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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17231 | |||||||||
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タイトル | Structure of the FloA-NfeD dimer | |||||||||
マップデータ | Cryo EM map of the FloA-NfeD heterodimer | |||||||||
試料 |
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キーワード | small membrane protein / chapperone / lipid rafts / antibiotic resistance / staphylococcus / membrane microdomains / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Flotillin-like protein FloA / Flotillin-like protein FloA / NfeD-like, C-terminal domain / NfeD-like C-terminal, partner-binding / membrane raft / Nucleic acid-binding, OB-fold / plasma membrane / NfeD-like C-terminal domain-containing protein / Flotillin-like protein FloA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A ...Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A / Lopez Bravo M / Rico AI / Cava F / Lopez D | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the S.aureus FloA-NdeD dimer 著者: Ukleja M / Kricks L / Torrens G / Peschiera I / Rodrigues-Lopes I / Krupka M / Garcia Fernandez J / del Campo R / Eulalio A / Mateus A / Lopez Bravo M / Rico AI / Cava F / Lopez D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17231.map.gz | 10.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17231-v30.xml emd-17231.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17231_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17231.png | 51.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17231.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_17231_half_map_1.map.gz emd_17231_half_map_2.map.gz | 20.6 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17231 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17231_validation.pdf.gz | 671.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17231_full_validation.pdf.gz | 671.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17231_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17231_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17231 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo EM map of the FloA-NfeD heterodimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0108 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_17231_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_17231_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FloA- NfeD dimer
全体 | 名称: FloA- NfeD dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: FloA- NfeD dimer
超分子 | 名称: FloA- NfeD dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: S.aureus FloA protein in complex with NfeD, forming a heterotetramer (dier of heterodimers) |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: FloA- flotilin linke protein
分子 | 名称: FloA- flotilin linke protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFSLSFIVIA VIIIVALLIL FSFVPIGLWI SALAAGVHVG IGTLVGMRLR RVSPRKVIAP LIKAHKAGLA LTTNQLESHY LAGGNVDRVV DANIAAQRAD IDLPFERAAA IDLAGRDVLE AVQMSVNPKV IETPFIAGVA MNGIEVKAKA RITVRANIAR LVGGAGEETI ...文字列: MFSLSFIVIA VIIIVALLIL FSFVPIGLWI SALAAGVHVG IGTLVGMRLR RVSPRKVIAP LIKAHKAGLA LTTNQLESHY LAGGNVDRVV DANIAAQRAD IDLPFERAAA IDLAGRDVLE AVQMSVNPKV IETPFIAGVA MNGIEVKAKA RITVRANIAR LVGGAGEETI IARVGEGIVS TIGSSKHHTE VLENPDNISK TVLSKGLDSG TAFEILSIDI ADVDISKNIG ADLQTEQALA DKNIAQAKAE ERRAMAVATE QEMKARVQEM HAKVVEAESE VPLAMAEALR SGNISVKDYY NLKNIEADTG MRNAINKRTD QSDDESPEH UniProtKB: Flotillin-like protein FloA |
-分子 #2: flotilin associated protein NfeD
分子 | 名称: flotilin associated protein NfeD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) |
配列 | 文字列: MSYNNFLQMT TILESTAGDT WVEQVSNIIV QPIFTLILTC LTFLGFVYQL YSKKINAAGI IATLSLLILF LGFLIQGNVN MHSILIFSIG VILVVIELFV VGAVIGIIGM ILITINITTL GDNLLFMLAN VIVALILTIV EWVILVKIFN RKIPFLDKVI LKDSTNSESG ...文字列: MSYNNFLQMT TILESTAGDT WVEQVSNIIV QPIFTLILTC LTFLGFVYQL YSKKINAAGI IATLSLLILF LGFLIQGNVN MHSILIFSIG VILVVIELFV VGAVIGIIGM ILITINITTL GDNLLFMLAN VIVALILTIV EWVILVKIFN RKIPFLDKVI LKDSTNSESG YNSHDNRSHL VGKTAQTVTD LRPAGIIFCE NERIDAVSDG NFILRNKTVK ILEVEGTRVV VREVD UniProtKB: NfeD-like C-terminal domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Full lenght FloA- NfeD complex |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19615 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |