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- EMDB-17247: C. elegans L1 larva ventral pharyngeal periphery tomogram -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17247
タイトルC. elegans L1 larva ventral pharyngeal periphery tomogram
マップデータBin4 pharyngeal marginal cell tomogram
試料
  • 組織: C. elegans L1 larva, CGC strain AM140
キーワードCaenorhabditis / elegans / L1 / larva / C. elegans / pharynx / marginal cell / neuron cell bodies / pharyngeal mucle / basal lamina / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Schioetz OH / Kaiser CJO / Klumpe S / Beck F / Plitzko JM
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: Serial Lift-Out: sampling the molecular anatomy of whole organisms.
著者: Oda Helene Schiøtz / Christoph J O Kaiser / Sven Klumpe / Dustin R Morado / Matthias Poege / Jonathan Schneider / Florian Beck / David P Klebl / Christopher Thompson / Jürgen M Plitzko /
要旨: Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells and subsequent cryo-electron tomography (cryo-ET) has enabled the structural elucidation of macromolecular complexes directly inside cells. ...Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells and subsequent cryo-electron tomography (cryo-ET) has enabled the structural elucidation of macromolecular complexes directly inside cells. Application of the technique to multicellular organisms and tissues, however, is still limited by sample preparation. While high-pressure freezing enables the vitrification of thicker samples, it prolongs subsequent preparation due to increased thinning times and the need for extraction procedures. Additionally, thinning removes large portions of the specimen, restricting the imageable volume to the thickness of the final lamella, typically <300 nm. Here we introduce Serial Lift-Out, an enhanced lift-out technique that increases throughput and obtainable contextual information by preparing multiple sections from single transfers. We apply Serial Lift-Out to Caenorhabditis elegans L1 larvae, yielding a cryo-ET dataset sampling the worm's anterior-posterior axis, and resolve its ribosome structure to 7 Å and a subregion of the 11-protofilament microtubule to 13 Å, illustrating how Serial Lift-Out enables the study of multicellular molecular anatomy.
履歴
登録2023年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17247.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bin4 pharyngeal marginal cell tomogram
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.72 Å
密度
最小 - 最大-3221110.0 - 4178742.799999999813735
平均 (標準偏差)17765.869999999998981 (±454921.96999999997206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-44
サイズ10241024512
Spacing10241024512
セルA: 12001.28 Å / B: 12001.28 Å / C: 6000.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Denoised bin8 pharyngeal marginal cell tomogram

ファイルemd_17247_additional_1.map
注釈Denoised bin8 pharyngeal marginal cell tomogram
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C. elegans L1 larva, CGC strain AM140

全体名称: C. elegans L1 larva, CGC strain AM140
要素
  • 組織: C. elegans L1 larva, CGC strain AM140

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超分子 #1: C. elegans L1 larva, CGC strain AM140

超分子名称: C. elegans L1 larva, CGC strain AM140 / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 株: AM140 / 組織: Whole L1 larva

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: M9 buffer + 20% Ficoll 400
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 50 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 100
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: High pressure freezing, Leica EM ICE.
詳細Developmentally arrested L1 larvae
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM ICE. This is not in a list of allowed values {'LEICA EM PACT2', 'BAL-TEC HPM 010', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER'} so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant20% Ficoll 400
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 80 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250
集束イオンビーム - 詳細: Serial Lift-Out of 160,000 nm original volume sectioned into 4000 nm slices, thinned to roughly 250 nm.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS ...集束イオンビーム - 詳細: Serial Lift-Out of 160,000 nm original volume sectioned into 4000 nm slices, thinned to roughly 250 nm.. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 48 / 平均露光時間: 2.24 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.12.32) / 詳細: ARETOMO 1.3.3 tilt series alignment / 使用した粒子像数: 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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