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- EMDB-17270: Rat alpha5beta1 integrin, leg piece -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17270
タイトルRat alpha5beta1 integrin, leg piece
マップデータLocal filtered and sharpened map
試料
  • 複合体: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Alpha5beta1 integrin, leg piece
キーワードintegrin / glycoprotein / membrane protein / CELL ADHESION
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Roderer D / Dransart E / Shafaq-Zadah M / Bartels R / Johannes L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Spatial N-glycan rearrangement on αβ integrin nucleates galectin-3 oligomers to determine endocytic fate.
著者: Massiullah Shafaq-Zadah / Estelle Dransart / Ilyes Hamitouche / Christian Wunder / Valérie Chambon / Cesar A Valades-Cruz / Ludovic Leconte / Nirod Kumar Sarangi / Jack Robinson / Siau-Kun ...著者: Massiullah Shafaq-Zadah / Estelle Dransart / Ilyes Hamitouche / Christian Wunder / Valérie Chambon / Cesar A Valades-Cruz / Ludovic Leconte / Nirod Kumar Sarangi / Jack Robinson / Siau-Kun Bai / Raju Regmi / Aurélie Di Cicco / Agnès Hovasse / Richard Bartels / Ulf J Nilsson / Sarah Cianférani-Sanglier / Hakon Leffler / Tia E Keyes / Daniel Lévy / Stefan Raunser / Daniel Roderer / Ludger Johannes /
要旨: Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of ...Membrane glycoproteins frequently adopt different conformations when altering between active and inactive states. Here, we discover a molecular switch that exploits dynamic spatial rearrangements of N-glycans during such conformational transitions to control protein function. For the conformationally switchable cell adhesion glycoprotein αβ integrin, we find that only the bent-closed state arranges N-glycans to nucleate the formation of up to tetrameric oligomers of the glycan-binding protein galectin-3. We propose a structural model of how these galectin-3 oligomers are built and how they clamp the bent-closed state to select it for endocytic uptake and subsequent retrograde trafficking to the Golgi for polarized distribution in cells. Our findings reveal the dynamic regulation of the glycan landscape at the cell surface to achieve oligomerization of galectin-3. Galectin-3 oligomers are thereby identified as functional decoders of defined spatial patterns of N-glycans on specifically the bent-closed conformational state of αβ integrin and possibly other integrin family members.
履歴
登録2023年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local filtered and sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.6506306 - 1.9330271
平均 (標準偏差)0.001334773 (±0.026375715)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map before signal subtraction

ファイルemd_17270_additional_1.map
注釈Map before signal subtraction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A, Cryosparc local refinement

ファイルemd_17270_half_map_1.map
注釈Half map A, Cryosparc local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B, Cryosparc local refinement

ファイルemd_17270_half_map_2.map
注釈Half map B, Cryosparc local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus

全体名称: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
要素
  • 複合体: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Alpha5beta1 integrin, leg piece

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超分子 #1: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus

超分子名称: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified from rat liver and desialated
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver

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分子 #1: Alpha5beta1 integrin, leg piece

分子名称: Alpha5beta1 integrin, leg piece / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: heterodimer of alpha5beta1 integrin, leg piece / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver
配列文字列: LDCGEDNICV PDLQLAVYGE KKHVYLGDKN ALNLTFLAQN LGEGGAYEAE LRVTAPLEAE YSGLVRHPGN FSSLSCDYFA VNQSRQLVCD LGNPMKAGTS IWGGLRFTVP HLQDTKKTIQ FDFQILSKNL NNSQSNMVSF PLSVEAQAQV SLNGVSKPEA VIFPVSDWNP ...文字列:
LDCGEDNICV PDLQLAVYGE KKHVYLGDKN ALNLTFLAQN LGEGGAYEAE LRVTAPLEAE YSGLVRHPGN FSSLSCDYFA VNQSRQLVCD LGNPMKAGTS IWGGLRFTVP HLQDTKKTIQ FDFQILSKNL NNSQSNMVSF PLSVEAQAQV SLNGVSKPEA VIFPVSDWNP QDQPQKEGDL GPAVHHVYEL INQGPSSISQ GVLEISCPQA LEGQQLLYVT KVTGLNNCTS NYTPNSQGLE LDPEVSPHHL QRREAPGRSS TTSGTQVLKC PEAKCFRLRC EFGPLHRQES RSLQLHFRVW AKTFLQQEYQ PFSLQCEALY EALKMPYQIL PRQLPQKKLQ VATAVQWTKA TDEVNSEDM DAYCRKENSS EICSNNGECV CGQCVCRKRE NTNEIYSGKF CECDNFNCDR SNGLICGGNG VCRCRVCECY PNYTGSACDC SLDTVPCVAT NGQICNGRGI CECGACKCTD PKFQGPTCET CQTCLGVCAE HKECVQCRAF NKGEKKDTCA QECSHFNLTK VESREKLPQP VQVDPVTHCK EKDIDDCWFY FTYSVNSKGE AHVHVVE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Vitrified immeadiately after elution from NiNTA beads

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1444502
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model generated in CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.03) / 詳細: Local refinement after signal subtraction / 使用した粒子像数: 277162
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.03)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Modeller / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Homology model generated from PDB 7NXD
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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