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万見
- EMDB-1711: Pyrococcus furiosus RNA Polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1711
タイトルPyrococcus furiosus RNA Polymerase
マップデータPyrococus furiosus RNA Polymerase, threshold masked map, gaussian filtered to 13 Angstrom
試料
  • 試料: Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus
  • タンパク質・ペプチド: DNA directed RNA polymerase
キーワードArchaea / RNA Polymerase
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Kusser AG / Bertero MG / Naji S / Becker T / Thomm M / Beckmann R / Cramer P
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Structure of an archaeal RNA polymerase.
著者: Anselm G Kusser / Michela G Bertero / Souad Naji / Thomas Becker / Michael Thomm / Roland Beckmann / Patrick Cramer /
要旨: Related multisubunit RNA polymerases (RNAPs) carry out gene transcription in all kingdoms of life. Since structural information is limited to bacterial and eukaryotic RNAPs, we determined the cryo- ...Related multisubunit RNA polymerases (RNAPs) carry out gene transcription in all kingdoms of life. Since structural information is limited to bacterial and eukaryotic RNAPs, we determined the cryo-electron microscopic structure of the RNAP from the thermophilic archaeon Pyrococcus furiosus at 13 A resolution. Comparison with eukaryotic RNAP II reveals a conserved architecture, no homologues for subunits Rpb8 and Rpb9, and significant deviation in the polymerase foot, jaws, pore, and protrusion. The structural organization of the archaeal RNA polymerase serves as a reference for future structure-function analysis of the transcription mechanism and allows for evolutionary comparisons.
履歴
置き換えID: EMD-1436
登録2010年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年9月30日-
マップ公開2011年9月30日-
更新2013年1月23日-
現状2013年1月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.0E-6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.0E-6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

em-1711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pyrococus furiosus RNA Polymerase, threshold masked map, gaussian filtered to 13 Angstrom
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 180 pix.
= 222.75 Å		1.24 Å/pix.
x 180 pix.
= 222.75 Å		1.24 Å/pix.
x 180 pix.
= 222.75 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.000001 / ムービー #1: 1.0E-6
最小 - 最大-0.000000111779 - 0.0000333932
平均 (標準偏差)0.000000621751 (±0.00000277957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-90
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 222.75 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z180180180
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z222.750222.750222.750
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-90-90-90
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0000.0000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus

全体名称: Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus
要素
  • 試料: Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus
  • タンパク質・ペプチド: DNA directed RNA polymerase

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超分子 #1000: Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus

超分子名称: Endogeneous RNA Polymerase from Pyrococcus furiosus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 11
分子量実験値: 380 KDa / 理論値: 380 KDa

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分子 #1: DNA directed RNA polymerase

分子名称: DNA directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase / 集合状態: Monomer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌) / 細胞: Endogeneous
分子量実験値: 380 KDa / 理論値: 380 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM KCl, 2.5 mM MgCl2, 5 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R3/3 w. 2nm Carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 10 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 80 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 23 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 67000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 67000
試料ステージ試料ホルダー: Multi specimen / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filtering of defocus group volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Final back projection in real space / 使用した粒子像数: 22240

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1wcm

詳細Fitted using UCSF Chimera
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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