: emd-10840 / 手法: template matching / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 詳細: Dynamo GPU template matching in TomoBEAR
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. relion 4 beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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