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- EMDB-17001: In-situ structure of the hexameric HEF trimers from influenza C v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17001
タイトルIn-situ structure of the hexameric HEF trimers from influenza C viral particles
マップデータ
試料
  • ウイルス: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Haemagglutinin-esterase-fusion 1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Haemagglutinin-esterase-fusion 2 glycoprotein
キーワードClass 1 fusion protein / membrane fusion / viral assembly / hexameric / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Liu ZB / Rosenthal PB
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Topological defects in the spherical virus crystal
著者: Liu ZB / Rosenthal PB
履歴
登録2023年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.12809622 - 0.12090022
平均 (標準偏差)0.0004280312 (±0.016545486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17001_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17001_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17001_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66)

全体名称: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Haemagglutinin-esterase-fusion 1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Haemagglutinin-esterase-fusion 2 glycoprotein

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超分子 #1: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66)

超分子名称: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified viruses / NCBI-ID: 100673 / 生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 1.24 MDa

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分子 #1: Haemagglutinin-esterase-fusion 1 glycoprotein

分子名称: Haemagglutinin-esterase-fusion 1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sialate O-acetylesterase
由来(天然)生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
配列文字列: EKIKICLQKQ VNSSFSLHNG FGGNLYATEE KRMFELVKPK AGASVLNQST WIGFGDSRTD KSNSAFPRSA DVSAKTADKF RFLSGGSLML SMFGPPGKVD YLYQGCGKHK VFYEGVNWSP HAAINCYRKN WTDIKLNFQK NIYELASQSH CMSLVNALDK TIPLQVTAGT ...文字列:
EKIKICLQKQ VNSSFSLHNG FGGNLYATEE KRMFELVKPK AGASVLNQST WIGFGDSRTD KSNSAFPRSA DVSAKTADKF RFLSGGSLML SMFGPPGKVD YLYQGCGKHK VFYEGVNWSP HAAINCYRKN WTDIKLNFQK NIYELASQSH CMSLVNALDK TIPLQVTAGT AGNCNNSFLK NPALYTQEVK PSENKCGKEN LAFFTLPTQF GTYECKLHLV ASCYFIYDSK EVYNKRGCDN YFQVIYDSFG KVVGGLDNRV SPYTGNSGDT PTMQCDMLQL KPGRYSVRSS PRFLLMPERS YCFDMKEKGP VTAVQSIWGK GRESDYAVDQ ACLSTPGCML IQKQKPYIGE ADDHHGDQEM RELLSGLDYE ARCISQSGWV NETSPFTEKY LLPPKFGRCP LAAKEESIPK IPDGLLIPTS GTDTTVTKPK SR

UniProtKB: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein

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分子 #2: Haemagglutinin-esterase-fusion 2 glycoprotein

分子名称: Haemagglutinin-esterase-fusion 2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sialate O-acetylesterase
由来(天然)生物種: Influenza C virus (C/Johannesburg/1/66) (インフルエンザウイルス)
配列文字列:
IFGIDDLIIG VLFVAIVETG IGGYLLGSRK ESGGGVTKES AEKGFEKIGN DIQILKSSIN IAIEKLNDRI SHDEQAIRDL TLEIENARSE ALLGELGIIR ALLVGNISIG LQESLWELAS EITNRAGDLA VEVSPGCWII DNNICDQSCQ NFIFKFNETA PVPTIPPLDT KIDLQ

UniProtKB: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTRISTris
150.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AMYLAMINE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Heterogeneous mix of viral particles, viral like particles and cellular vesicles

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 1 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用したサブトモグラム数: 35001
抽出トモグラム数: 83 / 使用した粒子像数: 83 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6yi5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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