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- EMDB-17027: CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-hexasome refin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17027
タイトルCryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-hexasome refinement state 2
マップデータctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome sharpened map
試料
  • 複合体: INO80 core module in complex with hexasome
    • 複合体: INO80
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase Ino80
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA strand 1
      • DNA: DNA Strand 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
キーワードATP-dependent chromatin remodeler / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / epigenetic regulation of gene expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / antibacterial humoral response / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.1 / Histone H2A type 1-C
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類) / Homo sapiens (ヒト) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Zhang M / Jungblut A / Hoffmann T / Eustermann S
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND847543 ドイツ
European Research Council (ERC)833613European Union
German Research Foundation (DFG)CRC136 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Features and development of Coot.
著者: P Emsley / B Lohkamp / W G Scott / K Cowtan /
要旨: Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations ...Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations such as idealization, real-space refinement, manual rotation/translation, rigid-body fitting, ligand search, solvation, mutations, rotamers and Ramachandran idealization. Furthermore, tools are provided for model validation as well as interfaces to external programs for refinement, validation and graphics. The software is designed to be easy to learn for novice users, which is achieved by ensuring that tools for common tasks are 'discoverable' through familiar user-interface elements (menus and toolbars) or by intuitive behaviour (mouse controls). Recent developments have focused on providing tools for expert users, with customisable key bindings, extensions and an extensive scripting interface. The software is under rapid development, but has already achieved very widespread use within the crystallographic community. The current state of the software is presented, with a description of the facilities available and of some of the underlying methods employed.
履歴
登録2023年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17027.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.8057776 - 1.5419748
平均 (標準偏差)0.0015957278 (±0.02628243)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome...

ファイルemd_17027_additional_1.map
注釈ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome half map

ファイルemd_17027_half_map_1.map
注釈ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome half map

ファイルemd_17027_half_map_2.map
注釈ctINO80 hexasome complex focused cryoEM map ATPase hexasome half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : INO80 core module in complex with hexasome

全体名称: INO80 core module in complex with hexasome
要素
  • 複合体: INO80 core module in complex with hexasome
    • 複合体: INO80
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase Ino80
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA strand 1
      • DNA: DNA Strand 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION

+
超分子 #1: INO80 core module in complex with hexasome

超分子名称: INO80 core module in complex with hexasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: 11-subunit ct INO80 contains two modules (core and Arp8 module) Each module was picked and analyzed separately The core module + hexasome has an overall weight of 0.861MDa The 11-subunit ct ...詳細: 11-subunit ct INO80 contains two modules (core and Arp8 module) Each module was picked and analyzed separately The core module + hexasome has an overall weight of 0.861MDa The 11-subunit ct INO80 + hexasome has an overall weight of 1.1MDa Ino80, Ies2, Ies6, Ies4,Arp6, Rvb1, Rvb2, Arp8, Arp4, Actin, Taf14 Hexasome DNA, 2xH3, 2xH4, H2A, H2B
分子量理論値: 861 KDa

+
超分子 #2: INO80

超分子名称: INO80 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

+
超分子 #3: Histones

超分子名称: Histones / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Chromatin-remodeling ATPase Ino80

分子名称: Chromatin-remodeling ATPase Ino80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 130.887656 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: LELKFQSKGY NQIYDQIWRD LARKDVSKVF RLATDSYATK ASNLKKTAIL ASKEAKRWQL RTNKGTKDLQ ARAKRVMRDM MGFWKRNER EERDLRKAAE RLELENARKE EADREAARQR RKLNFLISQT ELYSHFISKK IKTHEVERST DHPDVATDEK D KIPEPTLN ...文字列:
LELKFQSKGY NQIYDQIWRD LARKDVSKVF RLATDSYATK ASNLKKTAIL ASKEAKRWQL RTNKGTKDLQ ARAKRVMRDM MGFWKRNER EERDLRKAAE RLELENARKE EADREAARQR RKLNFLISQT ELYSHFISKK IKTHEVERST DHPDVATDEK D KIPEPTLN INVPEPTGPI APKVTDFNSL DFDNEDESAL QAAAMANAQN AIAEAQKKAR EFNKDETKLD EDGEMNFQHP EL TEFEVAQ PKLLNCQLKE YQLKGLNWLV NLYEQGINGI LADEMGLGKT VQSISVMAYL AERYDIWGPF LVVAPASTLH NWQ QEVSKF VPDFKVLPYW GTAADRKVLR KFWDRKHTTY KKDSPFHVMI TSYQLVVSDV AYFQKMKWQY MILDEAQAIK SSQS SRWKC LLGFHCRNRL LLTGTPIQNN MQELWALLHF IMPSLFDSHD EFSEWFSKDI ESHAQSNTKL NEDQLKRLHM ILKPF MLRR VKKHVQKELG DKIEIDVFCE LSYRQRAMYQ SLRNQISIMD LIEKATVGDN EDSATLMNLV MQFRKVCNHP DLFERA DTS SPFFCGHFAE TGSFLREGTN VALGYSTRSL VEYRLPRLIW CDGGRLDKPG PGNLVAGFRS KYLNHMMNIW TPENIRS SL EGIENFTWLR FVDTSLQEAY RASHTDVFAR AVDLASKQNR LGHMQIVYDE PEDKKWTPVH ALFQICEREN PKAVAEIT T EGVLRDLMNI ARVKYRELGL CRLEKAARPR ASAPPIEVVC DSRSAVIERE NIMFHPAMRK ALFGPTPSEI KEASFGPRP VTLYPPRALL PAPDHDKQRF TNITVPSMAR FVTDSGKLAK LDELLRELKE GGHRVLLYFQ MTRMIDLMEE YLTYRNYKYC RLDGSTKLE DRRDTVADFQ TRPEIFIFLL STRAGGLGIN LTTADTVIFY DSDWNPTIDS QAMDRAHRLG QTKQVTVYRL I TRGTIEER IRKRALQKEE VQRVVITGTG SVDFSGRRPP ENRNRDIAMW LADDEQAEMI ERREKELIES GEYDKIMQQR RK GGKRKRG AANGDTVPSL EDMYHEGEGH FDDNKGSGAA TPVDADSLGR GGKRKKAGGS KKAKTTKQRL AIADGEIDID YKD DDDKGT DYKDDDDK

+
分子 #4: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.305969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEACEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #5: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #6: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.004329 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKSRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-C

+
分子 #7: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.806018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

+
分子 #2: DNA strand 1

分子名称: DNA strand 1 / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 69.527195 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)

+
分子 #3: DNA Strand 2

分子名称: DNA Strand 2 / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 70.043562 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA) (DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.88 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec. / 詳細: Oxygen 10% Argon 90%
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807).
詳細11-subunit ctINO80 reconstituted with hexasome

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 15384 / 平均電子線量: 50.36 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2137460
詳細: Particles were initially picked by WARP to generate an initial model, which was subsequently used for the 3D template picking
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 98967
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
詳細: de novo 3D model was generated by using gradient-driven algorithm implemented in RELION 4.0
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6fml

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3i62

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8av6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8oos:
CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-hexasome refinement state 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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