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- EMDB-17015: Cryo-EM map of the focused refinement of the subfamily III haloal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17015
タイトルCryo-EM map of the focused refinement of the subfamily III haloalkane dehalogenase from Haloferax mediterranei dimer forming hexameric assembly.
マップデータCryo-EM map of the focused refinement of the subfamily III haloalkane dehalogenase from Haloferax mediterranei dimer forming hexameric assembly.
試料
  • 複合体: The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax mediterranei
    • タンパク質・ペプチド: Alpha/beta fold hydrolase
キーワードhaloalkane dehalogenase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / transferase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta fold hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Polak M / Novacek J / Chmelova K / Marek M
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Czech Science FoundationGA22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023
タイトル: Multimeric structure of a subfamily III haloalkane dehalogenase-like enzyme solved by combination of cryo-EM and x-ray crystallography.
著者: Klaudia Chmelova / Tadeja Gao / Martin Polak / Andrea Schenkmayerova / Tristan I Croll / Tanvir R Shaikh / Jana Skarupova / Radka Chaloupkova / Kay Diederichs / Randy J Read / Jiri Damborsky ...著者: Klaudia Chmelova / Tadeja Gao / Martin Polak / Andrea Schenkmayerova / Tristan I Croll / Tanvir R Shaikh / Jana Skarupova / Radka Chaloupkova / Kay Diederichs / Randy J Read / Jiri Damborsky / Jiri Novacek / Martin Marek /
要旨: Haloalkane dehalogenase (HLD) enzymes employ an S 2 nucleophilic substitution mechanism to erase halogen substituents in diverse organohalogen compounds. Subfamily I and II HLDs are well- ...Haloalkane dehalogenase (HLD) enzymes employ an S 2 nucleophilic substitution mechanism to erase halogen substituents in diverse organohalogen compounds. Subfamily I and II HLDs are well-characterized enzymes, but the mode and purpose of multimerization of subfamily III HLDs are unknown. Here we probe the structural organization of DhmeA, a subfamily III HLD-like enzyme from the archaeon Haloferax mediterranei, by combining cryo-electron microscopy (cryo-EM) and x-ray crystallography. We show that full-length wild-type DhmeA forms diverse quaternary structures, ranging from small oligomers to large supramolecular ring-like assemblies of various sizes and symmetries. We optimized sample preparation steps, enabling three-dimensional reconstructions of an oligomeric species by single-particle cryo-EM. Moreover, we engineered a crystallizable mutant (DhmeA ) that provided diffraction-quality crystals. The 3.3 Å crystal structure reveals that DhmeA forms a ring-like 20-mer structure with outer and inner diameter of ~200 and ~80 Å, respectively. An enzyme homodimer represents a basic repeating building unit of the crystallographic ring. Three assembly interfaces (dimerization, tetramerization, and multimerization) were identified to form the supramolecular ring that displays a negatively charged exterior, while its interior part harboring catalytic sites is positively charged. Localization and exposure of catalytic machineries suggest a possible processing of large negatively charged macromolecular substrates.
履歴
登録2023年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17015.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17015.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the focused refinement of the subfamily III haloalkane dehalogenase from Haloferax mediterranei dimer forming hexameric assembly.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.6139831 - 1.5464419
平均 (標準偏差)0.00018453453 (±0.074437104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Second half map.

ファイルemd_17015_half_map_1.map
注釈Second half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First half map.

ファイルemd_17015_half_map_2.map
注釈First half map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax me...

全体名称: The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax mediterranei
要素
  • 複合体: The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax mediterranei
    • タンパク質・ペプチド: Alpha/beta fold hydrolase

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超分子 #1: The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax me...

超分子名称: The subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax mediterranei
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Haloferax mediterranei (古細菌)

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分子 #1: Alpha/beta fold hydrolase

分子名称: Alpha/beta fold hydrolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloferax mediterranei (古細菌)
分子量理論値: 35.711797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSASSNARD EVIAAIHEEA DWVDRTVYPF ESRCIGLSSG AVHYIDEGPD DGGRETLLML HGNPTWSFLY RHLVRDLRDE YRCVALDYL GFGLSERPTD FSYRPEDHAD VVEEFIDELG LEDVVLVGHD WGGPIGFSYA IDHPENVGGL VVMNTWMWPV S DDKHFSRF ...文字列:
MSSASSNARD EVIAAIHEEA DWVDRTVYPF ESRCIGLSSG AVHYIDEGPD DGGRETLLML HGNPTWSFLY RHLVRDLRDE YRCVALDYL GFGLSERPTD FSYRPEDHAD VVEEFIDELG LEDVVLVGHD WGGPIGFSYA IDHPENVGGL VVMNTWMWPV S DDKHFSRF SKLLGGRIGR ELCERYDLFT RVIMPMGFAD RSRFTESARE QYRAANRGDR TGTGIFPQAI LGSRAWLSSL WE QRDNIAD IPARIIWGME DSAFRPAELR TFEALFEDSS TVRLYGVGHY VPEEFGSDLV PLVREFLEEV LEVLFQ

UniProtKB: Alpha/beta fold hydrolase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.035 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 1.0 M / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: Sodium Chloride / 詳細: 1 M NaCl, 10 mM Tris-HCl
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was purified by gel filtration.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 48.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 73.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
詳細: 1)C1 Non-uniform Refinement 2)C3 Volume Alignment 3)C3 Symmetry Expansion (55074 particles expanded to 165 222 particles) 4)C1 Local Refinement
使用した粒子像数: 55074
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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