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- EMDB-1705: Mechanism of eIF6s anti-association activity -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1705
タイトルMechanism of eIF6s anti-association activity
マップデータ60S-eIF6 complex from S. cerevisiae
試料
  • 試料: 60S-eIF6 complex
  • 複合体: 60S
  • タンパク質・ペプチド: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
キーワード60S / ribosome / eIF6
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal subunit export from nucleus / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / translational initiation / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L14P, conserved site ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L23-B / Large ribosomal subunit protein uL14A / Eukaryotic translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.8 Å
データ登録者Gartmann M / Blau M / Armache J-P / Mielke T / Topf M / Beckmann R
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Mechanism of eIF6-mediated inhibition of ribosomal subunit joining.
著者: Marco Gartmann / Michael Blau / Jean-Paul Armache / Thorsten Mielke / Maya Topf / Roland Beckmann /
要旨: During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of ...During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of the anti-association activity of eIF6 is still missing. Here we present the cryo-electron microscopy reconstruction of a complex of the large ribosomal subunit with eukaryotic eIF6 from Saccharomyces cerevisiae. The structure reveals that the eIF6 binding site involves mainly rpL23 (L14p in Escherichia coli). Based on our structural data, we propose that the mechanism of the anti-association activity of eIF6 is based on steric hindrance of intersubunit bridge formation around the dynamic bridge B6.
履歴
登録2010年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月26日-
マップ公開2011年4月26日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2x7n
  • 表面レベル: 0.024
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2x7n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

em1705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈60S-eIF6 complex from S. cerevisiae
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
3.71 Å/pix.
x 122 pix.
= 452.62 Å		3.71 Å/pix.
x 122 pix.
= 452.62 Å		3.71 Å/pix.
x 122 pix.
= 452.62 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.71 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024 / ムービー #1: 0.024
最小 - 最大-0.0433532 - 0.129382
平均 (標準偏差)0.00042245 (±0.00940148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-61-61-60
サイズ122122122
Spacing122122122
セルA=B=C: 452.62 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.713.713.71
M x/y/z122122122
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z452.620452.620452.620
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-61-61-60
NC/NR/NS122122122
D min/max/mean-0.0430.1290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 60S-eIF6 complex

全体名称: 60S-eIF6 complex
要素
  • 試料: 60S-eIF6 complex
  • 複合体: 60S
  • タンパク質・ペプチド: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6

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超分子 #1000: 60S-eIF6 complex

超分子名称: 60S-eIF6 complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Reconstituted complex of 60S subunits with eIF6 in vitreous ice
集合状態: Heterodimer / Number unique components: 2

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超分子 #1: 60S

超分子名称: 60S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 60S ribosomal subunit / 詳細: 60S subunit, contains rpL23, rpL24 and SRL. / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S

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分子 #1: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6

分子名称: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EIF-6 / 詳細: Residues 1-224 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度最低: 95 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara cartridge system / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Defocus group volumes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1g62


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain.
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2x7n:
Mechanism of eIF6s anti-association activity

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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