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- EMDB-17205: Human RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) complex, 3.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17205
タイトルHuman RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) complex, 3.4 A resolution
マップデータ(HANDEDNESS INVERTED)
試料
  • 複合体: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2)
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 3
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 4
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードComplex / ssDNA-binding / ATPase / RAD51 / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / blastocyst growth / crossover junction DNA endonuclease activity / somite development / telomere maintenance via recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA strand invasion ...meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / blastocyst growth / crossover junction DNA endonuclease activity / somite development / telomere maintenance via recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA strand invasion / gamma-tubulin binding / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / regulation of fibroblast apoptotic process / centrosome cycle / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of neurogenesis / ATP-dependent DNA damage sensor activity / male meiosis I / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / neurogenesis / meiotic cell cycle / replication fork / response to gamma radiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / multicellular organism growth / Meiotic recombination / cell junction / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / spermatogenesis / double-stranded DNA binding / DNA recombination / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC2 / DNA repair protein RAD51 homologue 2 / : / : / RAD51D, N-terminal domain / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. ...DNA repair protein XRCC2 / DNA repair protein RAD51 homologue 2 / : / : / RAD51D, N-terminal domain / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD51 homolog 2 / DNA repair protein RAD51 homolog 3 / DNA repair protein XRCC2 / DNA repair protein RAD51 homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Greenhough LA / Liang CC / West SC
資金援助 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W01355X/1 英国
Cancer Research UKCC2098 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2098 英国
Wellcome TrustCC2098 英国
European Research Council (ERC)ERC-ADG-666400European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and function of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 tumour suppressor.
著者: Luke A Greenhough / Chih-Chao Liang / Ondrej Belan / Simone Kunzelmann / Sarah Maslen / Monica C Rodrigo-Brenni / Roopesh Anand / Mark Skehel / Simon J Boulton / Stephen C West /
要旨: Homologous recombination is a fundamental process of life. It is required for the protection and restart of broken replication forks, the repair of chromosome breaks and the exchange of genetic ...Homologous recombination is a fundamental process of life. It is required for the protection and restart of broken replication forks, the repair of chromosome breaks and the exchange of genetic material during meiosis. Individuals with mutations in key recombination genes, such as BRCA2 (also known as FANCD1), or the RAD51 paralogues RAD51B, RAD51C (also known as FANCO), RAD51D, XRCC2 (also known as FANCU) and XRCC3, are predisposed to breast, ovarian and prostate cancers and the cancer-prone syndrome Fanconi anaemia. The BRCA2 tumour suppressor protein-the product of BRCA2-is well characterized, but the cellular functions of the RAD51 paralogues remain unclear. Genetic knockouts display growth defects, reduced RAD51 focus formation, spontaneous chromosome abnormalities, sensitivity to PARP inhibitors and replication fork defects, but the precise molecular roles of RAD51 paralogues in fork stability, DNA repair and cancer avoidance remain unknown. Here we used cryo-electron microscopy, AlphaFold2 modelling and structural proteomics to determine the structure of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex (BCDX2), revealing that RAD51C-RAD51D-XRCC2 mimics three RAD51 protomers aligned within a nucleoprotein filament, whereas RAD51B is highly dynamic. Biochemical and single-molecule analyses showed that BCDX2 stimulates the nucleation and extension of RAD51 filaments-which are essential for recombinational DNA repair-in reactions that depend on the coupled ATPase activities of RAD51B and RAD51C. Our studies demonstrate that BCDX2 orchestrates RAD51 assembly on single stranded DNA for replication fork protection and double strand break repair, in reactions that are critical for tumour avoidance.
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17205.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈(HANDEDNESS INVERTED)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.074390896 - 0.12319925
平均 (標準偏差)0.00006305004 (±0.0019192407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Corrected handedness

ファイルemd_17205_half_map_1.map
注釈Corrected handedness
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Corrected handedness

ファイルemd_17205_half_map_2.map
注釈Corrected handedness
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2)

全体名称: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2)
要素
  • 複合体: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2)
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 3
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 4
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2)

超分子名称: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Recombinant BCDX2 complexes purified from Sf9 insect cells, crosslinked with 0.005% glutaraldehyde (RT, 10 minutes) in the presence of 30 nt ssDNA, and vitrified in the presence of ADP.AlFx. ...詳細: Recombinant BCDX2 complexes purified from Sf9 insect cells, crosslinked with 0.005% glutaraldehyde (RT, 10 minutes) in the presence of 30 nt ssDNA, and vitrified in the presence of ADP.AlFx. Map was enhanced using DeepEMhancer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA repair protein RAD51 homolog 2

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.296984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSKKLKRVG LSQELCDRLS RHQILTCQDF LCLSPLELMK VTGLSYRGVH ELLCMVSRAC APKMQTAYGI KAQRSADFSP AFLSTTLSA LDEALHGGVA CGSLTEITGP PGCGKTQFCI MMSILATLPT NMGGLEGAVV YIDTESAFSA ERLVEIAESR F PRYFNTEE ...文字列:
MGSKKLKRVG LSQELCDRLS RHQILTCQDF LCLSPLELMK VTGLSYRGVH ELLCMVSRAC APKMQTAYGI KAQRSADFSP AFLSTTLSA LDEALHGGVA CGSLTEITGP PGCGKTQFCI MMSILATLPT NMGGLEGAVV YIDTESAFSA ERLVEIAESR F PRYFNTEE KLLLTSSKVH LYRELTCDEV LQRIESLEEE IISKGIKLVI LDSVASVVRK EFDAQLQGNL KERNKFLARE AS SLKYLAE EFSIPVILTN QITTHLSGAL ASQADLVSPA DDLSLSEGTS GSSCVIAALG NTWSHSVNTR LILQYLDSER RQI LIAKSP LAPFTSFVYT IKEEGLVLQA YGNS

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 2

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分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 3

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.244609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR ...文字列:
MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR VVDLATACIQ HLQLIAEKHK GEEHRKALED FTLDNILSHI YYFRCRDYTE LLAQVYLLPD FLSEHSKVRL VI VDGIAFP FRHDLDDLSL RTRLLNGLAQ QMISLANNHR LAVILTNQMT TKIDRNQALL VPALGESWGH AATIRLIFHW DRK QRLATL YKSPSQKECT VLFQIKPQGF RDTVVTSACS LQTEGSLSTR KRSRDPEEEL

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 3

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分子 #3: DNA repair protein RAD51 homolog 4

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.084254 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGVLRVGLCP GLTEEMIQLL RSHRIKTVVD LVSADLEEVA QKCGLSYKAL VALRRVLLAQ FSAFPVNGAD LYEELKTSTA ILSTGIGSL DKLLDAGLYT GEVTEIVGGP GSGKTQVCLC MAANVAHGLQ QNVLYVDSNG GLTASRLLQL LQAKTQDEEE Q AEALRRIQ ...文字列:
MGVLRVGLCP GLTEEMIQLL RSHRIKTVVD LVSADLEEVA QKCGLSYKAL VALRRVLLAQ FSAFPVNGAD LYEELKTSTA ILSTGIGSL DKLLDAGLYT GEVTEIVGGP GSGKTQVCLC MAANVAHGLQ QNVLYVDSNG GLTASRLLQL LQAKTQDEEE Q AEALRRIQ VVHAFDIFQM LDVLQELRGT VAQQVTGSSG TVKVVVVDSV TAVVSPLLGG QQREGLALMM QLARELKTLA RD LGMAVVV TNHITRDRDS GRLKPALGRS WSFVPSTRIL LDTIEGAGAS GGRRMACLAK SSRQPTGFQE MVDIGTWGTS EQS ATLQGD QT

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 4

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分子 #4: DNA repair protein XRCC2

分子名称: DNA repair protein XRCC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.995525 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL ...文字列:
MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL QESTLRKCSQ CLEKLVNDYR LVLFATTQTI MQKASSSSEE PSHASRRLCD VDIDYRPYLC KAWQQLVKHR MF FSKQDDS QSSNQFSLVS RCLKSNSLKK HFFIIGESGV EFC

UniProtKB: DNA repair protein XRCC2

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHydroxyethylpiperazine
100.0 mMNaClSodium chloride
2.5 mMMgCl2Magnesium chloride
0.5 mMADPAdenosine diphoshpate
0.5 mMBeSO4Beryllium sulphate
10.0 mMNaFSodium fluoride
0.25 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
0.0005 %Tween20Polysorbate 20

詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 0.5 mM ADP.BeFx (0.5 mM ADP, 0.5 mM BeSO4, 10 mM NaF), 0.25 mM TCEP, 0.0005% Tween20
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 24449 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
詳細: 12,555 movies were collected with zero tilt, and a further 11,894 movies with a 20 degree tilt
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4528940
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 詳細: Map was enhanced using DeepEMhancer / 使用した粒子像数: 87572
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細AlphaFold2 monomer predictions of RAD51B, RAD51C, RAD51D and XRCC2 were docked into the EM density using Dock and Rebuild in Phenix. ATP and Mg2+ were added, and the coordinates were iteratively real space refined using Phenix and manually modified in COOT
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8ouy:
Human RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) complex, 3.4 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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