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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1700 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM structure of human native COP9 Signalosome (CSN) | |||||||||
マップデータ | Apo CSN map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Enchev R / Schreiber A / Beuron F / Morris E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Structural insights into the COP9 signalosome and its common architecture with the 26S proteasome lid and eIF3. 著者: Radoslav I Enchev / Anne Schreiber / Fabienne Beuron / Edward P Morris / 要旨: The evolutionary conserved COP9 signalosome (CSN), a large multisubunit complex, plays a central role in regulating ubiquitination and cell signaling. Here we report recombinant insect cell ...The evolutionary conserved COP9 signalosome (CSN), a large multisubunit complex, plays a central role in regulating ubiquitination and cell signaling. Here we report recombinant insect cell expression and two-step purification of human CSN and demonstrate its functional assembly. We further obtain a three-dimensional structure of both native and recombinant CSN using electron microscopy and single particle analysis. Antibody labeling of CSN5 and segmentation of the structure suggest a likely subunit distribution and the architecture of its helical repeat subunits is revealed. We compare the structure of CSN with its homologous complexes, the 26S proteasome lid and eIF3, and propose a conserved architecture implying similar assembly pathways and/or conserved substrate interaction modes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1700.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1700-v30.xml emd-1700.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1700.jpg | 54.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1700 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1700_validation.pdf.gz | 182.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1700_full_validation.pdf.gz | 181.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1700_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1700 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1700 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apo CSN map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.47 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human erythrocyte COP9 Signalosome
全体 | 名称: Human erythrocyte COP9 Signalosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human erythrocyte COP9 Signalosome
超分子 | 名称: Human erythrocyte COP9 Signalosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterooctamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 321 KDa / 理論値: 321 KDa / 手法: Native mass spectrometry |
-分子 #1: Cop9 Signalosome
分子 | 名称: Cop9 Signalosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CSN / コピー数: 1 / 集合状態: Octamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Erythrocytes / 細胞中の位置: Nucleus |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 15 mM HEPES pH 7.8, 200 mM NaCl, 1% glycerol and 2 mM DTT |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Sample was applied to glow-discharged quantifoil grids coated with thin carbon, washed with buffer and stained with 2% uranyl acetate |
グリッド | 詳細: Quantifoil 400 mesh R2/2 |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 3.47 µm / 平均電子線量: 100 e/Å2 詳細: Initial selection was made manually from more than 100 2048x2048 CCD frames |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 7877 |
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