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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the FloA-NfeD complex with Pbp2a pray bound | |||||||||
![]() | FloA-NfeD dimer with the client protein bound | |||||||||
![]() |
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![]() | small membrane protein / chapperone / lipid rafts / antibiotic resistance / staphylococcus / membrane microdomains / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Flotillin-like protein FloA / Flotillin-like protein FloA / NfeD-like, C-terminal domain / NfeD-like C-terminal, partner-binding / membrane raft / Nucleic acid-binding, OB-fold / plasma membrane / NfeD-like C-terminal domain-containing protein / Flotillin-like protein FloA![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | |||||||||
![]() | Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A ...Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A / Lopez Bravo M / Rico AI / Cava F / Lopez D | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the S.aureus FloA-NdeD complex with Pbp2a 著者: Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A / Lopez Bravo M / Rico AI / Cava F / Lopez D | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 61.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 51.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 63.3 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 817.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 817.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17230 |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | FloA-NfeD dimer with the client protein bound | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: client protein Pbp2a map
ファイル | emd_17233_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | client protein Pbp2a map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_17233_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_17233_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : FloA- NfeD dimer bound to Pbp2a
全体 | 名称: FloA- NfeD dimer bound to Pbp2a |
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要素 |
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-超分子 #1: FloA- NfeD dimer bound to Pbp2a
超分子 | 名称: FloA- NfeD dimer bound to Pbp2a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: S.aureus FloA protein in complex with NfeD, forming a heterotetramer (dier of heterodimers) bound to unfolded Pbp2a pray protein |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Flotillin-like protein FloA
分子 | 名称: Flotillin-like protein FloA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFSLSFIVIA VIIIVALLIL FSFVPIGLWI SALAAGVHVG IGTLVGMRLR RVSPRKVIAP LIKAHKAGLA LTTNQLESHY LAGGNVDRVV DANIAAQRAD IDLPFERAAA IDLAGRDVLE AVQMSVNPKV IETPFIAGVA MNGIEVKAKA RITVRANIAR LVGGAGEETI ...文字列: MFSLSFIVIA VIIIVALLIL FSFVPIGLWI SALAAGVHVG IGTLVGMRLR RVSPRKVIAP LIKAHKAGLA LTTNQLESHY LAGGNVDRVV DANIAAQRAD IDLPFERAAA IDLAGRDVLE AVQMSVNPKV IETPFIAGVA MNGIEVKAKA RITVRANIAR LVGGAGEETI IARVGEGIVS TIGSSKHHTE VLENPDNISK TVLSKGLDSG TAFEILSIDI ADVDISKNIG ADLQTEQALA DKNIAQAKAE ERRAMAVATE QEMKARVQEM HAKVVEAESE VPLAMAEALR SGNISVKDYY NLKNIEADTG MRNAINKRTD QSDDESPEH UniProtKB: Flotillin-like protein FloA |
-分子 #2: Flotilin associated protein-NfeD
分子 | 名称: Flotilin associated protein-NfeD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSYNNFLQMT TILESTAGDT WVEQVSNIIV QPIFTLILTC LTFLGFVYQL YSKKINAAGI IATLSLLILF LGFLIQGNVN MHSILIFSIG VILVVIELFV VGAVIGIIGM ILITINITTL GDNLLFMLAN VIVALILTIV EWVILVKIFN RKIPFLDKVI LKDSTNSESG ...文字列: MSYNNFLQMT TILESTAGDT WVEQVSNIIV QPIFTLILTC LTFLGFVYQL YSKKINAAGI IATLSLLILF LGFLIQGNVN MHSILIFSIG VILVVIELFV VGAVIGIIGM ILITINITTL GDNLLFMLAN VIVALILTIV EWVILVKIFN RKIPFLDKVI LKDSTNSESG YNSHDNRSHL VGKTAQTVTD LRPAGIIFCE NERIDAVSDG NFILRNKTVK ILEVEGTRVV VREVD UniProtKB: NfeD-like C-terminal domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Full lenght FloA- NfeD complex bound to unfolded Pbp2a |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12340 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |